羅紅黴素是大環內酯類抗生素，屬於快速抑菌劑，主要通過抑制細菌蛋白質的合成發揮抑菌作用，而阿莫西林是青黴素類抗生素，屬於快速殺菌劑，主要通過抑制細菌蛋白質的合成發揮殺菌作用，抑菌劑可使細菌處於靜止狀態，無法生長繁殖，而殺菌劑可直接殺滅細菌，因此，阿莫西林的抗菌作用更強。
羅紅黴素和阿莫西林都是臨床上常用的口服抗生素，抗菌譜有所重合，對化膿性鏈球菌、肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌等革蘭陽性菌有較強的抗菌活性，在臨床上都可用於治療咽炎、扁桃體炎、中耳炎、鼻竇炎等上呼吸道感染、急性支氣管炎和社區獲得性肺炎等下呼吸道感染以及皮膚軟組織感染，不同的是，阿莫西林是治療上述呼吸道感染的首選藥物，對阿莫西林過敏或無法耐受的患者，可以使用羅紅黴素作為替代。
在臨床應用方面，羅紅黴素對支原體、衣原體、軍團菌等非典型性病原體有抗菌活性，而阿莫西林對非典型性病原體沒有作用，因此羅紅黴素可用於治療非典型性病原體所引起的呼吸道感染和泌尿生殖系統感染。羅紅黴素還具有抗炎和免疫調節作用，可用於治療瀰漫性泛細支氣管炎。阿莫西林則對幽門螺桿菌有較強的抗菌活性，耐藥率低，可與甲硝唑、克拉黴素等其他抗菌藥物聯合，用於根除幽門螺桿菌。
在安全性方面，阿莫西林主要通過抑制細菌細胞壁合成發揮殺菌作用，但人體不具備細胞壁，因此，阿莫西林不良反應較少，常見惡性、嘔吐、腹瀉等胃腸道反應，皮疹、蕁麻疹、藥物熱等過敏反應，血小板減少、貧血等血液系統反應，偶見頭暈、焦慮、失眠等中樞神經系統反應；羅紅黴素在紅黴素結構基礎上經過改造，不良反應有所減少，常見噁心、嘔吐、腹瀉、腹痛等胃腸道反應，偶見皮疹、瘙癢、頭痛、肝功能異常等不良反應。總體來說，阿莫西林和羅紅黴素都是比較安全的抗生素，但是阿莫西林可導致過敏反應，甚至過敏性休克，危及生命，長期使用還可破壞腸道菌群平衡，導致偽膜性腸炎、二重感染等嚴重感染性疾病，因此，相比之下，羅紅黴素少見嚴重不良反應，安全性更好。
總之，阿莫西林是殺菌劑，羅紅黴素是抑菌劑，阿莫西林抗菌活性更強，對於呼吸道感染，首選阿莫西林，羅紅黴素可作為阿莫西林的替代藥物，在臨床應用方面，阿莫西林和羅紅黴素各具特點，阿莫西林可用於根除幽門螺桿菌，羅紅黴素可用於治療瀰漫性泛細支氣管炎，以及支原體和衣原體所致的感染性疾病。在安全性方面，二者都有較好的安全性，但是阿莫西林可致嚴重過敏反應和感染性疾病，危及生命，羅紅黴素的總體安全性更好。