我們站在幾百年之後再看最早期的中葡交往，引發矛盾和衝突的似乎都是些枝梢末節，放到現在根本都不是問題，但在當時居然引發了軒然大波。先舉幾個例子，看看雙方矛盾的表現和癥結所在。
例如，葡船入港時，曾經鳴放禮炮三聲，西方禮節一貫如此，對抵達的港口表示致敬，卻沒有想到隆隆的炮聲，震動了全城官民。因為按照中國的官方禮節，官員們所需要的是「肅靜」和「迴避」，百姓不能輕易見官，見官還要叩頭。而西方的船隻，卻熱熱鬧鬧地放起了震天動地的禮炮，明朝官員認為這簡直是尋釁滋事。其實，這裡面包含了很重的官場文化因素，難怪中方在各種文集中反覆提到，始終不能忘記。
還有，葡萄牙的外交正使是皮雷斯，船隊司令是安德拉德，雖然都是屬於葡萄牙王國，但船隊與皮雷斯使團分屬兩個不同系統。安德拉德是受馬六甲總督的派遣，來華的目的是進行貿易，出售胡椒，他只負責將皮雷斯送到中國就算完成任務，並不受皮雷斯使團的管轄。皮雷斯手持葡王的詔書，但目的只是赴華出使外交。而且他的社會地位比安德撿德要低，雙方這次只是搭載關係，不存在誰管理誰，誰必須服從誰的問題，對他們來說，雙方合作分工的關係是明確的。
但對明朝來說，這又是個新問題，也由此產生了誤解。因為明朝推行的是朝貢外交，特使由皇帝派遣，隨行攜帶大量的賞賜品和護衛，無論是鄭和下西洋，還是派員出使朝鮮、西域等，都不可能由孤零零的幾個人，攜帶一封官方書信，就算表明了態度和立場。在明朝官員眼中，既然皮雷斯是攜帶葡王的詔書出使中國，他當然像鄭和那樣，是整個使團，包括船隊的總負責，不但負責出使外交，而且能指揮船隊。原本葡方的二元結構，由於中國的習慣不同，被明朝誤以為是混合一體。
再例如，葡使來華，是代表葡萄牙國王進行商業談判，他們所遵循的交往慣例當然是西方式的。歐洲國家有大小強弱之分，這是事實上的不平等，是由國家力量的強弱、軍事上的輸贏造成的。但國王與國王之間在禮節上是平等的，不存在葡萄牙國王向別的歐洲國王下跪磕頭的情況，因此特使也不能代表國王下跪磕頭。
但對明朝來說，任何外夷遠番來華，只要代表的是國家行為，前提就存在著中國與外國之間的不平等，就像眾星拱月一樣，中國皇帝的地位要高於外夷君主。和西方相比，中國的朝貢外交模式最大的差別就是禮節上的不平等，即便代表的是國王，也必須向中國皇帝三跪九叩。因為不懂中國規矩，葡方的通事(翻譯)被責打了二十棍，然後還是要遵守天朝禮儀。否則不要說見到皇帝，連送遞國書這樣的事情，都無人敢接。
而且中國並非什麼國家都接待，要先看《大明會典》和外交憑證，上面記載著中方承認的朝貢國。如果確信對方不是中國認可的朝貢國，那麼有可能是僭者，有可能是霸占一方的海盜集團，中方可以置之不理，再交往就很困難了，除非得到皇帝的恩准特批。
最後，葡萄牙特使當然不能空手而來，除了給皇帝各有交往禮品外，也要給當地官員大量行賄。這一點在中國的歷史文獻里看不到，有誰肯在自己的文集筆記中，提到自己接受了葡萄牙送來的白銀呢。但是外國人在寫這段歷史時提到了，皮雷斯使團所乘的船隻進入中國視野後，由於葡萄牙的龐大船隻和白種人的古怪長相，引起了中國人的疑懼和好奇。葡萄牙人初來乍到，表面上舉止溫和，特別是船隊指揮官送給帝國巡船官員的慷慨禮物，終於贏得了他們的信任。因為明代官員的月俸非常少，不行賄受賄就無法體面生活。中國明朝官員普遍要接受賄賂，葡萄牙人正是抓住了這個特點，才一而再、再而三地行賄，最終導致葡萄牙不戰而獲得澳門殖民地。
