睡眠障礙對消化系統的影響機制複雜，主要通過刺激植物神經影響機體激素水平，從而影響消化器官功能。
睡眠障礙導致大腦皮層功能失調
現代醫學研究結果認為，各種不良情緒以及睡眠障礙導致大腦皮層功能失調，迷走神經興奮，引起壁細胞大量分泌胃酸，同時導致腎上腺皮質激素增多，促使胃酸與胃蛋白酶分泌增多、胃部血流量減少、黏液分泌減少，胃的自我修復能力下降，最終導致潰瘍甚至腫瘤的發生。
睡眠障礙影響內分泌系統
睡眠障礙還可以影響內分泌系統，導致胃泌素、生長抑素分泌增多，胃動素分泌減少，不僅增加胃酸分泌而且抑制胃蠕動，延緩胃排空，導致胃的消化功能受到影響，胃黏膜損傷加重，同時也增加了胃食管反流病的發生率，包括反流性食管炎、膽汁反流性胃炎等。
因此，保持正常、充足的睡眠對預防和治療各種疾病均大有裨益。
睡眠障礙導致形成胃粘膜保護的三葉因子家族蛋白缺乏
經常熬夜或睡眠不足的人，其胃病發病率是一般人的3～4倍，與胃裡缺乏三葉因子家族蛋白密切相關。
胃黏膜除能分泌胃酸、胃蛋白酶消化食物以外，還能分泌一種有自我保護作用的三葉因子家族蛋白，能在胃的黏膜上形成一種黏液層，保護胃黏膜不受粗糙食物的損傷。
三葉因子家族蛋白夜間分泌較多，夜間熟睡時分泌的三葉因子家族蛋白相當於白天分泌的20~30倍。愛熬夜或睡眠不足的人，胃不能分泌足夠的三葉因子家族蛋白，影響胃的修復和保護能力，故容易發生胃炎、消化不良、胃潰瘍、胃癌等疾病。
睡眠障礙可以導致胃腸功能紊亂
睡眠障礙可以導致胃腸功能紊亂。所謂胃腸功能紊亂指的是消化系統並無器質性病變，其發病機制並不清楚，可能與胃腸道蠕動、胃腸道對痛覺過度敏感及個人精神官能症等因素有關，症狀主要有腹痛、腹脹、便秘及腹瀉等。
睡眠姿勢和胃病也有關係
此外，睡眠姿勢與胃病也有關係。反流性食管炎患者，左側臥位時，胃內容物儲存在胃底胃體，這樣能減少胃食管反流。左側臥位還能促進大腸內的排泄物進入到左半結腸，促進排便，減少腹脹。胃動力不足或者消化不良的患者採用右側臥位可以促進胃排空。
總之，保持每天充足的睡眠，良好的飲食與排便習慣，對胃乃至整個消化系統均有很大的幫助，預防各種胃病的發生。正如《黃帝內經》所說：飲食有節，起居有常，不妄作勞。