同樣的品種、同樣的地塊和同樣的管理方法，不同的人使用所得出來的效果不一樣。有的人種出來的南瓜，不但產量低、品質也不好，這裡面的差異就在於進行這些農業管理過程中，是否掌握技術進行的時機和技巧。只有操作方法得當，時機合適，才能真的達到想要實現的目的，這就要求我們詳細了解南瓜生長過程中何時進行摘心、打葉和整枝，以及如何進行。
種植無蔓南瓜時不需要進行整枝，一般也不進行整枝；農村房前屋後等粗放型栽培，一般也不進行整枝，施足底肥後，任其自然生長。爬地栽培的南瓜，對於生長勢弱、分枝性不強的品種，可以不進行整枝。但對於生長勢旺、側枝發生多的品種應進行整枝，否則容易引起化瓜。
採用精細栽培，則應注意及時整枝。對於一些種子價格較高的品種，為了減少種子用量，一般也要進行整枝。 合理整枝，可使養分相對集中，瓜蔓生長粗壯，利於坐果和增大果型。還能增大葉片，提高葉的質量，延長葉的壽命，從而增強光合作用，減少病害。
整枝方法主要分為保留主蔓整枝和苗期摘心法兩種。
(1)保留主蔓整枝
主要有單蔓式整枝和一主一側(或兩側)式整枝。單蔓式整枝，是把側枝全部摘除，只留一條主蔓結瓜。一般早熟品種，特別是密植栽培的中國南瓜，多用此法整枝。一主一側(或兩側)式整枝，是保留主蔓， 選留1~2條健壯側蔓，去除其餘所有側蔓，採用此法整枝，由於主蔓始終保持了頂端優勢，結果較早，但主蔓與各側蔓間長勢參差不齊，開花授粉時間不一，果實成熟不一致。
(2)苗期摘心法
主要分為雙蔓式整枝和多蔓式整枝，在苗期即進行摘心，然後選留長勢健壯且相近的2條側蔓或多條側蔓進行結瓜。因為苗期摘心後，選留的瓜蔓長勢相對一致，開花坐果時間及節位相近，果形正常，成熟期相對一致，商品率高，因此從加強果實商品性和便於管理方面考慮，在生產中多採用此法進行整枝。
整枝也可以不拘於某種形式，主要是根據品種生長勢和分枝能力的強弱，以及當地栽培習慣等來決定整枝方式，也可以多種方法並用。在留足一定數目的瓜後，進行摘心，以促進瓜的發育。
雙蔓式整枝和多蔓式整枝，一般用於中晚熟品種，就是在主蔓第五至第七節時摘心，而後留下2~3個側枝，在側枝上留瓜。主蔓也可以不摘心，而在主蔓基部留2~3個強壯的側蔓，把其他的側枝摘除。不拘形式的整枝方法，就是對生長過旺或徒長的植株，適當地摘除一部分側枝、弱枝，葉片過密處適當地打葉，這樣有利於防止植株徒長，改善植株通風透光條件，減少化瓜現象的發生。