哈薩克族原來信仰原始宗教，後改信祆教、佛教、景教，8 世紀開始改宗伊斯蘭教。
烏茲別克族原住在中亞撒馬爾罕、布哈拉、塔什干一帶，670 年左右改信伊斯蘭教，14 世紀後陸續遷入新疆地區。
柯爾克孜族於 6 世紀前已有部分人進入新疆，10 世紀中葉開始信仰伊斯蘭教（有說晚到 16 世紀後半期，並且未曾達到全民族改信伊斯蘭教）。
塔吉克族 10 世紀開始信伊斯蘭教，16 世紀末 17 世紀初改奉伊斯瑪儀十葉派。
塔塔爾族也是 10 世紀始信伊斯蘭教的。
維吾爾族的祖先在唐時稱回紇，後改稱回鶻，元明時稱畏吾兒。在長期的歷史中，融合蒙古人、漢人、塔吉克人、土庫曼人等，形成今天的維吾爾族。最先信仰薩滿教，後皈依摩尼教、佛教。公元 960 年，伊斯蘭教傳入新疆哈什地區的哈拉汗國屬地，第一任布格拉汗首先信奉了伊斯蘭教，隨之，汗國居民全部信了伊斯蘭教。11 世紀，伊斯蘭教傳入于闐，13 世紀傳到庫車，到 16 世紀初，維吾爾族全部信奉了伊斯蘭教。
清朝政府初識新疆地區的伊斯蘭教，是在平定準噶爾部叛亂時。
1690 年，蒙古準噶爾汗噶爾丹率部犯清，被清軍打敗。1695 年開始，清朝政府開始主動進攻準噶爾部，大獲成功，將準噶爾部壓迫到新疆地區，並準備進一步的進攻。1696 年，哈密阿奇木伯克額貝都拉轉附清朝，這是一個信奉伊斯蘭教的地方政權。1755 年，清軍最後消滅了準噶爾達瓦齊汗部，平定了天山以北地區，隨後開始解決天山南部地區的歸附問題。當時，天山南部處於三種勢力控制之下，一部分地區，如焉耆、庫車、阿克蘇、烏什等地，處在達瓦齊控制之下；哈密、吐魯番等地已歸附清朝；喀什噶爾、葉爾羌、和田等塔里木盆地南緣地區，為黑山派首領控制。
達瓦齊汗部被消滅後，天山南的準噶爾部也就瓦解了。清朝政府餘下的問題是如何對待黑山派。黑山派和白山派，也稱黑旗派（或黑帽派）和白旗派（白帽派），是天山南部信仰伊斯蘭教伊禪（又譯伊善）派的兩個派別。嚴格說，這不是兩個教派，而是在南疆地區爭奪統治權的兩股家族勢力。
關於伊禪派的性質和起源，有的說屬於蘇菲派，有的將其歸在十葉派旗下。最早是由一位名叫加拉里丁·克特柯的人帶入維吾爾地區的。伊禪，據考證是波斯語「他們」的音譯，用來指稱被教徒崇拜的聖者。伊禪派的首領稱「和卓」（又譯「和加」），這也是一個波斯語音譯，原是波斯薩尼王國的一種官職名稱，也稱「學者」、「貴人」，後來，在中亞地區被稱作出身聖裔的人。據劉志霄著《維吾爾族歷史》一書，成吉思汗的後代，察合台汗國的禿黑魯·鐵木爾汗於 1322 年向阿克蘇地方的伊斯蘭教長加拉里丁作了信仰伊斯蘭教的表白。加拉里丁·克特柯的兒子和卓額西丁繼承父業，幫助禿黑魯·鐵木爾在天山北部推行伊斯蘭教。
作為報償，額西丁家族被賦予世襲庫車、阿克蘇、烏什地區宗教司法官——喀孜的特權。在 1513 年賽伊德建立葉兒羌汗國之前，伊禪派在天山南部是統一的，額西丁家族一直是這個教派的世襲首領。葉爾羌汗國統一天山南部後，要抵銷和擺脫控制這一地區宗教生活的額西丁家族，葉爾羌的熱西德汗請一位伊禪派教士和卓穆罕德默·謝日夫來到葉爾羌，熱西德汗成了謝日夫的信徒。這樣，天山南部就不再是額西丁家族的一統天下，而是有兩個伊禪派勢力。
葉爾羌的克里木汗時期，一個自稱伊斯蘭教創始人穆罕默德 23 世子孫的人，名叫伊斯哈克·瓦力，來到葉爾羌。後來，他向葉爾羌汗國密報了撒瑪爾罕軍隊奔襲葉爾羌的消息，使葉爾羌獲勝，因而伊斯哈克·瓦力取得在喀什噶爾傳教的權力。不久，伊斯哈克·瓦力拜訪額西丁之子阿布杜·熱依木，後者成了伊斯哈克·瓦力的信徒，這是額西丁家族退出天山南部宗教舞台的標誌。
