中藥有治標治本的功效已經是眾所周知的，但是藥三分毒，中藥也有一定的毒副作用，因此，在用藥時要根據實際情況注意用藥禁忌，保護自己生命安全。
證候用藥禁忌
由於藥物的藥性不同，其作用各有專長和一定的適應範圍，因此，用藥也就有所禁忌。如麻黃性味辛溫，可發汗解表、散風寒，又能宣肺平喘利尿，故只適宜於外感風寒表實無汗或肺氣不宣的喘咳，而對表虛自汗及陰虛盜汗、肺腎虛喘則禁止使用。又如黃精甘平，服用可滋陰補肺、補脾益氣，主要用於肺虛燥咳、脾胃虛弱及腎虛精虧的病症。但因其性質滋膩，易助濕邪，因此，凡脾虛有濕、咳嗽痰多以及中寒便溏者則不宜服用。
妊娠用藥禁忌
某些藥物具有損害胎元以致墮胎的副作用，所以應作為妊娠禁忌的藥物。根據藥物對於胎元損害程度的不同，一般可分為慎用與禁用兩大類。慎用的藥物包括通經去瘀、行氣破滯及辛熱滑利之品，如桃仁、紅花、牛膝、大黃、枳實、附子、肉桂、乾薑、木通、冬葵子、瞿麥等；而禁用的藥物是指毒性較強或藥性猛烈的藥物，如巴豆、牽牛、大戟、商陸、麝香、三棱、莪術、水蛭、斑蝥、雄黃、砒霜等。凡禁用的藥物絕對不能使用，慎用的藥物可以根據病情的需要斟酌使用。
服藥飲食禁忌
在服藥期間，一般應忌食生冷、油膩、腥膻、有刺激性的食物。此外，根據病情的不同，飲食禁忌也有區別。如熱性病，應忌食辛辣、油膩、煎炸性食物；寒性病，應忌食生冷食物、清涼飲料等；胸痹患者應忌食肥肉、脂肪、動物內臟及煙、酒等；肝陽上亢頭暈目眩、煩躁易怒等應忌食胡椒、辣椒、大蒜、白酒等辛熱助陽之品；黃疸脅痛應忌食動物脂肪及辛辣菸酒刺激物品；脾胃虛弱者應忌食油炸黏膩、寒冷固硬、不易消化的食物；腎病水腫應忌食鹽、鹼過多的和酸辣太過的刺激食品；瘡瘍、皮膚病患者，應忌食魚、蝦、蟹等腥膻物及辛辣刺激性食品。
中藥的配伍禁忌
這裡面還有一個值得一提的是中藥的配伍禁忌。配伍禁忌是指某些藥物合用會產生劇烈的毒副作用或降低和破壞藥效，因而應該避免配合應用。古代也有不少反藥同用的文獻記載，認為反藥同用可起到相反相成、反抗奪積的效能。
中藥有「十九畏」和「十八反」諸藥，有一部分同實際應用有些出入，歷代醫家也有所論及，引古方為據，證明某些藥物仍然可以合用。由於對「十九畏」和「十八反」的研究，還有待進一步做較深入的實驗和觀察，並研究其機理，因此，目前應採取慎重態度。