法國新冠肺炎樣本單核酸多態性發生部位比較圖。圖片來源：巴斯德研究所論文截圖
國際戰「疫」行動
4月28日，法國巴斯德研究所發布新聞公告，該所已完成「法國輸入性與早期傳播病毒的朔源分析」相關研究，結果於近日以預發表形式發布在bioRxiv.org網站。根據該研究，法國暴發的新冠肺炎疫情並不是由1月份來自中國的輸入病例引起的，也並非來自義大利，而是來自一種在當地傳播的來源不明毒株。該研究由法國國家呼吸道感染病毒參考中心主任西爾維·范·德維爾和巴斯德研究所RNA病毒進化基因組學負責人埃蒂安·西蒙·洛里埃共同牽頭。
根據巴斯德研究所提供的新聞稿，法國於1月10日開始病毒監測，由巴斯德研究所和法國呼吸病毒研究所（NRC）負責啟動密切關注流程。法國於1月24日發現首例新冠病毒感染者，這也是歐洲首例新冠肺炎患者，另有其他兩例中國輸入性病人也很快被檢測和收治。法國政府迅速採取措施，追蹤了這些患者的密切接觸者，阻止了病毒的進一步傳播。1月份的中國輸入病例沒有在法國引發局部傳播，顯示出法國採取預防病毒擴散系列措施的有效性。
法國採集的新冠病毒樣本均儲存在國家呼吸病毒研究所，巴斯德研究所RNA病毒進化基因研究組對97份法國病毒樣本進行了基因測序與比對。樣本主要為鼻咽拭子和痰液，採樣時間為1月24日至3月24日。法國該階段確診病例22302人，死亡1100人，疫情主要流行於法國北部。全部樣本均采自於有臨床症狀的確診患者，同時將籍貫、旅行史、發病時間、病毒載量和採樣部位納入基因比對內容。另有3份來自阿爾及利亞病毒樣本。
歐洲精準醫療平台首席科學家鞠麗雅對該溯源研究進行了解讀：取自法國東南部並有義大利旅行史的病毒株（GE1583，B2340）與法國北部的不同，但和義大利北部流行株類似，而且沒有在法國流行；法國首例來自中國的確診患者（IDF0372），其單核酸多態性G22661T是獨有的，與法國的所有病毒基因不同；法國北部地區的代表性病毒基因為GE1973（東大地區），IDF2849（大巴黎地區）和N2223（諾曼第地區）；有歐洲旅行史的代表基因為IDF2792；3份取自阿爾及利亞的病毒株與法國北部流行株同源。
巴斯德研究所將法國檢測的樣本序列與全球共享流感數據倡議組織（GISAID）發布的338份新冠肺炎病毒序列進行比對和溯源分析，並建立病毒進化樹圖譜。對比研究表明，法國流行的新冠病毒和1月發現的中國輸入感染病毒並非來自同一毒株，兩種病毒來自同一個「祖先」，但屬於不同的分支。導致法國本地疫情的主流分支，與來自中國和義大利的輸入病例都不相同。法國現今流行的病毒樣本中，最早一個樣本是2月19日從一名患者身上採集的，該患者沒有國內外旅行史，也沒有和海外歸國的旅行者接觸過。該患者於2月25日去世，隨後法國出現大規模疫情潮。
鞠麗雅對科技日報記者表示，來自亞太地區（包括湖北武漢）的病毒株與法國病毒株沒有關聯；來自美國病毒株與法國的關聯不大；法國北部流行病毒株均出自於同一原始株。用通俗的話來解釋，法國新冠病毒是一個歷史久遠的大家族，和中國武漢的病例相隔甚遠。
綜合上述結果，巴斯德研究團隊提出，由於最有代表性的基因型的最早病例並沒有旅行史，意味著早在2月份歐洲疫情暴發之前，已經有病毒在法國和歐洲其他國家「悄然」流行，且大部分是輕症或無症狀，因而長時間未被發現。這項工作為法國病毒溯源提供了線索，並強調在無症狀病例大量存在的情況下，遏制病毒傳播面臨挑戰。
巴斯德研究所指出，許多國家的病毒取樣工作仍然不完全，因此無法精確估算出法國新冠病毒的來源或輸入時間。蒂安·西蒙·洛里埃指出：「根據我們的首次觀察，法國流行的新冠病毒感染與無症狀病例有關。對不同地區的新冠病毒進行測序很重要，能更好地了解法國新冠病毒的流行軌跡。」
來源：科技日報