葉爾羌汗國到阿布杜拉汗統治後期出現分裂，阿布杜拉與其長子堯勒瓦斯不合。堯勒瓦斯為了打擊阿布杜拉的勢力，有意識地扶植一種新的宗教力量，他選中了伊斯哈克·瓦力的異母長兄和卓穆罕默德·依敏（此人後來稱作伊禪喀蘭，即伊禪之首的意思）以對抗伊斯哈力·瓦力。伊禪喀蘭死後，他的兩個兒子尤素甫和和卓·阿帕克在堯勒瓦斯支持下，不到一年時間就在喀什噶爾得勢。天山南部的伊禪伊斯蘭教中就出現「伊西克亞」與「伊斯哈克亞」的兩派，前者為白山派，後者為黑山派。以後，這兩派參與南疆地方政權的爭奪，成了兩股政教合一的地方勢力。
白山派和黑山派進行了長期的權力爭奪。但兩派內部的相互殘殺也很激烈。例如，白山派的阿帕克和卓死後，他的繼室哈奈姆帕夏和阿帕克的長子葉海亞之間為爭奪帕夏（皇帝）的位置，大動干戈，哈奈姆帕夏暗殺了葉海亞和他的兩個兒子，葉海亞的第三個兒子和卓·艾赫麥德被白山派藏起來。此時，黑山派的首領地位轉移到伊斯哈克·瓦力家族中的達尼亞手中。 1715年，準噶爾部的策妄阿拉布坦進攻葉爾羌和喀什噶爾，先是達尼亞投降，後白山派的艾赫麥德被俘。他們倆都被準噶爾軍隊押往伊犁。
不久，達尼亞被釋放回南疆，他的兒子和卓·加罕繼續作為人質留在伊犁。清軍滅了準噶爾達瓦齊部，被準噶爾囚禁在伊犁的和卓·艾赫麥德和他的兩個兒子和卓·波羅尼都和罕和卓落到清軍手裡。正值清軍平定了準噶爾部，在複雜的南疆不知如何立腳的時候，他們放回了波羅尼都，清軍給他的職責是將「所有回人（維吾爾）應輸貢賦，查明數目，令其交納。」①這樣，清朝政府就將白山派作為控制南疆的依靠力量了。這當然會引起黑山派的不滿。黑山派以清廷為敵，純粹是因為它支持自己的宿敵白山派。
由於清廷的支持，白山派在天山南部得了勢，可是，它很快又將清廷視為自己擴充勢力的障礙，波羅尼都的弟弟罕和卓首先決定在「反對異教徒」的口號下反清，波羅尼都初時猶豫，後來被弟弟說服了。1759 年，清軍最後平定了這次叛亂，從此，天山南部地區完全統一於清政府的行政管轄之下。清朝政府爾後的任務就是如何在這塊信仰伊斯蘭教的土地上鞏固自己的統治。為此，清政府從軍事、政治、經濟、文化等幾個方面實施了一整套措施。根據《維吾爾族歷史》一書的研究，與宗教政策有關的表現在以下幾個方面。在政治上，確定新的行政建制，限制地方封建勢力，消除產生分裂割據的隱患。
清政府在新疆地區實行三種行政體制，一是扎薩克制，二是郡縣制，三是伯克制。扎薩克制是產生於遊牧部落的一種社會組織形式，清政府在北疆的蒙古族和哈薩克族遊牧部落仍然推行這種制度。扎薩克被授予對其屬部實行管轄的全權，清政府通常 不與扎薩克轄下的部族發生關係。扎薩克是世襲的。在天山南部的吐魯番、哈密地區，清政府也實行扎薩克制，據說這是為了獎勵這些地區的大家族協助清政府統一南疆。如此看，南疆的扎薩克制有點近似於分封制。在烏魯木齊周圍地區，清政府實行的是郡縣制，設迪化道，管理這一地區的郡縣。伯克制實行於除哈密和吐魯番以外整個塔里木盆地周圍的綠洲地區，是一種介於扎薩克和郡縣制之間的行政制度。
「伯克」一詞在維吾爾語中沿用已久，本意是「首領」。葉兒羌汗國時，伯克是主持軍事的官員，各地駐軍首腦稱伯克，行政首腦稱阿奇木。準噶爾汗國統治南疆地區時，出現了「阿奇木·伯克」「巴濟格爾·伯克」這樣的稱謂，詞的前半部分是具體職司範圍、責任，如巴濟格爾即收稅人，形成行政首腦，稅務首腦，交通首腦等。伯克是朝廷命官，各個地區的伯克有固定的名額編制，有固定品級，按品級領取朝廷俸祿。另外，伯克還保留了多少不等的封地和農奴人戶。這後一條有可能擴展成割據。於是，清政府又做了一些相應調整，如規定伯克任免升調由朝廷決定，伯克不能世襲，伯克任職用「迴避本省」辦法，即甲地人到乙地做伯克，乙地人到甲地做伯克，同時嚴格限制各級伯克的職權範圍，不可越權，阿奇木伯克不能獨攬一地大權。
