吳三桂反叛清朝後，一路高歌猛進，但沒過多久，戰場形勢便出現轉折。清軍經過短暫的防禦後，很快恢復了常態，在西北和東南方向轉入進攻。
康熙十五年六月，王輔臣歸順清廷，西北的叛軍頃刻間土崩瓦解，四川叛軍也被清軍打得節節敗退，逐漸潰不成軍；第二年十月，耿精忠被迫投降清軍，福建平定，鄭經的勢力也被逐出大陸，盤踞浙江、江西的叛軍亦分崩離析。東南地區，盡歸清廷所占。
在解決西北和東南叛亂後，朝廷從全局重新部署，對吳三桂集團展開戰略包圍：從東西兩線夾攻湖南，向兩粵進軍，切斷吳三桂的後路。同時，在湖南戰場調兵遣將，準備發動總攻。為了實現這個戰略，就必須先解決兩粵問題。
廣東方面，得益於尚之信的配合，清軍進展順利。尚之信表面上投降吳三桂，實際上隔山觀虎鬥，並未出動兵馬協助。吳三桂對其不信任，派遣親信任廣東巡撫，以監視他。耿精忠投降後，尚之信看出吳三桂大勢已去，就派人攜帶密信，去簡親王喇布軍前「乞降」。康熙得知後，對尚之信「深為側憫」，許諾不計前嫌。
由於尚之信投降清軍，廣東文武紛紛投誠。原任總督並與尚之信一起叛亂的金光祖，「決意歸正」；被吳三桂任命為廣東巡撫的馮甦，與尚之信「協謀歸正」，受到朝廷嘉獎……所以，清軍在廣東境內幾乎沒有遇到抵抗，就順利平定叛亂，康熙對此甚為滿意：
「尚之信素懷忠盡，思報效國家，朕已知之，舉廣東全省歸誠，民免湯火之患，深為可嘉——《清聖祖實錄》」
清軍進粵，尚之信降清，嚴重威脅吳三桂，他的後路隨時有被切斷的危險，時刻將處於腹背受敵的境地。為了鞏固後方，吳三桂派出七員大將，帶領三萬餘人開進湖南與廣東交界的宜章，企圖分兵進攻樂昌、南安，進而奪取韶關，控制交通要道。韶關居五嶺之脊，是扼制贛粵的咽喉，為戰略要地。吳三桂大將馬寶、胡國柱率兵數萬，向韶關發起進攻。清軍統帥「安南將軍」舒恕緊急求援，康熙得報，指示尚之信與鎮南將軍莽依圖等速率大軍支援。
莽依圖接到命令後，不敢怠慢，從廣州率清軍翻山越嶺，急至韶關，兩廣總督金光祖也派兵兩千增援。雙方苦戰三個月，勢均力敵。正在危機時刻，清朝江寧將軍額楚率援軍趕到，吳軍落荒而逃。韶關一戰，驅逐了吳三桂的勢力，廣東全省的形勢進一步穩定。於是，康熙將目光轉向廣西，他命令額楚駐守韶關，莽依圖率所部兵馬會同廣西巡撫傅弘烈平定廣西，命尚之信出兵助戰。
由於尚之信遲遲沒有發兵，也沒有為莽依圖等部準備糧草軍需，導致原定的尚之信、莽依圖與傅弘烈會師的計劃未能實現。傅弘烈便獨自率軍展開軍事行動，先後攻克廣西重鎮梧州、桂平等地。
吳三桂見廣東已被清軍牢牢占據，便「悉其驍銳，俱向廣西」。他於康熙十六年十一月至衡州，派遣馬寶取道宜章，進入廣西富川，派其孫子吳世琮至桂林，誘殺孫延齡，占領了桂林。吳三桂的意圖，主要在於鞏固湖南後方，此為守住湖南戰略的一部分。
清軍將領認為，「平定廣西，掃蕩雲貴，關係緊要」，因此主動迎敵。此時，傅弘烈部駐守梧州，奉命與莾依圖聯合攻打平樂、桂林；尚之信、額楚、都統勒貝等進攻宜章、郴州，從後面夾擊，使吳軍腹背受敵，難以兼顧。康熙十六年十二月，傅弘烈從梧州出發，莾依圖從封川進攻，兩路大軍會師於賀縣，進取平樂。吳三桂得知清軍攻打廣西，立刻增兵，全力固守廣西。
清軍人少，呼籲支援。康熙調遣駐守韶關額楚、勒貝等赴廣西，令尚之信接濟清軍。但尚之信出發沒多久，就請示康熙，以「海賊來犯」，兵力有限為理由，撤回廣州。
康熙十七年初，莾依圖、傅弘烈將平樂城圍住。吳世琮率軍五千，分水陸馳援平樂，與綠營兵在桂江邊展開交戰。清軍寡不敵眾，被吳軍擊敗。
當時江水大漲，莾依圖所率八旗兵不能渡江，眼看綠營兵潰敗。吳軍又占據河道，清軍又糧餉不濟，只好撤退。康熙接到敗報後，再次下令尚之信出兵，並要求他準備軍用物質，火速前往廣西支援。尚之信以粵西初定，人心不穩為理由，想留守廣州，以應對意外之變。康熙同意他不必親自前往廣西，但要派兵支援。
正當康熙調兵支援廣西時，吳軍憑藉平樂之勝，大舉反攻，把清軍收復的潯州等地再次奪回。到了三月，清軍在廣西僅存梧州一地，由進攻轉為防禦。清軍的連連失利，除了雙方實力懸殊，還因尚之信不願出兵，莾依圖觀望不前。吳軍得勢，廣西形勢出現反覆。
吳軍繼續追擊清軍，渡左江，逼近梧州地區。傅弘烈孤軍奮戰，先後在梧州附近的賀縣、藤縣迎戰，但接連失利。吳軍以水陸三路大軍進攻梧州。尚之信率軍支援，會同莾依圖、傅弘烈，在梧州城下三路出擊，大敗吳軍。清軍趁勝進軍，直取桂林，吳軍轉而圍攻南寧。南寧原為叛軍馬雄所占，他去世後，其子馬承蔭投降清軍，依舊駐守南寧。吳世琮圍攻南寧數月，眼看就要得手，但莾依圖等人及時救援，避免南寧陷落。吳世琮與清軍援軍展開大戰，莾依圖以額楚為前鋒，他自己帶主力部隊包抄敵軍後路。莾依圖指揮得當，加上滿漢軍隊奮力作戰，終於將廣西境內的吳軍徹底打垮，吳世琮負傷出逃。南寧解圍，廣西全境收復。
在很短的時間內，清軍便收復「兩廣」，從戰略上實現對吳三桂的外線包圍，即從浙江、福建、廣東、廣西對吳三桂形成半圓形的包圍圈，而西北、四川的平定又與南部諸省形成南北夾擊的形勢，為之後從內線進攻湖南奠定基礎。