編者按：本文縮編自著名史學家柏楊所著《中國人史綱》，為通讀中國史第44篇文章。
隨著滿清的入關，中華大地迎來它的第三個黃金時代，始於十七世紀八十年代（康熙中期），終於十八世紀七十年代（乾隆中期），距七世紀唐王朝時的第二次黃金時代，恰恰一千年。這是一個漫長的等候。
但大黑暗並沒有過去，那沉重的污染不會這麼容易一下子消失。只不過被滿洲人強勁活潑的新的生命力，暫時驅逐到一旁，猶如一個陰雨季節中，忽然出現幾日晴天一樣。
在這種背景下，人們的想像力和創造力，依舊被醬得死死的。但比起明王朝和更早的蒙古帝國統治時代，這一百餘年間的中國人民，好像活在天堂。
第三個黃金時代的最偉大的成就，在於滿人的清政府為中國開闢了廣袤的疆土。——在清政府開疆拓土下，四百餘萬平方公里的土地併入版圖。
三藩戰役
清政府旗幟下最著名的三大漢奸，都被封為藩王，並劃給他們廣大的地盤。當時稱為「三藩」：
清政府有一項最進步的措施，是皇帝的兒子不一定加封親王。加封親王后也不能取得采邑土地，也沒有政治性的王府組織。而這三個非皇族的漢奸藩王，卻各據一方，成為半獨立的局面，顯然不是正常狀態。連三大漢奸都感覺到，削藩不可避免。
削藩是中央集權和國家統一必須採取的手段，但中國歷史顯示的現象是，每一次削藩，都要引起一次激烈地反抗。1673年，尚可喜因為不能忍受他兒子尚之信的橫暴，向清政府請求退休，推薦尚之信繼承他的王爵並接替他鎮守廣州。當時的皇帝是順治皇帝福臨的兒子玄燁，即康熙大帝，年輕的他允許尚可喜退休，也允許尚之信繼承王爵，但不允許尚之信接替老爹鎮守廣州，他說：「地方官職，沒有世襲的規定。」
吳三桂、耿精忠（第一任藩王耿仲明的孫兒），聽到消息，發現氣氛有點異樣，於是他們也請求同時退休，目的在試探清政府的態度，希望（並相信）中央會慰留他們。清政府對這件事十分重視，有過激烈的爭論，了解一旦真的撤藩，三個大漢奸一定叛變。20歲的玄燁堅持撤藩，下令接受他們的請求。
三藩果然叛變，剛剛安定下來的中國，再陷於混戰。
三藩推舉吳三桂當領袖，當時正在剃髮令之後，漢人的民族感情沉重而蓬勃，全國各地人民紛紛割掉辮子響應。清軍節節後退，後退到黃河一帶，仍不斷遭到沮喪的失敗。
可是，有兩個重大的因素使形勢不久即行倒轉，一是吳三桂的漢奸招牌太過於響亮，不能發出明確的政治號召和建立堅強的領導中心，他既引導滿洲韃靼入關，又殺掉南明最後一位皇帝朱由榔全家，使他不能利用明王朝的慣性影響力。他只有自己當皇帝，但在這個緊要關頭，新興的政權無法馬上產生向心作用。
二是吳三桂老了，有老年人最容易發生的過度小心保守的心理狀態，不敢採取冒險行動。他要求絕對的安全，但世界上根本沒有絕對安全的革命和叛變。
另一個因素是，吳三桂的對手是康熙，這個中國歷史上最英明的君主之一，年輕氣壯，有劉邦豁達大度的胸襟和李世民知人善任的智慧。
混戰九年，1682年，三藩全部被撲滅。耿精忠、尚可喜以及吳三桂之孫吳世璠（吳三桂已病死）全族被處決。
從1628年（明崇禎元年）高迎祥率領饑民暴動，到1682年（清康熙二十一年）三藩結束，改朝換代的戰爭歷時55年，中國又歸統一，而且立即出現了一百餘年的第三個黃金時代。
中國第三個黃金時代
第三個黃金時代，始於十七世紀八十年代（康熙中期），終於十八世紀七十年代（乾隆中期），距七世紀唐王朝時的第二次黃金時代，恰恰一千年，這是一個漫長的等候。
但大黑暗並沒有過去，那沉重的污染不會這麼容易一下子消失。只不過被滿洲人強勁活潑的新的生命力，暫時驅逐到一旁，猶如一個陰雨季節中，忽然出現幾日晴天一樣。
滿洲人仿效明王朝的模式，建立了一個絕對專制的極權體制，整個中央政府，不過是皇帝發號施令的傳達室。全體官員，不過是皇帝私人的秘書和傳命兵。中央各部，每部設兩個部長（尚書），一滿一漢。常務副部長（左侍郎）二人，政務副部長（右侍郎）二人，也是一滿一漢。
六個部名義上雖各有職責，事實上每個部都握有直接給皇帝上奏的權力，誰也管不了誰，所以各部等於有十二個部長，也等於有十二個皇帝的秘書，一切都由皇帝裁決。而各部的任務，也只限於辦理皇帝交辦的事情，不能像十一世紀宋王朝之前那些王朝的中樞機構一樣，可以主動地對地方政府頒發命令。
清政府的體制跟明政府的體制至少有一點完全相同，那就是有權對地方政府頒發命令的只有一個人，就是高高地坐在寶塔尖上的皇帝。最特別的是，清政府的皇帝不僅是漢民族的元首，也是滿洲民族的最高奴隸總管。全體滿洲人包括最高級的官員宰相在內，都是皇帝的奴隸——這是滿洲民族最特殊的社會結構，奴隸們在主子面前，唯一的天職是俯首帖耳。
這種權力高度集中的現象，固然容易敗壞，但是，歷史上極少出現的英明君主，忽然接連著出現時，政府的功能卻可充分發揮。
中國傳統的宮廷制度，在清政府手中獲得重大改革，嬪妃宦官以及宮廷費用，都大量減少。清王朝皇族來自遼東（遼寧省）簡單樸實的社會，帶到宮廷中的是一種比較簡單樸實的婚姻形態。皇帝除了皇后一人外，嬪妃不過十人左右，雖然仍是多妻制度，但比起從前那種三宮六院七十二御妻和數萬名宮女的陣營，是一個可驚的進步，我們試就下列若干項目。加以比較：
注意宮女宦官的人數，9千人和134人，10萬人和500人。再注意宮廷的每天開支，1萬兩和35兩，這是太大的懸殊（明王朝如此浪費的揮霍下，我們回溯崇禎皇帝朱由檢經常表演的「減膳」、「撤樂」、「避殿」小動作，會感覺到他實在是聰明得太過度了）。
