1、物品清理
將舍內能移走的物品、用具及上批雞遺留的飼料、糞便全部清出雞舍，如使用過的桌椅、鉗子、消毒盆等。同時，料箱內和料槽內的剩料要收集清走，糞溝和糞板上的雞糞要進行剷除、清出雞舍。
2、衛生清掃
在沖洗雞舍前，應先將難以沖洗的部位進行清掃，如可先將大量的粉塵全部掃落，以便在沖洗雞舍時全部沖走。
3、雞舍沖洗
按照「先上後下，先里後外」的原則進行沖洗，將舍內所有料渣、糞渣和粉塵衝出雞舍。沖洗時要注意保護設備，防止電器設備進水，避免籠具踩踏。
4、火焰消毒 雞舍內，部分病菌對消毒液的抵抗力較強，如球蟲、芽孢，因此，需要高溫消毒。火焰的溫度高達上千攝氏度，能瞬間殺滅頑固性病菌，因此，常被用於雞舍消毒。但火焰消毒時要正確操作，防止設備出現問題，引發安全事故。另外，保證舍內的羽毛全部燒凈，達到消毒的目的。
5、噴洒消毒
雖然火焰消毒對病菌的殺傷力較強，但由於它並不能對地面和籠具進行全面細緻的消毒，因此需採用一種消毒液（如季銨鹽類）對舍內進行噴洒消毒，以保障消毒的全面性，增強消毒效果。注意消毒時不能留有死角。
6、乾燥隔離
消毒後，需將雞舍空舍乾燥一段時間，這樣有利於消毒液發揮作用。同時，長時間的乾燥對殺滅病菌具有積極的促進作用，一般需乾燥3～4天，冬季則要長一些，以使沖洗雞舍時留下的水分全部蒸發。
7、二次噴洒消毒
由於病菌對各種消毒液的抵抗力不同，所以在乾燥後，需用與上次舍內消毒的不同類型消毒劑再進行一次噴洒消毒，擴大消毒劑噴洒的範圍，同時增加濕度，為提高熏蒸效果做好準備。
8、雞舍熏蒸
即便經過噴洒消毒，但部分設備、籠具等也不能全部接觸到消毒液，無法實現全面消毒，所以需用熏蒸的方式將舍內所有的物品、籠具進行消毒。熏蒸前一定要密閉雞舍，封住所有的出入口，留有一條人員通道，熏蒸後進行封閉。封閉時間至少保證在72小時以上。