支原體肺炎的治療與一般肺炎的治療原則基本相同，採取綜合治療措施。包括一般治療、對症治療、抗生素的應用、腎上腺皮質激素，以及肺外併發症的治療等5個方面。
1.一般治療
（1）呼吸道隔離由於支原體感染可造成小流行，且患兒病後排支原體的時間較長，可達1～2個月之外。對患兒或有密切接觸史的小兒，應儘可能做到呼吸道隔離，以防止再感染和交叉感染。
（2）護理保持室內空氣新鮮，供給易消化、營養豐富的食物及足夠的液體。保持口腔衛生及呼吸道通暢，經常給患兒翻身、拍背、變換體位，促進分泌物排出、必要時可適當吸痰，清除黏稠分泌物。
（3）氧療對病情嚴重有缺氧表現者，或氣道梗阻現象嚴重者，應及時給氧。
2.對症處理
（1）祛痰目的在於使痰液變稀薄，易於排出，否則易增加細菌感染的機會。除加強翻身、拍背、霧化、吸痰外，可選用祛痰劑。
（2）平喘對喘憋嚴重者，可選用支氣管擴張劑，如氨茶鹼口服，亦可用舒喘靈吸入等。
3.抗生素的應用
應選用能抑制蛋白質合成的抗生素，包括大環內酯類、四環素類、氯黴素類等。大環內酯類是支原體肺炎的首選抗菌藥物，阿奇黴素為治療首選。此外，尚有林可黴素、氯林可黴素、萬古黴素及磺胺類等可供選用。
4.腎上腺糖皮質激素的應用
對急性期病情發展迅速嚴重的MP肺炎或肺部病變遷延而出現肺不張、肺間質纖維化、支氣管擴張或有肺外併發症者，可應用腎上腺皮質激素。如氫化可的松或琥珀酸氫化可的松、地塞米松、強的松等。應用激素時注意排除結核等感染。
5.肺外併發症
給予相應的對症治療。