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人體是由自身細胞及共生的大量微生物細胞所共同組成的複雜共生生命體。人體腸道微生物數量龐大、種類繁多，被稱為「第二基因組」。在人體微生物組學中，96-99%的微生物聚集在胃腸道，腸道微生物與機體健康有著極為密切的聯繫。
本文，我們整理了腸道微生物行業的產業現狀，包括腸道微生物的應用場景、產業化政策以及國內專注於或重點布局在腸道微生物業務的企業。不足之處，歡迎留言補充。
了解腸道微生物
腸道微生物指動物腸道中存在的數量龐大的微生物，這群微生物依靠動物的腸道生活，同時幫助寄主完成多種生理生化功能。腸道不僅是人體消化吸收的重要場所，同時也是最大的免疫器官，在維持正常免疫防禦功能中發揮著極其重要的作用。
人體腸道為微生物提供了良好的棲息環境，成人腸道內的微生物數量高達10^14個，接近人體體細胞數量的10倍；質量達到1.2kg，接近人體肝臟的質量；其包含的基因數目約是人體自身的100倍，具有人體自身不具備的代謝功能。
近年來，腸道微生物研究已成為生物學領域的研究熱點之一。微生物組研究技術迅猛發展，使得進一步了解腸道微生物與人類集體的系統發育以及健康的關係成為可能。
早在1886年，科學家開始發現大腸桿菌及其對消化的作用。1907年，Metchnikoff提出著名的「梅氏假說」，認為「酸奶長壽」，乳酸菌能抑制腸道腐敗菌生長。1965年，Dubos等發表了大鼠胃部冷凍組織顯微圖像，圖中顯示許多杆狀或球狀的細菌附著於胃黏膜上，第一次獲得了腸道微生物存在於胃腸道黏膜中的顯微圖像。隨後逐步出現了對腸道微生物與人體健康關係的初步探索。1992年，Bocci提出腸道微生物菌群有著如同虛擬器官一樣的代謝功能，認為其是「被忽略的人體器官」，研究者們逐步意識到腸道微生物作為一個整體對宿主腸道的重要性。
20世紀末，分子生物學理論逐漸豐富，許多基於分子生物學理論的研究手段應運而生並進入飛速發展時期，更多的分子研究手段被應用至腸道微生物的研究，為進一步探索其組成、功能提供了可能。近年來，隨著全球微生物組計劃的實施以及宏基因組學、宏轉錄組學等技術的發展，腸道微生物的研究也越來越深入。
應用場景
01 腸道微生物與消化代謝
腸道是消化吸收的重要場所，腸道微生物對這一過程起著重要的調節作用。在盲腸和上行結腸中，碳水化合物發酵，微生物快速增長；而在橫結腸和下行結腸中胺基酸發酵，微生物增長速度變緩。腸道微生物的基因組中存在許多編碼碳水化合物活性酶的基因等，可幫助宿主消化糖類。作為機體代謝的重要參與者，腸道微生物不僅能合成多種人體生長發育所必需的維生素(如雙歧桿菌、乳酸桿菌可以合成維生素B1、B2、B6 和B12，以及維生素K和葉酸等)，還能促進礦物元素的吸收，幫助消化代謝。
02 腸道微生物與疾病
腸道微生物除了具有調節消化代謝的作用，還與糖尿病、心血管疾病、肥胖症、腎結石等多種疾病緊密關聯。
動脈粥樣硬化患者，柯林斯氏菌豐富，並且發現患者腸道中的細菌更容易合成肽聚糖，激活中性粒細胞以及促進促炎因子的釋放。對心力衰竭患者的腸道微生物經行檢測，發現其腸道內的細菌（尤其是革蘭氏陰性菌）以及真菌（尤其是念珠均屬）的量遠遠超過常人，腸道內的滲透性增加，促進了心力衰竭的進程。
