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隨著北疆市場格局的鎖定，本年度新疆棉副市場的變數向南疆的棉籽庫存轉移，這就有必要核算一下本年度的南疆棉籽供需平衡表。
產量：394-430萬噸（中位數412）
據相關數據顯示，截至2020年2月25日，2019/20年度全年皮棉加工量499萬噸，南疆三地州和三個師加工量238.69萬噸，以此作為南疆棉籽的預估基礎。2019/20榨季南疆棉籽產量為：238.69х1.5=358萬噸。
2020/21年度，估計南疆棉籽產量增加10-20%，主要有三方面的原因，其一，天氣比較支持，本年度南疆的天氣比往年更配合棉花生產；其二，籽棉收購價格支持，籽棉價格在上市階段一路飆升，極大地調動了棉農採收的積極性，去年採花機多數都是採摘一遍，今年一般都採摘兩遍；其三，棉農的交收情況和采棉機的採收情況驗證了本年度籽棉和棉籽的上漲，棉農和采棉機師傅普遍反映，今年南疆棉花大豐收，阿克蘇相當多的棉花地塊增產幅度在50%以上。
用量：150萬噸左右（包含油廠、牧場、貿易商的採購量，包含但不限於加工量）
其中：喀什5家規模油廠，採購量35萬噸。阿克蘇（含阿拉爾）各類油廠採購量8萬噸左右，大型油廠6家，採購量估計60萬噸；小型油廠4家，採購量8萬噸；小鋼炮（榨餅）採購量10萬噸。庫沙新（庫車沙雅和新和）油廠7家，採購量25萬噸。庫爾勒（含鐵門關）開秤收購油廠6家，收購量在18萬噸左右。
本年度由於南疆棉籽價格太高加上物流不暢，基本未見貿易商和牧場囤貨，而山東油廠從南疆調運棉籽也較少，三者合計不超過2萬噸。
存量：262萬噸左右
棉籽作為種子，年初年末除了特殊原因，基本沒有庫存，按照產量412萬噸，用量150萬噸左右，南疆的棉花存量在262萬噸左右。
2019/20榨季，南疆油廠加工量估計在260萬噸左右。這得益於各方面的配合，其一是價格配合，前高后低非常配合油廠的加工和採購；其二，行情配合，行情雖有波動，但整體未見大幅回落，油廠能夠安心滿負荷開機生產；其三，物流配合，物流有困難，但基本運輸暢通，油脂油料作為基本生活物資，外運受到政府關照；其四，疫情配合，雖然疫情來勢洶洶，但對新疆棉副更多的是助力，新疆棉副一度成為下游企業的救命稻草。
2020/21榨季，南疆油廠加工量不及去年。存量油廠基本處於開開停停，即便開機也是無法滿負荷生產，截至目前南疆存量油廠沒有一家能趕上去年的採購和加工量。值得注意的是新增產能的不確定性。這些油廠目前雖然收購加工受到抑制， 但後期加工能力屬於新增，其收購加工量尚不清晰。
近兩年南疆棉籽供需平衡概況。按照上述推算，全年南疆油廠在各方面配合下，實現加工260萬噸左右，貿易和外運98萬噸，本年度本地油廠需要加工量300萬噸，貿易和外運112萬噸，都將是一個極大的挑戰。