明王朝的宦官組織，有42個機構。清順治帝福臨入關後，曾一度沉迷於這種奢侈的享受，僅把42個機構改組為13個機構，稱為「十三衙門」，宦官的權力幾乎跟明王朝時代同樣膨脹，於是不久就發生宦官巨頭司禮大監吳良輔跟漢人宰相劉正宗稱兄道弟，買官賣爵的現象，使那時仍具有新興活潑氣質的滿洲貴族，大為震駭。
1661年，福臨逝世，他的母親博爾濟吉特太后，即大家所熟知的孝莊文皇后，跟輔政的大臣們合作，把吳良輔處斬，劉正宗免職，撤銷13衙門，另設立一個內務府，專管宦官和皇宮事務，由滿洲貴族擔任內務府大臣，宦官數目大量縮減，不再使他們居於領導地位。
這一些改革，產生兩種後果：
其一，宦官時代從此成為陳跡，無力再現。十九世紀末期，雖有一、二宦官如安得海、李蓮英之輩，很有勢力，但性質上是個別的，不能結成一個集團。
其二，清王朝壽命296年（編者註：此時間以努爾哈赤建立後金政權為起點。若以皇太極改後金為「清」為起點，則276年。若以1644年清軍入關算，則268年），共有12個皇帝，12個皇帝中，將近三分之二的皇帝都很能幹，了解並努力完成他們的責任，三分之一也都屬中等的才智，像明王朝那樣一連串草包惡棍型的君主，清王朝一個也沒有。中國還沒有一個王朝，包括周王朝、西漢王朝、東漢王朝、唐王朝在內，出現過這麼多具有很強能力，而又肯辛勤工作的帝王。
對當時的漢民族而言，滿人入關，是漢民族第二次亡國。但滿人在文化上是一個非常落後的民族，連文字都沒有，滿洲文字是努爾哈赤時才創造出來的，並不能普遍。因為對滿人來說，滿洲字和漢字，都是新文字，而漢字擁有海洋一樣的文化背境，滿洲字則只限於日常口語。結果滿人迅速的漢化，像掉到海里的人非喝下海水不可一樣，他們沒有選擇的餘地。
所以，在建州衛時期，滿人即已流行漢語。入關之後和漢人更廣泛地接觸，漢語就更普及。康熙大帝精通漢文，跟一個漢民族的高級知識分子一樣，更精通儒家系統的各種經典。他以後的每個皇帝都是如此。他的孫兒乾隆皇帝弘曆僅詩詞就寫了五萬餘首，以數量而言，在全世界恐怕都要占第一位。只可惜他的詩是一種帝王體的打油詩，不堪入目。
所以，事實上沒有多久，滿人就以土生土長的中國人自居，這跟蒙古帝國的統治階級深拒閉固的情形，恰恰相反。
不過，民族的界線仍劃分的十分森嚴。十七世紀時，漢民族人口已達八千餘萬，滿洲民族人口只三百餘萬，滿人以絕對少數統治絕對多數，以一個落後的部落統治一個文化深厚的古老帝國，有隨時被消化掉了的危險，當然十分戒懼。它嚴厲地禁止滿漢通婚，並儘可能排除漢人擔任高級軍官。在行政管理上，它不能不用漢人，但在滿人的眼睛裡，漢人只是乞丐，由滿人賞碗飯吃而已，連他們的奴隸都不如，也不賦給漢人權力。
就在十七世紀，漢人宰相見了滿人宰相，漢人部長見了滿人部長，都要下跪。會議的時候，滿人宰相部長昂然上座，漢人宰相部長跪在他們的旁邊，滿人不開恩叫他們起來，漢人不敢起來。有時候滿人談得高興，忘記開恩，年老的漢大臣跪得太久，甚至仆倒在地。滿人的想法是，用強大的壓力，培養漢人對滿人的順服奴性，直到永遠。
滿洲民族所承受的中華文化，跟五世紀北魏帝國鮮卑民族所承受的中華文化，完全相同，主要的是儒家系統的文化，而清王朝承受的更為狹隘，只是儒家系統中的理學的部分。所以，雖然王朝政權和統治者改變，而構成大黑暗的意識形態和社會基礎不變，科舉八股和酷刑詔獄不變，祖先崇拜和服喪三年不變，反對任何改革的情結不變。也就是，醬缸不變。
舉一個例子作為說明，監察部委員（御史）謝濟世註解四書之一的《大學》時，採用另一古書《禮記》原文，而沒有採用理學大家朱熹的見解，雍正皇帝胤禛就勃然大怒，判決謝濟世死刑。後來好不容易免死，但仍罰做苦工。在這種背景下，人們的想像力和創造力，都被醬死。
第三個黃金時代，帶給中國的不是第一個黃金時代那種澎湃的學術思潮，也不是第二個黃金時代那種英雄們氣吞山河的氣概，而僅僅是一百年的和平與秩序。這本是人民最低的要求和政府最低的功能，但它在中國已絕跡了很久。但比起明王朝和更早的蒙古帝國統治時代，這一百餘年間的中國人民，好像活在天堂。
第三個黃金時代的最偉大的成就，在於滿人的清政府為中國開闢了廣袤的疆土。東西漢兩個王朝和唐王朝都曾為中國增加了170餘萬平方公里的面積，但不久就行失去。而清政府為中國增加的領土，超過從明王朝承襲下來的領土的四倍。
東方疆土的開拓——台灣
清政府向外開拓的第一個目標是台灣島。
台灣島距福建省海岸，最狹處只150公里。自古以來由中國的少數民族高山族居住管理，和中原王朝沒有多少政治聯繫。
十七世紀初葉，台灣海峽兩岸發生變化，一是海盜鄭芝龍向明政府投降，明政府任命他當福建省海軍司令官（福建水師提督），海上商旅開始獲得安全保障。一是比台灣島大不了多少的荷蘭王國，從歐洲向東發展，於1619年，登陸爪哇，征服東印度群島（印度尼西亞）。於1627年，登陸台灣，把島上的馬來人、中華人、日本人，全置於統治下。
我們回溯南明第二位皇帝朱聿鍵被殺的往事，那時鄭芝龍已晉升為侯爵，統率陸海兩軍，掌握重兵，當他決定出賣朱聿鍵，向清軍投降時，他的兒子鄭成功極力反對。鄭芝龍當然不會改變主意，於是鄭成功就率領一支孤軍，以福建廈門為根據地，尊奉遙遠的在西南雲貴高原流亡的南明第三位皇帝朱由榔，跟清政府對抗。
1658年，鄭成功大舉北伐，由長江口深入，包圍南京。可是結果失敗，退回廈門。那時清政府入關不久，還沒有力量反擊，而只採堅壁清野的戰略，從南京到廣州2000公里的沿海地帶所有居民，全部內遷20公里。鄭成功經過北伐的大創傷之後，已不能作第二次北伐。堅壁清野復使他的軍隊面對著飢餓和孤立。他這才想到台灣，如果能據有台灣，糧源和兵源都可解決。