研究人員還發現腸道微生物的群落結構與肥胖症相關，肥胖症會導致微生物多樣性降低。肥胖者的腸道菌群恢復到健康狀態可改善與肥胖相關的病症並幫助維持健康的體重。科學家在具有相同遺傳背景的、餵食低脂肪食物的無菌小鼠中移植了肥胖者腸道菌群，相比於未移植的對照小鼠，移植後的小鼠出現了肥胖症，相對應的，移植了瘦人腸道菌群的小鼠變瘦。如果把肥胖小鼠的腸道菌群移植給瘦小鼠，原先的瘦小鼠也會出現肥胖，同時攜帶肥胖者與瘦人菌群的小鼠，體重的增加以及和肥胖相關代謝表型的形成受到了抑制。
草酸桿菌的定植與草酸鈣形成結石的風險降低表現出70% 的關聯度。草酸桿菌可在腸道中代謝草酸鹽。缺乏草酸桿菌可能會導致結腸吸收草酸鹽增加，造成尿中草酸鹽積累，容易導致結石的形成。
03 腸道微生物與免疫
早期B細胞發育可發生在腸固有層，受到共生微生物和腸免疫球蛋白庫細胞外信號的調節。實驗表明，當無菌小鼠接觸了微生物菌群，微生物在體內定植，腸固有層中特異性表達Igλ 和Igk 的B 細胞的比例將會增加，從而影響B 細胞的發育。表達Foxp3 轉錄因子的CD4 + T 調節性T 細胞( Tregs) 對維持免疫內環境的穩定具有關鍵作用。腸道微生物群的孢子形成組分，特別是梭菌屬的IV 和XIVa 簇可提供富含轉化生長因子-β 的環境，影響結腸中Foxp3+ Tregs 的數量及其功能。常規飼養的小鼠早期以口服方式接種梭菌，成年後會表現出對大腸炎和全身性免疫球蛋白E 反應的抗性，這有可能成為治療自身免疫病和過敏反應的新方法。
04 腸道微生物與精神疾病
腸道正常微生物作為重要的環境因素影響著大腦的發育和功能。
自閉症：對大量自閉症患者的研究發現，其常伴有胃腸道症狀，如腹瀉、便秘、嘔吐等；自閉症患兒腸道微生物的多樣性以及豐度減少，減少程度與自閉症嚴重程度顯著相關。
帕金森病（PD）：PD患者伴隨有腸道功能紊亂的症狀，如便秘和營養不良等，20％~29％的PD患者在出現運動症狀的20年前就有便秘症狀。PD患者糞便中具有抗炎作用的丁酸鹽細菌，如勞特氏菌屬、糞球菌屬和羅斯氏菌屬顯著減少，與促炎作用有關的細菌相應增加。
產業化情況
近年來，國家出台了一系列重大政策，積極推進生物產業的發展，而腸道微生物作為生物產業的熱點之一，得到了一定的發展。
產業化政策
2016年，國務院頒發了《 「十三五」國家戰略性新興產業發展規劃》，開展「生物技術惠民工程」，積極推進腫瘤早期篩查及用藥指導等應用示範。發展和應用新型生物治療技術，推動新型個體化生物治療標準化、規範化，推動食品合成生物工程技術、食品生物高效轉化技術、腸道微生物宏基因組學等關鍵技術創新與精準營養食品創製。
同年，啟動國家十三五重點研發計劃《益生菌健康功能與基於腸道微生物組學的食品營養代謝機理研究》，項目總經費5000萬。該項目匯集17家本領域具有良好研究基礎和條件的單位：中國人民解放軍總醫院、中國科學院微生物研究、東北農業大學、新鄉醫學院、浙江大學、華中農業大學、華中科技大學、江南大學、中國藥科大學、蘇州海路生物技術有限公司等。
2017年12月，中國科學院啟動重點部署項目「人體與環境健康的微生物組共性技術研究」暨「中國科學院微生物組計劃」，由中國科學院微生物所牽頭，中科院上海生命科學研究院、生物物理所、昆明動物所、生態環境研究中心、青島生物能源與過程所以及協和醫院在內的14家單位共同參與，投入科研經費3000萬元，聚焦研究人體腸道微生物組、家養動物腸道微生物組、活性污泥微生物組的功能網絡解析與調節機制，創建微生物組功能解析技術與計算方法學，以及建設中國微生物組資料庫與資源庫。
另外，國家863計劃、自然科學基金和各省部委也對腸道微生態研究工作給予大力支持。
相關企業
