明朝建立以後，道教承宋元舊制，分為正一、全真兩大派系，官方發給不同的度牒。明朝皇室因鑒於世居龍虎山張陵後裔在道教中的影響，一方面肯定了元代授正一道教主的地位，但又革除「天師」稱號，改授為正一嗣教真人。在明代皇帝中，特別崇奉道教的明世宗（朱厚熜1522—1566年在位），他自號「玄都境萬壽帝君」，躬親禮齋，許多道事士被授予「少保」、「禮部尚書」等官銜，參與朝政。明代歷世還在京師設置道籙司，在各府設置道正司，在各縣設置道會司，將道教事務列入朝廷行政管理的範圍。
明朝正一道的政治地位居道教各派之首。早在1361年朱元璋攻占南昌時，正一道第42代天師張正常就曾譴使拜謁，密告「符命」，與朱氏接上關係。明朝開國後，張正常於洪武元年（1368年）入朝禮賀，明太祖封他為正一嗣教真人，賜銀印，秩視二品。洪武五年，又敕令張氏永掌天下道教事。從此正一天師便上升為道教各派首領，其地位較元代正一天師統領江南道教更高。張正常以擅長符水治病術聞名，羽化於洪武十年（1377年）。其子張宇初嗣位後，襲封正一嗣教大真人，領道教事。此後明朝歷代天師皆沿例襲封大真人，掌管天下道教。張宇初博學能文，撰有《道門十規》。該書吸收全真道性命雙修及嚴守清規戒律之宗旨，指出道士應遵守的10條戒律，以之推廣於道教各派，意圖整頓道教。他還撰有詩文集《峴泉集》，對道教思想宗旨及修持方法多所發揮，堪稱宋元以來最有學識的正一天師。張宇初還曾奉敕設醮建齋，重建龍虎山上清宮。
明太祖認為禪宗與全真道「以修身養性，獨為自己而習」，無助於倫理教化，故重視正一而貶抑全真。因此全真道在明代政治地位下降，教團發展受限制，其勢力遠不及金元時代。
全真道自元代以來，七真門下各自開派，形成7個支派。其中丘處機所開龍門派勢力最強。該派傳至明代，出現以戒律密傳的「龍門律宗」。此宗以丘處機門人趙道堅為第一代律師，趙傳張德純，張傳陳通微，陳傳周玄朴。周玄朴是龍門第四代律師，受法於洪武丁卯（1387年）。周玄朴後傳於張靜定、沈靜圓，龍門律宗此後分作張、沈二支流衍。
明世宗時，有龍門第4代弟子孫玄清（1517——1569年），得山東嶗山李顯陀、鐵查山通源子及斗篷張真人之傳，頗有道術。嘉靖三十七年（1558年）至京師白雲觀坐缽修煉，祈雨有驗，詔賜「紫陽真人」之號。孫玄清門下形成「金山派」，亦稱嶗山派，屬龍門支派。
明代著名的道士還有張三丰、邵元節、陸西星等。其中最為有名的道士是張三丰。其人生卒年代不詳，曾在湖北武當山（一名太和山）修道，後離武當山隱居。太祖、成祖均曾譴使尋覓，不遇，乃營修武當宮觀。道教從而有南派之武當道，據《諸真宗派總簿》載，武當道派有自然派、三豐派等傳衍近代。明英宗天順三年（1459年），張三丰被封為「通微顯化真人」。
邵元節（1459——1539），字仲康，號雪崖，江西貴溪（一說安仁，即今江西餘江）人。 居龍虎山上清宮。師事範文泰、李伯芳、黃太初。不應寧王朱宸濠之召，放浪形骸於江湖間。明世宗嘉靖三年（1524）征之入京，召對便殿，頗得世宗賞識，達十五年之久。邵元節雖位極人臣，但他謹小慎微，很少干預朝政，專心禱祀。著有《太和文集》。
陸西星（1520——1606）為明代內丹東派開創者。字長庚，號潛虛子。揚州興化（今屬江蘇）人。擅文詞，兼工書畫。因屢試不中，乃棄儒入道，入山隱居。自稱得呂洞賓真傳，著書立說，闡發內丹之旨，遂開內丹東派，被後世道士尊為內丹東派之祖。著有《方壺外史》八卷，包括經典注釋及丹法十五種，《南華附墨》八卷。近現代一些學者考證，著名神怪小說《封神演義》的原作者實為陸西星。
在明代，還可以值得一提的是明永樂四年（1406年）成祖敕令第四十三代天師張宇初纂修《道藏》。正統九年（1444年）英宗繼承成祖之志，詔通妙真人邵以正督校《道藏》，次年（1445年）編成《正統道藏》5305年卷，凡480函。至萬曆三十五年（1607年），第五十代天師張國祥奉命續補《道藏》，凡32函，180卷，名《萬曆續道藏》。與《正統道藏》合計共5485卷，512函，即現存之明版《道藏》。成為道教史上現存最完備和最重要的經籍總集。