1661年，鄭成功進攻台灣，荷蘭所建築的兩大巨城之一的赤嵌城（台灣台南）陷落。另一孤城熱蘭遮（台南西安平城）被圍九個月，荷蘭軍隊彈盡援絕，向鄭成功投降，鄭成功把他們全部遣送到爪哇。
——荷蘭占領台灣島38年。向鄭成功投降的荷蘭總督揆一，已盡了他最大的努力，但他回國後，仍以失陷台灣的罪名，被判十年有期徒刑。
從1661年起，台灣成為南明政府轄下的領土，而就在這一年，朱由榔被緬甸人解送給吳三桂處死。帝王政治制度的傳統形式，一定要繼續立一個皇帝，才是正常現象。但鄭成功的態度十分暖味，遷到台灣的雖然也有其他朱姓親王，鄭成功卻沒有物色一個繼承帝位。鄭成功的封爵是延平郡王，他就以延平郡王的王府，作為最高行政機構。在法理上，這是畸形的，猶如一個國家沒有中央政府，而只由一個總司令部代理中央政府。
鄭成功於占領台灣的次年（1662）年逝世，他的兒子鄭經繼承王位，曾向清政府提出和解，要求清政府承認台灣是一獨立王國，允許台灣像朝鮮、安南（越南）、琉球一樣，不剃髮也不改換服裝，只向清政府稱臣進貢，永遠作為藩屬，清政府表示同意。但鄭經不自量力的又要求保留海峽對岸福建省的廈門，作為貿易的據點，清政府大起反感，談判破裂。
在三藩戰役時，鄭經跟三藩之一的耿精忠結盟，曾派遣軍隊到福建省和廣東省參戰。三藩失敗後，鄭經在大陸上的根據地，全部喪失，這時他終於承認力量微弱，開始想到自保，但機會已經過去，清政府決心用武力把他消滅。
1683年，清政府福建海軍司令官（福建水師提督）施琅率領300艘戰艦，從福州出發，先攻陷台灣海峽中的澎湖列島，接著進攻台灣。鄭氏政權在台灣已23年。23年中有很多變化，當初的戰鬥精神和復國雄心早已消失，將領們和戰士們，都在島上成家立業，習慣於和平安定。所以，清軍沒有遇到抵抗，便在鹿耳門（台灣台南西安平港）登陸，最後一位延平郡王鄭克塽（鄭經的兒子）投降。
三萬六千平方公里的台灣島，正式跟中國合併，跟西南方一干公里外面積略小的海南島，像兩隻巨拳一樣，保衛著中國的海疆。
——一件非常有趣的事情發生，宰相李光地（著名的儒家系統理學巨頭之一），向康熙建議，鄭氏政權既已消滅，台灣是蠻荒煙瘴之地，不適合人類居住，應該仍賜給紅毛（荷蘭）。天老爺保佑康熙拒絕採納他的意見。
東北疆土的開拓——《尼布楚條約》
在台灣海峽發生變化的同時，東北嚴寒地帶的黑龍江流域情勢，也發生變化。
中國東北的領土，自公元前四世紀戰國時代以來，始終伸縮在七萬平方公里左右，從前稱為「遼東」，即現在的遼東半島——包括瀋陽和遼陽兩個大城。而且有很長一段時間，連這一塊土地都不能保持。公元後四世紀以來，也只有唐王朝保持了一百餘年。蒙古的元帝國版圖包括大部分東北地區，當蒙古人被逐出中國本土時，長城以北仍是他們的國土。明政府曾恢復唐王朝的遼東（遼寧省）舊疆，勉強維持了二百餘年，一度把勢力伸展到外興安嶺、黑龍江口和庫頁島，但最後仍全部喪失給後金汗國。
後金汗國原來只局限於狹小的遼東半島，它的北方和東方，仍住著很多比滿洲人更為落後的部落。這些部落一則不甘願承認滿人的優越地位，一則他們也正在向南遷移，雙方遂不斷發生戰爭。但每一次戰爭的結果，滿人都得到勝利，而終於把他們完全征服。
滿人驀然間被請進山海關時，他們在東北所征服的土地已達300萬平方公里。滿人作為中國的主人後，這片廣漠的土地，就成了他們嫁妝的一部分。
比滿人向北拓展稍早，俄羅斯帝國遠在歐洲的斯拉夫人，已越過烏拉爾山脈向東擴張，西伯利亞荒原上人數稀少的原始遊牧部落，不是那些俄國人的對手。從十七世紀初葉到六十年代，俄國人在荒原上建立起來一系列的殖民城市，最主要的有下列諸城：
1604年，托木斯克（明萬曆三十二年）
1619年，葉尼塞斯克（明萬曆四十七年，後金天命四年，明與後金薩爾滸戰役之年）
1632年，雅庫茨克（明崇禎五年，後金第二次入塞前一年）
1638年，鄂霍次克（明崇禎十一年，後金第四次入塞之年）
1658年，尼布楚（清順治十五年，鄭成功北伐圖南京前一年）
1666年，塞楞金斯克（清康熙五年，三藩戰役前七年）
雅庫茨克顯然是俄國向東向南侵略的主要據點之一，它距黑龍江約1200公里。俄國的冒險家、流氓、殺人兇手、亡命之徒，當然也有抱著為國家開疆拓土高貴目的的英雄志士，從十七世紀四十年代起，不斷向溫暖的東南方和南方發展，窺探並勘查當時剛剛被後金汗國征服不久的黑龍江流域。
後金汗國於1642年吞併了呼爾喀、達瑚爾部落，第二年（1643），俄國第一批探險隊從雅庫茨克出發，相差不過一年，但這一年已夠確定中國在法理上對於黑龍江南北兩岸廣大地區的主權。
俄國人的運氣不好，不僅是腳步遲了一年，而且它遇到的不是明政府奄奄一息腐爛透了的弱小中國，而是清政府正走上坡，朝氣蓬勃的強大中國。俄國第一批和第二批行動隊不過穿過中國東北的荒原地帶，沒有被清政府發覺，但是第三批行動隊在施代巴諾夫領導下，在精吉里河口建築城堡，興高采烈地打算長期占領時，正式跟中國的力量接觸。
中國寧古塔（黑龍江寧安）軍區參謀長（寧古塔章京）沙爾呼這，率領45艘軍艦，逆黑龍江而上，給施代巴諾夫迎頭痛占，施代巴諾夫全軍覆沒，他自己也於稍後被殺。
俄國的侵略當然不會因這小挫折而停止，第四批在外蒙古之北建築尼布楚城，但被中國逐走。但俄國人不久就又回來，中國人未加過問。第五批在黑龍江北岸，建築雅克薩城要塞和衛星城堡，這批兇惡的俄國民徒把當地土著索倫人當作奴隸，姦淫婦女，並搶劫他們的辛苦獵取的貂皮。索倫人報告中國官員，但當時清政府正困於三藩的戰爭，沒有力量北顧。