國內腸道微生物產業發展方向包括疾病的診斷、治療、健康檢測、保健品和藥物研發、檢測、診斷以及治療的應用。
目前我國專注或重點布局在腸道微生物組的企業有15家左右，大多布局在檢測方面。還有包括深圳未知君生物科技、慕恩生物等微生物組學大數據、微生物資源發掘等公司。相關公司以中小企業為主，尚未有龍頭企業出現，代表企業有量化健康、銳翌生物、譜元科技、弘睿康、諾輝健康、海路生物等。其中，未知君、銳翌生物和諾輝健康在今年分別進行了新一輪的融資。
1.量化健康
量化健康是一家微生物檢測解決方案提供商，基於二代高通量測序系統，生產抗素應激水平量化檢測、能量量化檢測等監測產品，主要應用於科研以及健康領域機構，同時公司還為用戶提供人體微生物種庫及線性富集技術服務。
2016年6月20日，量化健康與基因測序新秀雲健康達成合作，聯合開發和推廣針對精準健康管理的一系列腸道菌群基因檢測產品。
2. 銳翌生物
銳翌生物將微生物宏基因組測序作為其特色服務，直接對某一特定環境中微生物基因組進行分析，從而避免了有些微生物不可培養的問題。通過數學統計的方法，統計和計算樣品中的各個微生物的種類和豐度以及基因的種類和豐度，從而找到某些微生物和人類健康狀況（或其他研究性狀）之間的關聯。宏基因組是對16S測序的補充與升華，已成為一門研究熱點。
2016年4月，其旗下公司銳翌基因與國內三代測序龍頭公司武漢未來組生物科技有限公司達成合作協議，雙方將利用各自優勢，開發基於最新三代測序平台--Sequel的宏基因組測序和分析流程，共同拓展三代測序技術在宏基因組學研究領域的應用。
3. 譜元科技
譜元科技專注於微生物檢測，是由一群熱衷技術的生物極客創立的高科技公司。2016年2月公司估值近2億，已完成首輪融資。打造了一個微生物檢測與數據分析平台，建立並保持國際領先的微生物基因大數據採集及數據挖掘、深度分析能力。
4. 微基生物
微基生物的研究對象涉及健康、農牧業、環境等，包括土壤、糞便、水體、腸道、發酵物、人體微生物等各類樣本，提供腸道微生物多樣性分析的整體科研服務，採用高通量測序、PCR-DGGE、實時螢光定量PCR等方法，對樣本中的DNA進行序列測定，並通過生信統計分析，對大量數據進行處理，揭示腸道中微生物的種類以及它們之間的相對豐度和進化關係，探討微生物多樣性，研究腸道微生物與環境間的相關關係。
微基生物擁有Illumina MiSeq、Ion PGM、Roche 454高通量測序分析，PacBio第三代高通量測序分析，PCR-DGGE 變性梯度凝膠分析，實時螢光定量PCR和克隆文庫等檢測平台。
5. 諾輝健康
諾輝健康2013年成立，致力於研究中國人群高發癌症的早期居家篩查和檢測服務，諾輝健康結合基因檢測和分子診斷技術，通過網際網路應用健康人群大樣本數據平台和深度學習技術，構建以早癌篩查為核心的居家健康自助管理體系。其主要產品有常衛清、常衛友、噗嗤管等。
6. 弘睿康
以0-3歲母嬰人群的微生物檢測作為目前的主打產品。其檢測結果包括嬰幼兒的菌群發育指數、免疫力水平、營養吸收水平、腹瀉風臉、常見複雜疾病等維度，並給出干預方案建議，指導用戶選擇合適的餵養策略以及益生菌、益生元等補充產品。此外，弘睿康還與國內其他公司合作，打造了皮膚微生態精準護膚等產品。
7. 普瑞森基因
利用目前國際上最先進的高通量測序和分子診斷技術，結合自主研發的微生物基因大數據分析平台和疾病數據模型，提供多種腸道微生態檢測服務和專業的微生物數據分析服務。將利用自身的檢測數據建立中華民族特有的腸道微生物基因資料庫和疾病模型，以期為國內製藥和分子診斷等領域的研發工作提供數據支持。
