天國的男女別營制度導致一些民眾自殺身亡。在完全佔領南京後楊秀清下令在天京實行男女別營，全城居民以25人為單位，分別按照性別編入男館或女館，傳統的家庭被廢除。男女別營制度頒布後，城內許多百姓"遂于夜間或合室焚燬，或全家自縊，或近河塘牽連投水。"
太平軍攻入城時由於及時宣傳，躲在家中的大部分百姓沒有受到傷害，只有那些在外者可能被誤殺，根據時人的記載，死亡的人不多。而太平軍入城後的政策對一般的平民和富商並不構成生命威脅，只是要求他們按照太平天國的制度行事而已，通常情況下，這些人不會自殺。所以，那些認為南京城中民眾死亡數十萬的說法，可能是一種文學手筆，誇大了當時的情形。但張繼庚所記載的萬人顯然也低於民眾實際的死亡數。筆者統計了《上江兩縣誌》中所列除八旗外的死者名單，共10 130人，而縣誌中所載的人數是低於實際死亡數的。正如一位目擊者所記載的那樣：“自余族伯全家殉節外，城中合門死難者甚多，無從稽考，僅就目見耳聞者，已不勝紀，然其中死節最烈者，殊不忍沒也。略紀一二。”能夠被記載下來的只是一部分。可見，張繼庚的記載也是不真實的。
南京城中民眾死亡的人數究竟是多少?上元人李濱根據官方材料約二百餘種所寫的《中興別記》曾對當時的殉難情況按時間分門別類地做了記載：除了有功名者外，“凡男婦暨僑寓，其無死責而執不辱之義者，水火沉經，順若正命，蓋不下數萬人，合門自盡，快於一瞑，複數百家”。數萬以5萬計，數百家按戶均口數5人算約2 500人，官紳死亡人數據方志所列名單統計共3 432人，這些合起來大約6萬人。加之被誤殺的以及其他因素死亡的，平民的死亡數會高一點。所以，《中興別記》的記載可能比較真實，即當時城中平民死亡的不超過10萬。
綜上所述，太平天國攻入南京前南京城的原有居民約54—90萬人，到達南京的太平軍及其隨軍家屬又有13—15萬人，扣除攻擊外城戰死的0.4萬人和攻擊內城戰死的1萬人，奠都前實際留居南京的太平軍為約11.6—13.6萬；八旗及其家屬死亡人數達3.1萬餘人；由於太平軍軍紀嚴明，平民的死亡主要是自殺造成的，總死亡數不超過10萬。合而計之，太平天國奠都前，南京城總人口大約在52.5—90.5萬人之間。
此外，太平天國的男女別營制度導致一些民眾自殺身亡。在完全佔領南京後不到三天即1853年3月22日，楊秀清下令在天京實行男女別營，全城居民以25人為單位，分別按照性別編入男館或女館，傳統的家庭被廢除。客觀地說，男女別營制度有其積極的一面。在《金陵省難紀略》一文中，作者在列舉了忠貞者的種種事跡後進一步說道：“惟婦女之死，無錚錚特異者：緣賊禁姦淫甚嚴，其党皆不敢犯，故婦女無逼迫難已之情，因元激烈可傳之行；不過女隨父，妻隨夫，同時殉難而已。”但是，在傳統社會中，家庭是人們滿足物資和精神需求的基本單位，民眾對它有深厚的認同感。所以，當男女別營制度頒布後：“父母弟兄妻子立刻離散，家業頓拋。有請緩頰至來日遵行者，遂于夜間或合室焚燬，或全家自縊，或近河塘牽連投水，紛紛無數。有一家數十口者，有同居三四姓者，望衡對宇，烈焰日夜不絕。水面浮屍或仰或仆，擁擠莫辨。其閉戶仰藥懸梁者更不知紀極。”
此外，太平天國的男女別營制度導致一些民眾自殺身亡。在完全佔領南京後不到三天即1853年3月22日，楊秀清下令在天京實行男女別營，全城居民以25人為單位，分別按照性別編入男館或女館，傳統的家庭被廢除。客觀地說，男女別營制度有其積極的一面。在《金陵省難紀略》一文中，作者在列舉了忠貞者的種種事跡後進一步說道：“惟婦女之死，無錚錚特異者：緣賊禁姦淫甚嚴，其党皆不敢犯，故婦女無逼迫難已之情，因元激烈可傳之行；不過女隨父，妻隨夫，同時殉難而已。”但是，在傳統社會中，家庭是人們滿足物資和精神需求的基本單位，民眾對它有深厚的認同感。所以，當男女別營制度頒布後：“父母弟兄妻子立刻離散，家業頓拋。有請緩頰至來日遵行者，遂于夜間或合室焚燬，或全家自縊，或近河塘牽連投水，紛紛無數。有一家數十口者，有同居三四姓者，望衡對宇，烈焰日夜不絕。水面浮屍或仰或仆，擁擠莫辨。其閉戶仰藥懸梁者更不知紀極。”