福特GT40項目在接二連三的失利之後，福特選擇讓謝爾比代替John wyer作為車隊經理。謝爾比在剛接到GT40的時候破口大罵，這是什麼垃圾。福特給予謝爾比無限的經濟和人員，他組建了他自己的團隊，團隊里匯集了不同國家優秀的汽車工程師，他也找來了他的好朋友，肯•邁爾斯。
肯•邁爾斯二戰後為多個車隊效力，布加迪，阿爾法羅密歐等等，1953年，他用自己設計製造的MG在scca比賽中取得了14聯勝。他不論作為一個車手或者一個車輛工程師都是極具天賦的，他在謝爾比眼鏡蛇車隊中也是至關重要的人物。
在謝爾比和他的團隊努力下，GT40變得越來越強，在1965年2月獲得了daytona2000比賽的勝利。
時間到了1966年，有了1年多經驗的積累，謝爾比打造出全新的GT40MK2賽車，在這台車的座椅後塞進了了一台驚人的7.0v8發動機，又對車輛進行了全方位的強化，這輛車終於不像初代GT40一樣那麼不穩定，難以操控。同年二月，GT40輕而易舉的包攬了Daytona比賽的第一二三名。在之後的Sebing12小時耐力賽也是橫掃全場。
1966年，6月，勒芒24小時耐力賽到來。亨利福特二世對GT40項目在去年的勒芒沒有建樹已經有些不滿，對車隊所有人說，you』d better win。這可能是他們最後一次機會，小亨利可不會忍受連續三年的失敗。
法拉利在這一次的勒芒比賽也帶來了他們的全新車型，330p3，車高比GT40甚至還有再低5cm，4.0v12引擎在8000轉時爆發出309kw的功率，車重不到1800磅，急速310km每小時，法拉利認為，雖然GT40馬力更大，但是330p3車更輕，彎道的優勢足以讓他們獲得勝利。
但在比賽前，法拉利卻出現了意外，當時世界最快車手surtees因為和車隊內部矛盾憤而退賽。
在比賽的初段，GT40依靠極大的動力優勢取得了領先，但天色暗下來，勒芒賽道的狹窄鄉路對於輕巧的法拉利330p3來說如魚得水，福特在之前幾次的比賽失利賽車故障，似乎並不敢全力以赴，可是肯·邁爾斯依舊瘋狂的全力駕駛，一圈圈刷新圈數…..
黎明將近，法拉利的三輛賽車竟然或出現事故或出現故障，這時候，福特的勝利已經提早到來。
經過了將近24小時的鏖戰，勝利就在眼前，肯•邁爾斯卻放慢了速度等著剩餘兩名隊友一起衝線，記者記錄下了這一幕。穿過終點，大家都認為冠軍是邁爾斯，這個時候賽事組委會卻跳了出來，說根據他們的規則，應該要算髮車位置到終點的距離，然而Mclaren的發車位置比邁爾斯遠了20米，出人意料的冠軍頒給了Mclaren，誰能想到邁凱倫創始人還有這麼一段撿皮夾子的故事呢，但對於邁爾斯卻是不幸的，他本來可以在1966年拿到耐力賽的大滿貫，他之前已經獲得了daytona耐力賽和sebring耐力賽冠軍，很遺憾，命運給他開了個玩笑。更不幸的是，在之後的GT40測試中，因為剎車系統故障奪去了他的生命，唏噓不已。
很多人認為福特這一次是因為法拉利三部賽車的退賽而僥倖獲勝，然而福特在1967年，用GT40MK4又奪得了勒芒冠軍，狠狠的打了那些人的臉。
後來，因為勒芒規則的改變，又因為福特認為自己的目的已經達到，福特選擇退出了勒芒比賽。
但是，之前的車隊經理，John Wyer又在GT40MK1的基礎上改進，繼續參加勒芒比賽，又衛冕了兩次冠軍，直到1969年勒芒規則再一次改變。
至此，GT40在勒芒賽道的傳奇故事也到了最後一頁。