8. 卡尤迪醫學檢驗實驗室
卡尤迪醫學檢驗實驗室（北京）有限公司為國家衛生和計劃生育委員會批准設立的第三方醫學檢驗機構。公司微生物組為優勢學科領域，檢測項目覆蓋個性化用藥、腫瘤、感染、傳染性疾病等多個學科領域，無創、快速分子診斷技術平台為特色，提供優質的診療一體化解決方案。
9. 幕恩生物
致力於通微生物分離和培養技術，發現、保存、鑑定新的具有開發價值的微生物多樣性資源，旨建立全球最大的標準化微生物資源中心。建立起了領先的微生物發掘技術平台一一從微生物多樣性的獲取、微生物高效篩選、發酵與生產優化到微生物劑型開發。
10. 微健康基因科技
構建了全球領先的中國兒童腸道菌群資料庫，並為嬰幼童提供科學精準的腸道偉康檢和預測服務。檢測產品腸健貝已投入市場。
11. 海路生物
主要業務集中於糞便標本前處理自動化、快速檢測自動化等領域。
12. 派森諾生物
致力於為健康醫學、生命科學等領域提供分子生物學技術服務及大數據挖掘與分析服務。
13. 奕景生物
2018年底有兩款微生態組治療藥物相繼在美國和加拿大獲准進入 I 期臨床試驗。這兩款藥物分別針對肥胖患者和採用免疫檢查點抑制劑 (ICI) 的腫瘤患者，希望通過開創性地運用腸道微生態療法，為腫瘤和肥胖疾病帶來新的治療手段和藥物。
14. 未知君
未知君是我國第一家專注於腸道微生態的AI製藥公司，將「人工智慧+生物信息分析技術」，與腸道微生態技術相結合，從而提升新藥研發效率和成功率。
15. 知易生物
專注二代益生菌與活菌藥物的研究與開發。
在微生物產業的熱潮中，一些政策細則仍然不夠完善，阻礙了腸道微生物產業的發展，使得腸道微生物前景不明朗。在國內，糞菌移植和活菌藥物暫時還沒有明確的規定，NMPA對於腸道微生物治療的態度也不明確。糞菌移植的使用歷史雖然可追溯到至少公元四世紀的中國，但是目前暫無明確的管理條例，只作為一種醫療技術而不是藥物，不需通過藥監局批准進行臨床試驗。
目前關於微生物產業的格局國內外還是有比較大的差異的。國外公司主要布局治療，而國內公司主要布局檢測的局面。但是微生物要真正實現產業化的發展，需要更多層次的布局。
參考來源：
《人體腸道微生物組學與健康大產業》
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KOETH,R.A., WANG,Z., LEVISON,B.S.,et al. Intestinal microbiota metabolism of l-carnitine, a nutrient in red meat, promotes atherosclerosis[J]. Nature medicine,2013,5(5):576-585.
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FEI, N., ZHAO, L.. An opportunistic pathogen isolated from the gut of an obese human causes obesity in germfree mice[J]. The ISME journal emultidisciplinary journal of microbial ecology,2013,4(4):880-884.
https://mp.weixin.qq.com/s/LpLSldSHasJEGqcU_S0ONw