胃鏡檢查時醫生常常會根據檢查時發現的異常取活檢化驗，這是醫生髮現病變需要進一步明確其性質及嚴重程度。
胃非腫瘤性疾病活檢的適應症：
1.胃鏡檢查證明有慢性胃炎或消化性潰瘍。（切記-正常的胃鏡檢查不一定排除組織學性胃炎）。
2.患有非潰瘍性消化不良的患者以評估有無幽門螺桿菌感染。
4.報告其他形式的胃炎。
5.需進一步活檢，以評估癒合情況並區分再生改變和真正的不典型增生。
急性胃炎很少進行活檢。
胃鏡圖片很有用。內鏡醫師可以在圖上指出病變。
申請單應包括以下信息：
-年齡和性別
-症狀（請在開申請單時儘量向醫生提供相關信息）
-臨床印象
-既往胃鏡檢查結果
-部位至關重要
-惡性貧血病史
-免疫抑制劑使用史-該病史促使病理學家仔細檢查活檢組織是否有特殊感染（例如巨細胞病毒）。
-有關的外科手術
-胃癌或家族性腺瘤性息肉病的家族史
-先前胃活檢的結果
活檢通常涉及的問題及評估：
-活檢中包括的粘膜類型。
-活檢：正常或異常
-活檢異常：局灶性或瀰漫性病變（即涉及表面上皮，腺體成分或間質，或全部三種）
-炎症：
i）類型（急性，慢性，混合，淋巴細胞，漿細胞，嗜酸性）。
ii）部位（表面上皮，凹陷，基質，腺體）。
-潰瘍：存在或不存在
-胃炎的存在：
-基質與腺體的比率：正常或異常
由於i）基質過多，ii）正常粘膜成分的損失，iii）由於細胞數量的增加，比率發生了變化。
i）凹陷性擴張，ii）腺體擴張，iii）炎性浸潤擴張，iv）細胞浸潤異常
-腺體變形：
注意腺體是否彼此平行排列。在化學性胃炎和Menetrier病中發現分支和不規則現象。
-化生：腸化生，幽門腺化生
-血管：正常或異常
異常特徵：化學性胃炎中的血管擴張，血栓形成，增厚，非典型特徵，腫瘤栓子。
-微生物：真菌，病毒包裹體
-再生變化：進一步的檢查以排除異型增生。
特別染色：
PAS-突出白色念珠菌或其他真菌。
AB / PAS-腸上皮化生。
高鐵二胺/阿爾辛藍-根據粘蛋白類型對腸化生類型進行分類。
銀染色法-顯示幽門螺桿菌
免疫組織化學：
展示特定的夾雜物（巨細胞病毒，皰疹病毒）
抗幽門螺桿菌抗體-不常規使用。 （當細菌數量很少時使用）
嚴重程度的分級：
1.慢性炎症：固有層的淋巴細胞和漿細胞增加。
分級：根據炎症細胞的密度分為輕度，中度和重度。
2.炎症活動性：嗜中性粒細胞浸入固有層，凹陷或表面上皮。
分級：輕度：少於凹陷的1/3，表面浸潤。
嚴重：超過2/3 rd
3.萎縮：胃體或胃竇中腺體缺失。
分級：輕度，中度或重度腺體缺失。
4.腸上皮化生：
評分：輕度：少於黏膜的1/3
中度：1 / 3-2 / 3
重度：超過2/3
5.幽門螺桿菌：
分級：輕度定居：散布的生物覆蓋不到表面的1/3。
中度：表面的1/3-2 /3
嚴重：表面大於2/3的大型簇狀或連續分布。