俄國人作威作福20年，三藩戰爭結束，台灣也跟著收復，康熙對雅克薩城採取行動。1685年，中國邊防軍司令（都統）彭春，率大軍包圍雅克薩城，用150門野戰炮和40門攻城炮，日夜轟擊。四天後，守將圖爾布青投降，中國允許他率領殘餘部隊，向尼布楚撤退。——當俄國人再回到尼布楚時，中國沒有再把他們驅逐，是一個大失策。
等到俄軍撤退後，中國縱火焚毀雅克薩城，也跟著撤退。
圖爾布青在撤往尼布楚途中，遇見由尼布楚開向雅克薩的增援部隊，攜帶著重武器，告訴他駐屯尼布楚的俄國大軍隨時可以接應。這使圖爾布青懊悔不迭，他立刻同援軍重返故地，於雅克薩城被中國焚毀後第17日，再重築新的雅克薩要塞。
中國接受這個挑戰，明年（1686），寧古塔軍區副司令（副都統）薩布素，再圍雅克薩城。除用巨炮轟擊外，並且使用從台灣調來參戰的藤牌兵團攀城。圖爾布青戰死，守軍只剩下一百餘人，陷落就在旦夕。就在這時候，中國軍隊接到停止攻擊的命令。——因為中俄兩國外交人員正在北京接觸，俄國要求先行停火，康熙允許。
1689年，中國代表團團長欽差大臣索額圖，俄國全權公使陸軍上將費要多羅，在尼布楚談判，雙方都戒備森嚴，雙方的態度也都非常強硬，而中國代表更甚。索額圖有兩次在大怒下拍桌子而去，要下令擔任警衛的邊防軍攻城，俄國代表終於採取妥協態度，遂簽訂下列的《尼布楚條約》：
1、外興安嶺之南屬中國，之北屬俄國。
2、額爾古納河之東屬中國，之西屬俄國。
這是一個重要的條約，使中、俄得到和解，為中、俄兩國帶來170年的和平，跟十一世紀北宋與遼帝國澶州和解帶來114年的和平同樣重要。俄國對遙遠的東方固然力不從心，而中國如果長期從事於東北荒涼寒冷地區的戰爭，也將精疲力盡。
中國習慣於把所有的外國都當作藩屬，因為事實是這樣。《尼布楚條約》是中國第一次以平等地位跟外國簽訂的條約，但獲得的利益卻十分巨大。當時中國的力量，事實上只能到黑龍江北岸，還伸展不到外興安嶺和鄂霍次克海。俄國向南侵略，是由冰雪荒原，進入流奶與蜜之地，永不會自動停止。而中國不然，漢人那時仍以遼東半島為主要範圍，有耕種不完的肥沃土壤，滿人則爭先恐後入關去當主人，沒有人傻到從流奶與蜜之地，投身到冰雪荒原。
這可從對雅克薩城的處理上看得出來，中國人把它焚毀而退，俄國人卻把它當作寶貝，建了又建。所以，《尼布楚條約》對俄國是一種阻堵，對中國是一種保衛。
塞北疆土的開拓——內蒙古
蒙古只有一個，本沒有內外。因為跟中國本土合併的時間有先後，遂被分割。先跟中國本土合併的南半部稱內蒙古，後跟中國本部合併的北半部稱外蒙古。
蒙古人於十四世紀被明政府逐出長城後，一直不停地內戰。雖然達延汗於十六世紀一度予以統一，但他的後裔又分為四部，那就是：察哈爾部、鄂爾多斯部、土默特部、喀爾喀部。不過這只是指達延汗的血親後裔，另外還有兩個相當大的部落，跟這四個部落同時並存的，一是住在東北北部嫩江流域的科爾沁部，一是住在東北西部西遼河流域的喀喇沁部。這六大部落中，察哈爾部的力量最強。
十七世紀初葉，察哈爾部的林丹汗，雄心勃勃地想效法他的祖先達延汗，創立蒙古再統一的偉大事業。1619年，他致函剛成立不久的後金汗國可汗努爾哈赤，信上開頭就說：「統兵40萬蒙古國可汗，問候水畔3萬人大金國可汗努爾哈赤。」
努爾哈赤看了大感沮喪。但林丹汗的才幹跟他的雄心不能配合，他對內完全採取高壓政策，以致引起反感。十七世紀二十年代時，嫩江流域的科爾沁部，首先脫離林丹汗的統治，於1624年跟後金汗國結盟。第二年（1625），林丹汗向科爾沁部進攻，努爾哈赤親自統率精兵赴救。林丹汗不敢作戰，自行撤退。
這一次虎頭蛇尾的軍事行動，促使科爾沁部感激後金汗國不止，作更徹底的歸附。
三年後（1628），西遼河流域的喀喇沁部，不堪壓迫，也叛離林丹汗，投降後金。四年後（1632），後金汗國第二任可汗皇太極，跟投降過去的蒙古部落，組織西征聯軍，對察哈爾部發動總攻，林丹汗大敗，向西逃亡。土默特部和鄂爾多斯部，先後向後金投降。林丹汗逃到距青海湖尚有十天行程的大草原上病死，他的殘部在青海一帶仍支持三年。到1635年，終於也向後金屈服。
滿人把上述的這些被征服的蒙古部落和土地——塞北全境，稱為內蒙古。把漠北還沒有合併的喀爾喀部稱為外蒙古。後來滿人入主中原，這種稱謂和區分，一直保留下來。
清政府對蒙古人跟漢人不同，有下列的兩大特點：
其一，取消蒙古固有的部落制度，改為盟旗制度，限制遷移，以便予控制。
盟旗制度完全仿效滿人的八旗制度，滿族八旗：正黃旗、正白旗、正紅旗、正藍旗、鑲黃旗、鑲白旗、鑲紅旗、鑲藍旗（鑲旗是：黃白藍三旗鑲紅邊，紅旗鑲白邊）。
這是努爾哈赤創立的圖騰結構，所以滿人沒有地的籍貫，只有旗的籍貫，是一種全民皆兵的新戶籍制度，全體滿人是一個大奴隸集團，被劃分為八份，人民受到層層節制，不能離旗獨立。自入關後，原意漸失，演變成為一種單純的軍事制度。但同類型的蒙古盟旗制度，卻一直保存到二十世紀，仍然存在。
盟旗制度的特點就是八旗制度的特點，蒙古人被納入組織後，局限在一塊狹小的地區，不能選擇居住地和牧場。旗跟旗之間也不能有橫的來往，連流動於各盟旗間的小販，都嚴厲禁止，目的當然是防止他們暗通消息，集結叛變。「逐水草而居」的時代從此消失，即使遇到荒旱，非清政府批准，不能移動。
其二，對蒙古人實行愚民政策，阻止他們接受漢民族文化。清政府統治蒙古，有兩個秘密武器，一是利用喇嘛教，使蒙古人沉湎在宗教裡面，不知不覺中喪失戰鬥精神，這方面的效果是可驚的。另一是把公主大批的嫁給蒙古酋長——他們本來稱可汗，投降滿洲人之後，被改封為藩王或公爵，合稱為「王公」。滿人的皇姑、皇妹、皇女之流，大多數都嫁給蒙古王公，從沒有一個嫁給漢人的。
