目前，對樹化石的形成初始原因有很大分歧。
一 、是說樹化石是因為火山噴發後，炙熱岩漿將樹木瞬時吞沒，在沒有氧氣的情況下，木質纖維並沒有在岩漿里被燃燒碳化，而是比較完整地保存了下來。後又因為地質變化，發生了地殼塌陷或者抬升，將包裹著樹木的岩漿岩深埋地下，被地下的高濃度二氧化矽水溶液浸泡，水中的二氧化矽跟木質纖維發生置換反應，使鬆軟的木質纖維逐漸變成堅硬的二氧化矽石質，再後來木化石在長期高壓低溫的環境下，逐漸玉化，形成了現在的隱質晶體或者蛋白質晶體。
二、是說現在的木化石是因為地球上的冰川移動，大面積的冰川裹挾泥沙，將樹木掩埋，也是在低溫高壓的情況下，木質纖維與水溶液中的二氧化矽發生置換反應，形成的化石。後面的過程跟第一個說法一致，只是前面的成因不一樣，一個說是火山造成的，一個說是冰川移動造成的。
本人的樹化石藏品比較多，大的有一塊石頭達兩三噸重，小的幾十厘米。很多樹化石都是鄙人自己去現場挖回來的。我發現的樹化石原始保存現場有兩種，其中，最多見的一種就是在青灰色的火山沉積岩中發現的樹化石。這種樹化石完全被火山沉積岩包裹著，取出來的時候非常困難，這種樹化石外觀保存非常完好，特別是樹皮保存完好，但是由於取得非常困難，很難保證整棵樹的完整性。有些樹化石在挖取過程中發現有燒黑並且碳化的情況，說明在被火山吞沒時還是多少有些氧氣在其中的。
上面的這兩塊都是在火山沉積岩中發現的樹化石，可以明顯看到樹皮完整，樹木紋路完整保存下來的。材質屬於隱質晶體和蛋白質晶體，玉化的非常好。
另一種情況是在古河床泥沙沉降帶里發現的樹化石，這種沉降帶中含有大量的紅色或者白色的火山灰。這種情況下的樹化石保存不如上一種，樹皮基本上沒有了，化石本質也比較疏鬆，而且這種樹化石玉化的也不好，石性很強。
這種是在古河道沉降帶中發現的樹化石。樹皮基本上沒有了，材質石性比較強，基本上沒有玉化。