廣州官員接待皮雷斯時發現，葡萄牙並沒有在《大明會典》中備案，完全是來自一個陌生的國家，而且這個外交船隊也沒持勘合外交憑證。按照朝貢體系的慣例，葡萄牙屬於不速之客，本不在朝廷接待之列。
因此禮部對葡萄牙特使發出了一份照會，提出如下要求：第一，因為葡萄牙不屬於朝貢國，朝廷拒絕他們來京；第二，葡方帶來了一些外交禮物，廣州負責接待的市舶司，按照一定的價值收購；第三，要求葡方代表團所有人員自行回國，不得繼續在中國停留。這就是前面《明武宗實錄》中寫的要點。
皮雷斯聞訊後，內心頗為失落，但沒有在臉上表現出來。他為人處世很有一套，又懂得中國辦事的經驗，明白這份照會問題出在哪裡，因此不能遵從朝廷的旨意。皮雷斯和安德拉德商量之後，決定雙方分開活動。安德拉德原本是來華做生意，他可以把船隊開到東莞屯門駐紮，東西賣完後馬上離開中國。皮雷斯使團等留在廣州，這樣就減小了目標，緩和了廣東當地官員們的心理壓力，然後再等待新的機會，爭取覲見明朝皇帝，完成葡王交給的任務。
安德拉德將炮聲隆隆的大船開赴東莞，此舉獲得廣州官員的好感，加上之前已經拿到了好處，很快就認為這些佛郎機人態度不錯。葡萄牙人這次也不虛此行，他們帶來的胡椒非常暢銷，返航時所載的中國商品價格低廉，加之葡萄牙商人誠實守信的經商作風，使這次通商之行獲得圓滿成功。安德撿德滿載榮譽和財貨，順利回到了馬六甲。
船隊走了，但是皮雷斯和他的翻譯火者亞三等人仍在廣州，他們沒有完成出使的任務，留下來繼續尋求新的途徑，希望能很快打開局面。皮雷斯遊走在官僚之間，從來不空手去，他們第一次行賄就嘗到了甜頭，看來這一招還非常管用。之後行賄頻繁出現，屢試不爽，成為葡萄牙進入中國、瓦解明朝官僚的基本手段。葡萄牙人送禮並非是什麼貴重之物，無非是中國所沒有的玻璃彩球、三稜鏡等。燦爛的陽光穿過三稜鏡，一下子變得五彩絞紛，讓那些沒有見過西洋景的官員們驚嘆不已，當作奇珍異寶收藏。倔起的大國一開始就是這樣，不是用大炮，而是要用小人的手段謀求國家利益。
皮雷斯發現，鎮守兩廣的太監寧誠是有實權的人物，向他行賄成功的可能性最大。官居此位的太監，幾乎都是皇帝身邊的紅人，托他向上遞奏本，請求入京，這一招果然靈驗，終於得到了皇帝准許入京的詔書。但是正德皇帝在外出巡，不在北京，而是在南京。就這樣，皮雷斯一行從廣州趕到南京，按照慣例，再次攀附在皇帝身邊另一個佞幸江彬的門下。小人的辦法必然取悅小人，成也小人敗也小人，這為皮雷斯使團的外交失敗埋下了伏筆。
正德皇帝在明朝皇帝中酷愛遊玩，不喜歡一個人孤坐在冰冷的紫禁城中，民間廣泛流傳著關於他游龍戲鳳的傳說。這時正是南巡期間，因江彬的介紹，正德皇帝先見了皮雷斯的翻譯或者亞三。葡萄牙語的語音語法包括發音很有特點，尤其是大量使用彈舌音，這使正德皇帝很感興趣，不時地效仿當作樂趣。火者亞三抓住正德皇帝學外語熱，行小人之術結交江彬，留在皇帝身邊，儼然成了紅人。但皮雷斯卻一直沒有機會勤見皇帝，只好等著回北京再說。
天有不測風雲。正德皇帝南巡結束，在他剛回北京的時候，坐在一條小船上飲酒釣魚，船翻了，他落入水中差點淹死。因為落水受到驚嚇，加之本來身體虛弱，年僅29歲的明武宗在正德十六年(1521)四月去世。在他去世後和明世宗朱厚熜到京即位前，宮廷內部展開了一系列權力鬥爭。江彬作惡多端，被皇太后張氏和大學士楊廷和聯手除掉。這一突然來臨的事件殃及到葡萄牙使團。
在明朝十六帝當中，正德皇帝絕不算是稱職，尤其在親呢小人方面，更是受到後人的指責。《明史》中就評價正德皇帝親近群小，首推江彬，又由江彬引出了皮雷斯身邊的翻譯火者亞三。因火者亞三也曾觸犯過眾怒，這兩個人很快都被處死。