清政府的政策是，用科舉控制漢人，用婚姻控制蒙古人，結果證明完全成功。公主的兒子自幼隨著母親在外祖父或舅父的皇宮中遊戲，長大後自然有一種向心力。紀元前二世紀大政治家婁敬，向當時的皇帝劉邦建議的和親政策可收的效果，現在完全應驗。
十七世紀九十年代，康熙在多倫諾爾（內蒙古多倫）用盛大的宴席招待蒙古高階層時，發現很多蒙古王公都是他的外甥或外孫，又幾乎都是在北京皇宮裡長大的，不禁大為得意。但清政府雖賜給這些王公們財富和榮耀，鞏固他們對人民的統治尊嚴，卻對他們仍深謀遠慮地細心防範，不准他們跟漢人來往，不准學習漢文，不準保管漢文圖書，不准請漢人擔任教師，不准子弟進入漢人學校，不准看漢人的戲劇。目的使蒙古人永遠愚昧無知。從此，面積約100萬平方公里的內蒙古，自十七世紀起，也作了滿洲人嫁妝的一部分，帶到中國，永遠成為中國的領土。
漠北疆土的開拓——外蒙古
比內蒙古還要龐大的外蒙古，在喀爾喀部統治之下，仍獨立於瀚海沙漠群之北。已遷到北京的清政府無意向北發展，他們對擁有內蒙古廣大的領土和西伯利亞外興安嶺以南廣大的領土，已心滿意足。可是一個意外的事件，卻使外蒙古自動地請求跟大清合併。這個事件起因於以伊犁（新疆伊寧）為首都的準噶爾汗國，於《尼布楚條約》簽訂的前一年（1688），向外蒙古喀爾喀部發動攻擊。
喀爾喀是蒙古請部落中，人口最少，但占地卻最廣的一個部落，又分為下列三個汗部：
1、車臣汗部（外蒙古東部，牙帳設今溫都爾汗）
2、土謝圖汗部（外蒙古中部，牙帳設今哈爾和林）
3、札薩克圖汗部（外蒙古西部，牙帳設今貝格爾）
所謂喀爾喀部，只是一個部落的總名稱，不是一個具體的行政組織，更沒有一個共同領袖。事實上三個汗部獨立並存，各有各的可汗，互相間不停地打鬥。
準噶爾汗國是四衛拉特之一準噶爾部建立的國家，回憶十五世紀，我們會記起當時聲勢煊赫，生擒過明朝酒肉皇帝朱祁鎮的瓦拉部落。瓦拉自從也先可汗死後，失去領導中心，這個突厥民族的部落分裂為三部：土爾扈特部、準噶爾部、杜爾伯特部——稍後被輝特部取而代之，他們向西遷移到現在的新疆北部。而另一支蒙古人的和碩特部，也侵入到新疆北部，跟他們混合。於是，遂被籠統的稱為四衛拉特。衛拉特，即瓦拉的轉音。
十七世紀二十年代，和碩特部在固始汗率領下，侵入現在的青海省，建立一個龐大的和碩特汗國。土爾扈特部也移向中亞，深入歐洲。新疆北部的故土上，只剩下準噶爾部跟輝特部。
十七世紀六十年代，準噶爾汗國——也就是準噶爾部的第二任可汗僧格，被他的兩位哥哥謀殺，由僧格的兒子索諾木阿拉布坦繼位。僧格的弟弟葛爾丹正在西藏當喇嘛，喇嘛教領袖達賴送他回國安定內部。葛爾丹回國後，把兩位哥哥以及侄兒索諾木阿拉布坦一齊殺掉，自己當上可汗。他不久就并吞了回部（新疆南境），又并吞了青海的和碩特汗國，使他的國土擴張到280萬平方公里。
葛爾丹可汗雄才大略，他的下一個獵物是外蒙古。
外蒙古的喀爾喀部不能團結如故。1684年，土謝圖汗攻殺了札薩克圖汗，把札薩克圖汗美麗的姬妾和大批部眾搶了去。清政府派藩屬事務部部長（理藩院尚書）阿拉尼會同西藏喇嘛教領袖達賴的使節席勒圖，在伯勒齊爾城（甘肅安西），召開和解會議。
和解會議並不能使他們和解，反而發生了一件禮儀上的重大糾紛。蒙古地區喇嘛教主教庫倫活佛（哲布尊丹巴胡土克圖。庫倫，今蒙古烏蘭巴托），他是土謝圖汗國的弟弟，在和解會議上，曾經跟達賴的使節席勒圖以平等的身份，同席而坐。
葛爾丹可汗得到報告，認為抓住了藉口，於是他義憤填膺地宣稱，庫倫活佛犯了不敬達賴的滔天大罪，必須予以重懲。
和解會議後的次年（1688），葛爾丹可汗自前進基地科布多（蒙古科布多）出發，向外蒙古攻擊。喀爾喀的三個汗部大敗，潰不成軍，不得不停止內鬥，緊急會商救亡措施。他們面前只有兩條路，一是歸附俄國，一是歸附大清。這是一項重大的決定，這決定勢將引起數百年甚至數千年的歷史反應。
庫倫活佛堅持歸附大清，他說：「俄國不信佛教，穿的衣服也奇形怪狀。大清一片和平景象，又信佛教，穿的衣服看起來好像神仙。而且大清繁華富庶，有用不完的財寶，綢緞錦繡更多，依靠他們，生活一定愉快。」
除了這些理由，還有一個更重要的沒有說出來的理由，就是他跟康熙間的私人友誼最篤。三部可汗一致接受他的意見。
康熙一面命三部撤退到內蒙古，發給臨時急賑救濟。一面向葛爾丹呼籲放棄使用武力，退出外蒙古。葛爾丹答應放棄武力，但必須先行交出罪犯庫倫活佛，以及土謝圖汗。這是康熙無法接受的，葛爾丹遂繼續東進，橫穿外蒙古高原，抵達2500公里外的克魯倫河下游。明年（1690），大軍更深入內蒙古，直抵距北京只有350公里的烏蘭布通（內蒙古克什克騰旗南）。
葛爾丹企圖用壓力使康熙屈服。他犯了橫挑強鄰的錯誤。
康熙親自統軍出長城攻擊，皇長子胤禔擔任先鋒，到達烏蘭布通，發現準噶爾兵團的主力——駝城。駝城是弓箭戰爭時代的產物，把駱駝的四腳綁住，臥倒在地，加上木箱和用水濕透了的毛毯，即成為可以阻止騎兵衝突的堅強堡壘。但如果用來對抗新武器大炮，就太落伍了。胤禔用熾烈的炮火轟擊，駱駝大半死掉，駝城崩潰，葛爾丹乘夜向西撤退。
可是葛爾丹已無法擺脫惡運，他的侄兒，即索諾木阿拉布坦的弟弟策妄阿拉布坦，在汗國的首都伊犁（新疆伊寧）宣布即位，下令通緝弒君篡位的叛逆葛爾丹。葛爾丹撤退到科布多城後，不能再西進。他向俄國求援，願作俄國收復雅克薩城的先鋒。俄國因跟大清剛簽訂了《尼布楚條約》，所以對葛爾丹的提議，不作回答。
