1、土壤養分分布不均衡
草莓對營養元素的吸收具有特異性，對所需養分年年吸收，土壤養分必然缺乏，而對其不需要或需要較少的元素積累過多，土壤內養分平衡必然失調，地力得不到充分利用。其次，草莓根系分布固定，年年重茬，根系吸收範圍固定，同樣會造成營養缺乏。再者，施肥中通常偏重氮、磷而輕鉀，導致缺鉀症，抗性差，病蟲害嚴重。同時部分中微量元素缺乏，造成養分不均衡，易出現生理障礙。
2、土壤次生鹽漬化加劇
設施栽培施肥量較大，加上常年覆蓋或季節性覆蓋改變了自然狀態下的水分平衡，土壤得不到雨水充分淋洗。又因大棚內溫度較高，土壤水分蒸發量大，沿土壤毛管上升，最終土壤表面形成一薄層白色鹽分，即土壤次生鹽漬化現象。土壤次生鹽漬化現象在我國設施栽培中普遍發生，以連棟大棚和溫室最為明顯，在很多地區業已成為設施土壤可持續利用的主要障礙。土壤次生鹽漬化表現為根系的吸水、吸肥能力減弱，植株生長發育不良。隨鹽類濃度的提升，土壤微生物活動受到抑制，銨態氮向硝態氮的轉化速度下降，作物被迫吸收銨態氮，葉色變深甚至卷葉，生長發育不良。
3、土壤酸化
長期施用化學肥料和有機肥，尤其是生理酸性肥料和沒有腐熟完全的有機肥料，會導致設施地土壤的酸化。許多研究表明，設施地土壤pH值隨種植年限的增加呈下降的趨勢。土壤pH值的變化將會影響到土壤養分的有效性。在石灰性土壤上，pH值的降低能活化鐵、錳、銅、鋅等元素以及磷的有效性；但在酸性土壤上，pH值的降低會加重汞、鋁、錳的毒害作用，磷、鈣、鎂、鋅、鉬等元素也易缺乏。
4、土壤物理性狀不良影響土壤的空隙度和結構性
土壤水分和通透性等對農作物根系的生長及養分吸收有重要影響。設施地土壤與露地土壤相比，隨種植年限增加，土壤結構性得到明顯改善，水穩性團粒結構（0.25～2毫米）隨種植年限增加，土壤毛管空隙發達，持水性好，這主要是因為多年培肥所致。但非活性孔隙比例相對下降，土壤通氣透水性差，物理性狀不良。連作引起的鹽類積累會使土壤板結，通透性變差，需氧微生物的活性降低，土壤熟化慢；同時耕翻深度不夠，使土壤耕作層變淺，固定在一定的範圍內，影響根系的伸展，造成植株生長發生障礙。
5、土壤有害微生物增加，土傳病害嚴重
土傳病害是引起連作障礙最主要的因子。日本的調查結果表明，引起重茬病的70%左右的地塊是由土壤傳染性病蟲害引起的。重茬提供了根系病蟲害適宜生存的寄住和繁殖的場所，使得土壤中病原菌數量不斷增加，特別是近幾年由於過多的施用化肥帶來土壤中病原拮抗菌減少，更加重了土傳病蟲害的發生。在設施地中，病原菌和蟲卵不僅可在土壤中積累，也可保持在支架上，因而更加嚴重。
6、植物的自毒作用
自毒作用是指一些植物可通過地上部淋溶，根系分泌物和植物殘茬等途徑來釋放一些物質對下茬同科植物生長產生抑制的現象。自毒作用是一種導致作物產生重茬障礙的因子之一。有實驗證明了植物根系分泌物和殘茬所引起的自毒作用，並從中分離出一部分自毒物質，這些物質通過影響細胞膜透性、酶活性、離子吸收和光合作用等多種途徑影響植物生長。