西班牙和法國是鄰國，但在拿破崙執政期間，西班牙曾經一度被法國占領，然而曾經與葡萄牙瓜分過新世界的西班牙並"不好整"，法蘭西為此深陷西班牙戰爭的泥潭長達6年，數十萬精銳被消耗在了西班牙全民游擊戰中。

葡萄牙對英國的曖昧引起拿破崙的反感

1805年秋，拿破崙發動了一系列戰役，整個歐洲大陸基本上都被拿破崙大軍踩在腳下，不過英吉利海峽之外的英國依然是個威脅。因為英國擁有強大的海軍，拿破崙認為打擊英國最好的辦法就是封鎖英國，切斷它的對外貿易。可是由於葡萄牙與英國是盟國，兩國又是姻親，拿破崙的大陸封鎖政策在葡萄牙這裡碰了壁。於是，拿破崙開始與西班牙首相戈多伊密謀瓜分葡萄牙，面對法國大軍的進逼，葡萄牙國王被迫答應了法國的條件，但戰爭並沒有避免，拿破崙命令朱諾率2.7萬人越過西班牙向葡萄牙進軍。葡萄牙王室不得已匆忙逃往英國，隨行人員滿懷悲憤擁護在碼頭，擠上了英軍戰艦一起流亡英國。葡萄牙就這樣被輕易占領，但實際上是被法國一家獨吞。

拿破崙介入西班牙王位之爭

此時的西班牙哪裡還是當年世界一等強國，在英國法國兩個強盜的蹂躪下早已變得奄奄一息。國王卡洛斯四世是個軟弱之君，皇后被首相睡了都不敢說什麼。王子斐迪南在人民的支持下與戈多伊為敵，為此他想向拿破崙的侄女求婚，但遭到拿破崙的拒絕。與此同時老國王也在向拿破崙求助，認為兒子一心想取代自己，因為父子倆都希望得到幫助，這讓拿破崙有了可乘之機。

1808年2月，迪埃梅斯的一個軍進入西班牙，並占領卡塔盧尼亞，隨後又以欺騙性手段占領了巴塞隆納、潘普洛納等不少要塞。到次年3月，西班牙北部與西部相繼落入拿破崙之手而此時大部分西班牙盟軍依舊在波羅的海和葡萄為拿破崙效力，拿破崙這樣做非常不地道，甚至可以說是欺人太甚。3月24日拿破崙下令十萬大軍開進馬德里，卡洛斯四世和首相等人逃出首都，並在路上宣布退位給斐迪南。拿破崙調停其王室矛盾，最終在5月5日，斐迪南同意放棄王位，卡洛斯將西班牙與西印度群島的王位讓於拿破崙，法國國庫支付給卡洛斯750萬法郎，其王子們也得到相似的待遇。斐迪南簽字放棄權利並獲得一個城堡和一份年金，這場西班牙王位之爭就這樣收場，最大的贏家無疑是拿破崙。他任命自己的哥哥約瑟夫為新的西班牙國王。這樣做的結果讓西班牙人民非常憤怒，於是一場全國性的反拿破崙戰爭徹底點燃。

拿破崙陷入戰爭泥潭

最初只是幾起小的起義，所以很快被撲滅，6月16日法軍向塔拉戈納進軍，殺死1600名農民，並焚燒了他們的村莊，隨後一支小規模的英軍在桑坦德登陸支援起義軍但也被擊退。杜邦的軍隊在攻占科爾多瓦後掠奪了大量財物，不過他們很快被憤怒的西班牙農民起義軍和西班牙政府軍包圍。7月22日，2.3萬法軍在拜蘭遭到西班牙卡斯塔尼奧將軍所率軍隊的進攻，法軍傷亡慘重不得不投降。卡斯塔尼奧隨軍乘勝追擊所向披靡，僅僅10天後馬德里的約瑟夫就坐不住了，他收拾行囊逃往北方的布爾戈斯，在那裡法軍重整戰旗準備進攻。