葛爾丹不是容易屈服的人物，他駐屯科布多整補訓練，五年後的1695年，作最後的衝刺，跟遙遠東方3000公里外，嫩江河畔的內蒙古科爾沁部，秘密結盟，向喀爾喀部（外蒙古）發動夾擊。他希望用閃電戰術一舉消滅喀爾喀部，並重新控制內蒙古，建立他的新汗國。
當葛爾丹再度進攻，東進2000餘公里，抵達克魯倫河時，大清三路迎擊的大軍早已進入攻擊的位置。次年（1696），康熙親自北上1000公里，到克魯倫河畔的車臣汗牙帳（蒙古溫都爾汗），指揮作戰。葛爾丹望見了康熙的黃龍大旗，才發現被科爾沁部出賣，中了康熙的誘敵之計，他急令撤退，用最迅速的方法脫離清軍東路和中路兩個兵團，日夜奔馳250公里，到了庫倫（烏蘭巴托）東南35公里的昭莫多，正在慶幸終於脫險之際，卻不知道恰恰進入清軍西路兵團司令官（撫遠將軍）費楊古的口袋陣地。
葛爾丹大敗，他的妻子阿奴皇后跟她的丈夫一樣的勇敢善戰，她身穿鋼盔銅甲，率領精兵突圍，死於巨炮的轟擊之下。
葛爾丹雖全軍覆沒，仍拒絕投降。他退守科布多，但已不能再組織一支戰鬥部隊。明年（1697），他服毒自殺。喀爾喀三汗部仍回外蒙古故地，不過形勢已經不同，外蒙古和葛爾丹轄下的科布多、烏梁海兩地區，面積共180平方公里的土地，自此納入中國版圖。
喇嘛教與西藏
在外蒙古喀爾喀部跟準噶爾汗國的衝突事件上，我們可以看到喇嘛教的影響力量。
喇嘛是西藏語。喇，意思是「上」。嘛，意思是「人」。喇嘛，就是「上人」，就是高僧的意思。我們回溯十三世紀蒙古帝國跟吐蕃宗教國的關係，可發現吐蕃的沒落，全是被佛教這個奇異的支派所促成。十四世紀時，蒙古政權被逐出長城，吐蕃跟蒙古的聯繫也告斷絕。後來，不知道什麼原因，吐蕃的名字消滅，而被稱為烏斯藏。到了十七世紀，又不知道什麼原因，烏斯藏的名字也消滅，而改稱為土伯特。
跟喀爾喀分為三部一樣，土伯特則分為四區：
1、藏（後藏，今西藏西部）
2、衛（前藏，今西藏中部）
3、喀木（也簡稱康，今西藏東部及四川省最西部）
4、青海（青海湖及柴達木盆地，二十世紀二十年代改稱青海省）。
喇嘛教主八思巴，於十三世紀時，被蒙古帝國加封為蒙古國師。在八思巴領導下，僧侶們都穿紅色袈裟，並娶妻生子，因之稱為紅教。政治權力加上靡爛生活，使紅教日趨腐敗。十四世紀五十年代，一位改革家在青海西寧城附近一個藏民部落中降生，名宗喀巴，他是喇嘛教的馬丁路德。14歲時就當紅教僧侶，20歲時就大膽地提出改革方案。他改穿黃色袈裟，禁止娶妻，以便全心全意宣揚佛法，因之被稱為黃教。
改革在極端和平中進行，沒有經過歐洲式宗教改革那種血流成河的屠殺場面。紅教終於衰落，黃教一天比一天興旺。
宗喀巴是一位最有想像力的大師，他為喇嘛教創立一個別開生面的權力繼承制度。他有兩位門徒，一名達賴，一名班禪。宗喀巴宣稱這兩位門徒都是佛陀投胎，永不死亡，肉體雖然毀壞，但靈魂卻立即再轉生世界，永遠不滅。達賴、班禪在肉體毀壞（死亡）時，事先就預言他的靈魂要到某一個方向或某一個地方，以化身重生。逝世之後，先由高級禪師（拉穆吹忠）四個人，誦經作法，熱鬧一陣，然後分別出發去尋覓他身——靈童。找到之後，迎回拉薩，經過一段時間的宗教教育，等靈童年齡稍長，再舉行坐床大典，成為喇嘛教的正式教主。——坐床，就是坐在一張只有教主才可以坐的神秘寶床上，等於皇帝的登基大典，當然隆重非凡。
宗喀巴大師於1419年逝世，達賴以大門徒身份，繼承為喇嘛教教主，班禪以第二門徒身份充當副教主。從此之後，就實行轉世（呼必勒罕，意為轉世或化身。指喇嘛教中活佛轉世再生，亦指活佛傳位的制度）統治。十六世紀時，那位使明政府招架不住的蒙古俺答可汗，曾恭迎達賴三世到青海講道，蒙古人從那時候起，開始接受黃教。
十七世紀，四衛拉特之一的蒙古和碩特部領袖固始汗，從天山北路侵入青海（青海省）與喀木（西藏東部及四川省西部）。這時候，達賴、班禪同住在前藏的首府拉薩城，而仍信奉紅教的土王之一的藏巴汗，居住在後藏的首府日喀則城，跟黃教對抗。達賴宗教政府的最高執政官（第巴）桑結，向固始汗請求援助。固始汗接受這個邀請，出兵把藏巴汗殺掉，把原屬於藏巴汗的後藏土地，奉獻給黃教。於是達賴仍住拉薩，而班禪則遷到藏巴汗所住的日喀則。固始汗大功告成之後，返回青海，留一個兒子率領蒙古軍隊，駐防拉薩。
1682年，達賴五世逝世，最高執政官桑結秘不發喪，仍用達賴的名義，為自己向大清請求封號，清政府不知道內情，就加封桑結為土伯特國王。桑結跟當時準噶爾汗國的葛爾丹可汗，秘密結盟。葛爾丹對庫倫活佛的指責和對外蒙古的攻擊，都是桑結出的主意。直到1697年，葛爾丹自殺，清政府才知道一直是桑結從中搗鬼，向桑結責問達賴何在，並暗示要派遣軍隊去勘察達賴的生死。桑結才恐慌起來，急急忙忙找了一位名叫倉央嘉措的15歲靈童（這時候達賴五世已死了15年，所以這個達賴六世必須15歲，表示他已轉生15年），宣稱他就是化身，舉行坐床大典。桑結向清政府報告說，他秘不發喪的目的只不過為了安定民心。清政府知道他在胡說八道，但沒有追究。
西藏的政治形態是：三巨頭並立。土伯特國王桑結主持行政，喇嘛教主達賴六世主持宗教，和碩特汗國王子拉藏汗（固始汗的曾孫）主持軍事。
西南疆土的開拓——西藏
西藏三頭馬車制有嚴重的基本衝突，進入十八世紀，衝突公開化。
拉藏汗對桑結國王事先沒有徵求他的同意，就確定誰是達賴化身，大不滿意，他說他將抵制到底。桑結認為你這個蒙古酋長竟敢幹涉我們西藏內政，簡直莫名其妙，決定把拉藏汗毒死。拉藏汗得到消息，先下手為強，1705年，發動突擊，把桑結殺死，把達賴六世囚禁。
清政府和準噶爾汗國分別向拉藏汗要求迎接達賴六世，康熙深恐拉藏汗不買自己的帳，憂慮地說：「他們盲目地崇拜達賴，如果被準噶爾汗國迎接了去，可能發生很大影響。」