在對待伊斯蘭教的具體政策方面，清政府實行懷柔與限制兩手。伊斯蘭教神職人員仍主持教民的宗教活動，宗教法庭仍可裁決教民的糾紛。然而，宗教機構的權力還是大大削弱了，例如，它已沒有自己的土地等生產資料，賦稅已由國家徵收，宗教方面不能再征，唯一保留的是根據伊斯蘭教義，信徒的施捨、捐獻部分，數額有限，也不固定。主要的限制措施是實行政教分離，伊斯蘭教方面不能干預地方政權，地方上的司法權和治安權不屬於宗教方面，由國家控制。其次，宗教機構不能再徵收宗教稅，也不能接受教徒的大宗饋贈。在此之前，地方勢力常向宗教機構有這類大宗饋贈，其中包括土地和農奴，而宗教上層人員又是世襲的，因此便成為一種獨立的勢力。清廷的這些限制措施，等於剷除了這種政教合一勢力的經濟根源。最後，清政府取消了宗教職務的世襲，割斷了產生政教合一勢力的胚芽。
清朝進軍新疆，與伊斯蘭教發生接觸的歷史過程大致就是這樣。從中可以看出鴉片戰爭前清朝新疆地區伊斯蘭教的一些特點。
第一，和卓——伊禪崇拜。伊禪派和卓之所以能形成政教合一的地方勢力，與此有密切關係。和卓們都構造了一套與伊斯蘭教創始人的血緣族系關係，在自己頭上加上了一神聖正統的光環，甚至利用人們的迷信心理為自己編織一張近乎神靈的面紗，嚴格地說，這已超出了穆罕默德初始的教義了。譬如，在《和卓傳·導言評價》一書有這樣一段描述：「在喀什噶爾人民中間，他被認為是僅次於穆罕默德的先知，並且由於他在治病和起死回生方面被認為可以與哈拉特依薩相媲美。他的舉止對人們產生了一種奇怪的作用，當他在他們中間出現時便產生一種最激動人心的奇特景象，有人興奮得流下眼淚，有人高興得引吭歌唱，有人狂蹦亂跳，有人昏厥暈倒，大家都禁不住出自一種狂熱的虔誠信仰被他吸引住，據說他行使的奇蹟數不清。」這些和卓們被說成法力無邊，站在水很深的水牢里，水卻未能淹沒腳脖子，在穀場上寫幾句咒語，揚幾杴糧食，麥場便震動起來，並充滿光輝，把和卓的痰倒進快死了的病人口中，病人便立即起床，病痛全無。
第二，麻札朝拜。麻札是阿拉伯語音譯，意為聖靈之地。在新疆，是指一些穆斯林顯貴的墓地。伊斯蘭教教義中本沒有神靈崇拜、亡靈崇拜，是伊禪派和卓們鼓動起麻札朝拜的。他們將麻札說成是連清真寺都無法比擬的神聖之地，以加強它的心理震懾作用。
第三，南疆的伊斯蘭教伊禪派有強烈的神秘主義色彩。它初在伊朗產生時有反抗阿拉伯統治階層的意義，與代表正統派的遜尼派強烈對抗。為形成自己的特色，它有一套嚴格的宗教儀式，信徒過著一種苦行僧式的生活，正是這一點使它最初傳入新疆時獲得一般民眾的同情。另一方面，它的神秘主義，迷信成分，神靈崇拜，以及對活著的神靈一和卓們的狂熱崇拜，也扼制了人們思想中的活力。
第四，和卓—伊禪崇拜最終發展成政教合一的地方封建政權，利用普通穆斯林的宗教情感，以宗教為掩蓋形式，和卓們達到了自己世俗的個人目的——爭奪統治權。也正是這種世俗的個人動機使當時政教合一政權腐敗不堪，為一般穆斯林帶來的不是幸福，而是苦難，因而也遭到一般穆斯林的強烈反對，這也是清朝政府能夠戰勝和卓—伊禪勢力的重要群眾基礎。
第五，清朝政府統一天山南北，對和卓—伊禪勢力採取一系列限制措施之後，這一地區的思想意識，包括宗教意識，即有不少新的變化。按《維吾爾族歷史》一書的研究，「18 世紀 70 年代以後，維吾爾民族的文化領域，事實上正經歷著巨大的變化。這種變化的表現是，擺脫伊斯蘭教思想的羈絆，正在形成一種新的突起的趨勢。這種趨勢構成了這一時期發生在維吾爾思想——文化領域內一切變化的核心，並為這個領域內所有的活動，打上了深深的時代烙印。」其表現在宗教學校教育上，「追求宗教以外知識的意向，猶如一股新鮮的空氣，吹進了伊斯蘭教學府。歷史、天文、哲學、醫學，尤其是人文主義的文學作品，引起青年學生的極大熱忱」。「對伊斯蘭教意識的離心傾向，在這個時期的維吾爾思想意識領域內，有明顯的反映。成就於這一時期的許多文獻作品，以明白無誤的特點，表現出與宗教著作的巨大差別和不同。」「對伊斯蘭思想意識的離心傾向造就的思想情緒，在一定程度上減弱了宗教對維吾爾民族智慧的束縛，使他們的思想情感部分地擺脫了宗教禁錮。18 世紀 70 年代以後問世的維吾爾文學作品，差不多都帶有明顯的非宗教傾向。它們比較強調個性的價值和思想解放。」