此時，迪埃斯也被加泰羅尼亞的山民包圍在巴塞隆納，蒙塞軍被瓦倫西亞的居民打得落花流水，面對西班牙全國性的民眾抵抗，法軍陷入了困境。但是直到此時拿破崙依然認為對付這些西班牙民兵輕而易舉。8月8日英國名將韋爾斯利率領1.2萬英軍在葡萄牙蒙德戈登陸成功，並向里斯本進軍。8月17日，4.4萬法軍向英軍發動進攻，法軍在作戰不利後撤，因為西班牙戰事不利，這部分法國被阻斷在了葡萄牙，最終不得已與英軍簽訂協議，由海路和平退回法國，於是葡萄牙再次獲得了獨立。

法軍此時在西班牙唯一的勝利就是西埃爾元帥在梅迪尼亞擊敗了西班牙將軍布拉克率領的軍隊，但戰鬥結束後卻犯下了屠殺戰俘的暴行，直到此時拿破崙終於意識到西班牙局勢的緊迫性。1808年9月27日，拿破崙在艾爾福德與俄國亞歷山大一世進行了會談，經過一些戰略上的討價還價後，終於可以放手處理西班牙問題。拿破崙組建了西班牙軍團，維克多第1軍、蘇爾特第2軍、蒙塞第3軍、勒費弗爾第4軍、內伊第6軍、聖西爾第7軍以及貝爾埃爾近衛軍，合計19.1萬人，此外第5和第8軍也在法國集結，約4.3萬人。此時伊比利亞半島上的英軍有5萬人，西班牙人各地的民兵和正規軍有6.5萬人。

1809年3月，拿破崙大軍勢如破竹，西班牙正規軍在塔霍河失利 ，但是民間自發組織的游擊隊卻如烈火一般四處蔓延。他們時常突襲法軍，並對後勤車隊進行伏擊，大型游擊隊的數量也從1809年底 的20餘支發展到了1810年的30餘支。法軍在這些非正規作戰中損失慘重，如弗朗西斯科領導的游擊隊僅在一年時間就發動了一百四十餘次突襲，俘獲法軍1萬餘人，占領城鎮十三座。

面對失控的局面，法軍組織近三十萬人力圖徹底解決西班牙問題，然而英軍再次加入，法西戰爭也從一開始的速決戰最後變成了拿破崙大軍深陷泥潭。戰事一拖再拖，傷亡人數也在激增。這時法國與俄國的矛盾愈發激烈，拿破崙從西班牙戰場不斷抽調兵力北上，1811年到1812年從西班牙抽調約六萬精兵加入到入侵俄國的準備中。1812年對俄戰爭的爆發，俄國與西班牙結成同盟，西班牙戰爭變成了英葡西俄對法國的戰爭，隨著法國在俄國戰敗，西班牙戰爭的拐點也由此到來。

1813年在維多利亞地區，西班牙游擊隊、政府軍與英葡聯軍大敗法軍，法國在西班牙的失敗已經在所難免。1814年，英軍率領聯軍將法軍趕出西班牙並進入法國作戰，至此法國對西班牙的戰爭宣告結束。

法國對西班牙的侵略戰爭以法國戰敗告終，整個戰爭持續了六年，法軍損失50餘萬人，可以說死傷無數。在這場戰爭中真正起到決定作用的並不是英軍參戰，而是整個西班牙人民的奮起反抗，大量平民組織起游擊隊，讓具備戰爭優勢的法軍陷入到了游擊戰的泥潭裡。拿破崙看似兵敗俄國，其實法國"後花園"的戰火也一直沒有熄滅，這又何談遠征一個歐洲超級大國（俄國）呢？這一點也再次證明，在戰爭中大凡雙線作戰的國家都將會面臨著巨大的風險，而拿破崙的失敗其實早在法西戰爭中就已經註定。