北府兵將領劉裕，以其赫赫戰功代晉建宋。歷史由此進入南朝。劉裕代晉的意義，不只是改朝換代而已，也標誌著門閥與皇帝共天下的局面結束。
東晉後期的孝武帝曾嘗試過尊君卑臣。門閥桓玄一度篡位稱帝，但也隨即就作威作福，沒有跡象表明他樂於跟哪家門閥繼續「共天下」。換言之，只要有可能，皇權必定尋求集權專制。
劉裕來自北府兵武將，是靠著君權和軍功奪得皇位的，高門士族中卻沒能出皇帝。著再度昭示了這個規律：軍人、軍隊和軍事活動，是中國皇權的搖籃；軍隊和戰爭，是得以激活專制集權的途徑之一。南朝皇權強於東晉，原因就在這裡。
南朝皇權重振，改變了東晉君主的萎靡和軟弱，恢復了駕馭士族的權威，不再與門閥「共天下」了，這樣，魏晉以來的皇權強弱，呈現出一個中間低兩邊高的馬蹄形軌跡。南朝史學家稱劉宋皇權「主威獨運，權不外假」，這個評述顯然是把東晉門閥政治視為亂世之態，而「主威獨運」則是理所應當，是帝國正常狀態的回歸而已。
重振的皇權，隨即採取若干措施加以自我強化，例如皇子鎮要衝、寒人掌機要，武將執兵權等等、劉宋創立之初，一改東晉的宗室消沉，皇子宗王紛紛出鎮荊州、揚州、徐州、江州等重鎮。劉裕定下了制度，荊州以諸子鎮守；京口要地，非宗室不能居住。後代的齊、梁皇帝無不如此。
宗王對高官的占有也同步上升，魏晉以來三公變成了年高望重的元老之位，南朝卻經常用作少年皇子的加號。宋武帝的次子劉義真十五歲做了司徒；宋孝武帝的兒子劉子鸞，年方八歲就兼任司徒。門閥士族與宗室外戚任職比例的此消彼長，也就是門閥與皇權在權勢分割上的此起彼伏。
同時一些寒人得到了君主的特殊恩寵和提拔。中書省有種官叫做中書通事舍人，宋齊以來多任命寒人來委任機要，從而成為皇帝的心腹。那些寒人弄權干政，凌駕於朝官之上，以至於有「寧拒遵命，不可違舍人之命」之說。南朝多以寒人掌握機要的原因，是皇帝不肯假權大臣，而高門又不屑於竭力盡心以邀恩寵，寒人因其最便於君主驅策，就自然成為了君主的心腹。
劉裕的崛起，也就是寒人的崛起。東晉士族生機勃勃，還是有能力掌握兵權的，像王敦、桓溫及肥水之戰中的謝氏家族，都曾身兼國防重任系一時之安危；南朝士族就不同了，不但治國無術，在帥才方面也無足稱道。
皇權抬頭，隨即宗室、寒人和武將地位上升，士族的權勢空間被相應壓縮了。不過士族的雄厚文化，優厚特權和崇高門第畢竟歷時已久，他們在社會上依舊盤根錯節，仍是皇權之下最具影響力的政治勢力。從皇子鎮要衝、寒人掌機要，武將執兵權的諸項措施中，既能看到皇權的重振，同時也看到了其重振的限度。
在宗王問題上，秦漢帝王超越社會各階層，也超越了一己皇族的形象，才是高度專制集權的標誌；而以宗親抗衡士族權臣的宗王政治，終歸是一種帶有「飲鴆止渴」意味的政治措施。宗王政治在西晉招致了「八王之亂」，在南朝也導致了皇權相爭的骨肉相殘。寒人其實就是工具型官僚，他們掌握機要固然給君主提供了得力助手，但這本身依然含有一種扭曲：寒門才俊仍被視為「異類」。
正如慫人葉適所說：寒人才俊無法成為堂堂正正的士大夫，這既壓抑了其發揮才能，也淡化了其職業榮譽感，使之只能轉而棄名求利。所以寒人不乏貪污手誤、舞文弄法之人，甚至成為了新的動亂的推波助瀾者。
再就武將執掌兵權而言，南朝的士族權勢及其重文輕武之風，仍然堵塞這武將的參政渠道，及其改造社會的可能性。一些武將子弟羨慕文化士族的文採風流，棄武從文，反而導致了家門的衰落。
南朝士族門閥衰而不僵，雖然已經屈居皇權之下，但仍然盤踞在社會各階層之上，軍人、寒人都難以發揮其政治優勢。南朝最大的困境，就是各階層，各勢力相互糾結壓制，最終沒有一支生機勃勃的新興政治力量從中崛起，帶動全面的政治復興。
劉宋之後的梁朝是南朝最盛，不過梁武帝既扶持宗室，也包容家族；既委任寒門，也保障門閥；既嚮往於事功，也沉迷於佛樂。他力圖調和各種社會矛盾的因素，但未能造就一支新興政治勢力，其繁榮只是非驢非馬、破綻百出的繁榮。
侯景之亂中，梁朝的外繁榮和內腐朽就充分暴露了。時至陳朝，國士蹙狹而政治萎靡，士族地位直線上升，地方土豪加入政治爭奪。面對亂象中央一片歌舞昇平，當所有人的號召力都是有限之時，南朝於是走入了歷史的死角。