但拉藏汗顯然願取得大清的友誼，他把達賴六世送往大清。不幸的是，達賴六世卻在途中病故。
拉藏汗另行尋覓達賴化身，在博克達山（新疆吐魯番北博格多山）找到一個名益西嘉措的孩子，說他就是靈童，舉行了坐床大典，請清政府加封。可是拉藏汗的政治手腕太差，他沒有跟那些高級禪師搞好關係，其中一個在喀木（西藏東部及四川省西部）里塘（四川理塘）地方，找到了一個名格桑嘉措的孩子，宣稱他才是真正的靈童。青海和碩特汗國那些蒙古王公（酋長），支持這個新靈童。
拉藏汗派軍隊去捉拿格桑嘉措，老爹早抱著孩子逃到青海去了，他向清政府申訴，也請求加封。於是出現真假達賴的爭執，互相指責對方是假，而自稱是真。
準噶爾可汗策妄阿拉布坦跟拉藏汗有親上加親的婚姻關係。策妄阿拉布坦是拉藏汗的姐夫，而策妄阿拉布坦的女兒又嫁給拉藏汗的兒子丹衷，小夫婦一直住在伊犁（新疆伊寧）策妄阿拉布坦的王宮。
然而，國家的利益超過一切，策妄阿拉布坦渴望征服西藏，拉藏汗拒絕把達賴六世送給他，使他對自己的陰謀詭計，更不受良心責備。1716年，策妄阿拉布坦組織一支8000人的遠征軍，命他的大將大策零率領，奇襲拉藏汗。
這是世界上最勇敢、最困難和時間最長的一次閃電突擊。從伊犁到拉薩，航空距離1900公里，要越過6000米的天山——比阿爾卑斯山還高2000米，繞過500公里縱深的塔克拉瑪干沙漠，還要攀登7000米的崑崙山，才能爬上世界屋頂的西藏境內，然後又要在1200公里不見人煙的冰天雪谷中秘密行軍。
大策零這支遠征軍自1716年十月出發，白天潛伏，夜間前進，十個月後，於次年（1717）七月，神不知鬼不覺地接近西藏首都拉薩。拉薩附近人煙稠密，既不能殺絕，又無法躲避，大策零對那些驚愕的藏民說，他們是送丹衷夫婦回國省親的衛隊。
拉藏汗老了，大清方面一再警告他防備準噶爾汗國的突擊，拉藏汗認為這是最幼稚的挑撥離間的手法。現在準噶爾遠征軍從天而降，攻陷拉藏汗所住的布達拉宮，把拉藏汗殺掉。為了斬草除根，策妄阿拉布坦下令把女婿丹衷也殺掉。西藏於是併入準噶爾汗國版圖，策妄阿拉布坦完成了他父親、叔父、祖父們的偉大心愿。
策妄阿拉布坦在戰略上獲得成功，但在政略上他犯了錯誤，他沒有估計到大清對這件事的關切和反應，清政府在接到拉薩陷落的報告後，決定用武力干涉。次年（1718），清政府正式承認逃到青海的格桑嘉措為達賴七世，派遣軍隊送回西藏。但進入西藏後，在喀刺烏蘇河（怒江上游），被大策零擊敗。
清政府當然不會罷休，兩年後（1720），派出第二次遠征軍，分三路進攻。駐在外蒙古科布多和巴里坤（新疆巴里坤）的兩個兵團，直接攻擊天山北路準噶爾汗國本土，使它不能向西藏增援。東路軍總司令（定西將軍）噶爾弼則由打箭爐（四川康定）西進。北路軍總司令（平逆將軍）延信，由西寧（青海西寧）穿過唐古拉山（今青海與西藏分界）南下。大策零戰敗，不得不放棄占領了四年的別人的國土，由原道向國內撤退，但他們已沒有來時候旺盛的士氣，沿途死傷相繼，生還到伊犁（新疆伊寧）的不到一半。
大清遠征軍進入拉薩，撤銷一切國王和一切可汗的稱號，又撤銷土伯特國號，改稱西藏。任命故拉藏汗的一位僚屬康濟乃，當前藏最高執政官（固山貝子·噶布倫），另一位僚屬頗羅乃，當後藏最高執政官（台吉·噶布倫）。把喀木（四川省西部及西藏東部）巴塘（四川巴塘）以東，劃給四川省。
面積160萬平方公里的西藏——包括藏、衛、康，併入清政府中央版圖。
中西部疆土的開拓——青海
西藏併入大清版圖後，青海起而反抗。青海本是土伯特王國四個地區之一，但它在十七世紀初葉，就被蒙古人的和碩特部侵入，所以在青海廣大的高原上，蒙古民族跟西藏民族同樣的多。不過他們都是信奉同一喇嘛的虔誠教徒，因此蒙藏之間的感情，十分融洽。
和碩特汗國最偉大的領袖固始汗，進入青海後，很快的就征服了全部土伯特王國。固始汗的後裔分為兩支，一支在前藏，一支在青海。在前藏的一支，因拉藏汗被殺而結束。在青海的一支，由他的兒子鄂齊圖汗繼承，於十七世紀被突厥族的葛爾丹可汗擊敗并吞。葛爾丹敗亡後，青海脫離準噶爾汗國的控制，成為無政府狀態，各個部落獨立為政，亂糟糟的群龍無首。大清政府找到固始汗的另一個兒子札什巴圖，封他為藩王，作青海各部落的領袖，以對抗西方準噶爾汗國的壓力。
札什巴圖逝世後，王位由他的兒子羅卜藏丹津繼承。十八世紀二十年代清軍進攻西藏時，羅卜藏丹津也率領他的蒙古兵團從征。這一次遠行，使他看到和碩特汗國昔日的光榮，激起他萬丈豪情，決心恢復祖父固始汗轟轟烈烈的霸業。於是他轉而把朋友大清當作仇敵，而把仇敵準噶爾汗國當作朋友。
西藏併入大清後的第三年（1723），羅卜藏丹津號召青海的蒙古人各部落酋長，取消清政府所封的「王爵」、「公爵」的稱號，脫離與大清的宗主關係。大多數蒙古部落和喇嘛教的重要寺院，都起而響應。清政府派駐在西寧城負責處理邊疆事務的副部長（侍郎）常壽，被羅卜藏丹津誘到大營中囚禁，集結兵力20餘萬人，進攻西寧。雖然沒有把西寧攻下，但大清通往西藏的道路卻被切斷，沿邊震動。
羅卜藏丹津實在沒有跟清政府決裂的必要，事實上青海始終是獨立的。清政府除了把「可汗」「酋長」稱謂改為「王」「公」外，從不干涉他們的內政。準噶爾汗國並不比大清好，它曾征服過青海，消滅過和碩特汗國，把蒙古人和西藏人置於統治之下。至少它不可能幫助羅卜藏丹津奪取西藏，它如果有這種力量，它自己會奪取。羅卜藏丹津沒有考慮到這些，也許考慮到了而認為並不如此。
