真實能夠準確判斷體內B肝複製水平的檢測技術，是B肝病毒HBV-DNA。人體內B肝病毒複製越活躍，該項檢測結果的DNA病毒數量越高。因此，當前包括抗病毒治療方案制定，也比較依賴該項檢測結果。
B肝病毒DNA和肝損害不平行，聽懂耐藥，藥物研發已有考量
B肝病毒感染的免疫耐受期、免疫清除期，間接說明人體感染病毒之後，與自身免疫狀態關係更為緊密。病毒感染後，也有許多人依然保持肝功能正常，這是因為B肝病毒並不是引發肝損傷的主要原因，或者說B肝病毒是間接的引起肝損害。所以，B肝病毒複製水平比較高，不一定表示肝損害程度高，兩者並非平行關係。
基礎的反映肝損害要觀察肝功能，例如，HBV-DNA≥1×106 拷貝/毫升，所反映的是病毒複製十分活躍，具有較強的傳染性，但不一定說明肝損害，這種情況多見於免疫耐受期。現有的核苷類藥物（NAs）在應用於此階段效果不理想，甚至可能招致藥物性肝炎。
因此，當遇到血清HBV-DNA陽性時，切勿與肝損害程度聯繫在一起，應及時隨訪臨床醫生，徵求醫生建議後，合理規範使用抗病毒藥物。俗稱「B肝大三陽」、「B肝小三陽」等，都不能說明是B肝病毒攜帶者，還是B肝病人；在《慢性B肝防治指南》中，給出轉氨酶、HBV-DNA以及肝組織學具體標準，由此界定慢性B肝是否應該立即治療。
通常肝功能長期保持穩定，未找到肝炎活動依據，應歸為B肝病毒攜帶者，應隨訪暫時不需要治療。人們對肝臟的認識，更多停留在解毒器官，其實肝臟內發生的化學機理複雜，肝臟還負責代謝、合成，是人體最大的消化腺。谷丙轉氨酶（ALT）可以反映肝臟是否存在炎症，但是肝功能檢測有它的局限性，無法全面了解肝臟機能是否異常。
所以，有時隔時間較長檢測一次肝功能是正常的，期間可能轉氨酶處在間歇性異常沒有被及時發現，但HBV-DNA持續陽性，提示體內B肝病毒複製活躍，說明有炎症活動，這時還是應該進行抗病毒治療的。B肝病毒在面對身體的免疫細胞、抗病毒藥物攻擊時，也會發生適者生存，優勝劣汰的規律。
抗病毒藥物治療時，慢性B肝患者經常會聽到耐藥一詞，所謂耐藥，即B肝病毒逃避藥物攻擊而發生了變異。這時，這部分B肝病毒對抗病毒藥物不敏感，容易發生病毒性反跳。當然，這種情況在核苷類藥物研發過程中，也都會考慮到，通常臨床醫生會及時調整增加或選擇不同耐藥位點藥物，又能夠快速抑制B肝病毒複製。
B肝抗病毒時，耐藥是可以控制的，也不是所有慢性B肝患者進行規範治療用藥時都會發生耐藥。所以，對耐藥不必存在過度顧慮，醫藥學上解決耐藥問題還是有比較成熟方法。