此時正是雍正元年，清政府的反應強烈而迅速，任命年羹堯當總司令（撫遠大將軍），岳鍾琪當副總司令兼前敵總指揮（襄贊軍務，奮威將軍）。次年（1724）二月，岳鍾琪率5000人的騎兵，發動突襲。從西寧城向西急行軍十二日，於第十三日的黎明，在荒原上捕捉到羅卜藏丹津的主力。羅卜藏丹津的部隊從夢中驚醒，但戰馬都沒有備鞍，無法迎戰，霎時間全軍崩潰，四散逃命，羅卜藏丹津急換上女人的衣服溜掉，投奔準噶爾汗國。
岳鍾琪窮追不捨，每天奔馳150公里，兩天後，追到一個稱為桑駱海（青海省西南角）的地方，只見紅柳蔽天，渺無人跡，才帶著他的俘虜，包括羅卜藏丹津的母親在內，凱旋而回。
岳鍾琪自出發到大獲全勝，只用了十五天時間，就把面積約60萬平方公里的青海土地，完全征服，納入清政府中央版圖。這是中國戰史上最有名的一役，跟大策零突襲西藏之役媲美。
準噶爾的覆亡與種族屠滅
我們可以察覺到一個現象，無論在外蒙古、西藏、青海，清政府處處都遇到準噶爾汗國的強大力量。準噶爾汗國迫不及待地向外侵略，心情急躁而手段激烈，但他們恰恰遇到第三個黃金時代的中國。所以每一次都引起清政府激烈的回報，不斷從他們口中奪出已吞下咽喉的大片領土。
準噶爾汗國一連串大有作為的君主，對這種挫敗，有無限的憤怒，遂使清、准邊界地帶的衝突，沒有寧日。清政府顯然沒有力量摧毀他們，所以只是一味盼望和平共存，相安無事。在征服青海之後，就向準噶爾汗國建議重新劃定邊界。為了表示誠意，清政府特地把駐屯在哈密（新疆哈密）和科布多（蒙古科布多）的兩個兵團撤回。
但策妄阿拉布坦可汗對和解沒有興趣，他仍希望至少取得西藏，談判沒有成功。1727年，策妄阿拉布坦逝世，兒子策零嗣位，他比他父親更有才幹和雄心，當清政府要求把和碩特汗國流亡可汗羅卜藏丹津交出來時，策零拒絕，並且用一種在清皇帝看來十分不禮貌的語句，通知皇帝胤禛（雍正皇帝）說，他父親策妄阿拉布坦已經升天成佛，他自己的責任是使喇嘛教弘揚於世界，世界人類都因他而獲得安寧。這些話使他顯得比胤禛還要偉大，胤禛大為光火。
1729年，胤禛組成遠征軍，任命傅爾丹當總司令（靖邊大將軍），岳鍾琪當副總司令（寧遠大將軍）。1730年，傅爾丹興築科布多城堡，作為永久性的軍事基地。第二年（1731），他得到非常生動的情報說，準噶爾汗國發生內亂。羅卜藏丹津率領他的殘餘部下打算投奔大清，被策零可汗發覺，發生戰鬥。
傅爾丹大喜，即發動攻擊。可是，他的前鋒4000人挺進到科布多西方200公里和通淖爾時，忽然胡笳四起，伏兵殺出，傅爾丹親率主力前往救援，於是連主力也陷進重圍。結果全軍覆沒，僅傅爾丹跟他的少數侍衛，狼狽逃回。
岳鍾琪在烏魯木齊迅速發動進攻，已不能發生牽制的作用。策零可汗命他的得力將領大策零、小策零，乘勝向東推進，深入外蒙古腹地，幸而被外蒙古土謝圖汗部所屬的三音諾顏部（牙帳在今蒙古海爾汗杜蘭城）酋長策凌郡王擊滅（策零、策凌、大策零、小策零，使人混淆不清，大概那時候漠北部落很流行這種發音的名字）。
清政府立即把策凌郡王擢升為親王，命他的三音諾顏部脫離土謝圖汗部，成為獨立的一汗部。本來只有三個汗部的外蒙古，到現在分成了四個汗部，而喀爾喀部的總名詞也被外蒙古取而代之。明年（1732），策零可汗再度攻入外蒙古，策凌親王率三萬蒙古兵團迎戰，策零可汗大敗，策凌親王追擊到光顯寺（額爾德尼召，即哈爾和林——蒙古帝國的古都和林）附近，切斷準噶爾兵團的退路，血戰兩天，準噶爾兵團崩潰，一半戰死，一半被擠到水裡淹死，策零可汗只跟少數衛士突出重圍。
由於胤禛對岳鍾琪以十五天的時間征服青海的印象太深刻了，認為準噶爾汗國也是那樣脆弱。但他任用的滿族人總司令傅爾丹，卻是一個庸才，對敵人毫無所知，所以才陷入極其幼稚的誘敵之計，雖然有光顯寺的大捷，也只能穩定情勢，不能恢復戰力。
但對準噶爾汗國而言，光顯寺戰役卻是一個意外沉重的創傷，從此再沒有力量進攻。這時候策零可汗提議和解了，胤禛也放棄強硬立場，表示接受。1734年，胤禛派部長級官員（尚書）傅鼐前往準噶爾汗國首都伊犁（新疆伊寧），跟準噶爾劃定疆界，以阿爾泰山為界碑，互相通商，清政府並允許準噶爾可汗可以隨時前往西藏拜見達賴。
這是清、准間唯一的一次和解，維持25年。
在不能消滅對方的情形下，長期戰爭會使自己血枯力竭而死，和解是明智的。但和解建立在雙方同等強大的基礎上，一旦一方過度衰弱，尤其沒有第三者的力量平衡時，和解就會化為烏有。準噶爾汗國在和解後不久，便發生內亂。1745年，策零可汗逝世。嫡子那木札爾繼位，他是準噶爾汗國第一位暴君，1750年，當他要殺他的庶兄達札爾時，達札爾反而把他殺掉，自己坐上寶座。
可是達札爾更糟，1754年，他又被貴族大策零（奇襲西藏的那位名將）的孫兒達瓦齊殺掉，由達瓦齊繼位可汗。不過達瓦齊還不如達札爾，他剛掌握大權就翻臉要殺幫助他取得大權的好友阿睦爾撒納。阿睦爾撒納是四衛拉特之一的輝特部（蒙古西北角）的酋長，他遂逃到大清。
清皇帝弘曆（乾隆皇帝）親自接見阿睦爾撒納，用蒙古話交談，封他為王爵，又送給他駿馬之類的名貴禮物，又請他參加在熱河原野（河北省最北部）舉行的狩獵，用盛大的場面歡迎他。大臣們對弘曆如此優待一個流亡政客，大大的不以為然，但不久就發現其中原因，簡單的很，清跟準噶爾汗國衝突80餘年，而清對準噶爾汗國內部，無論政治情勢和地理環境，都不了解，所以始終束手無策，如今平空得到嚮導，當然喜出望外。
阿睦爾撒納投降的第二年（1755），清政府就選擇叛盟，兩路大軍同時向準噶爾汗國進攻。北路軍總司令（定北將軍）班第、副總司令（定邊左將軍）阿睦爾撒納，由外蒙古烏里雅蘇台出發；西路軍總司令（定西將軍）永常、副總司令（定邊右將軍）薩拉爾，由巴里坤（新疆巴里坤）出發。
準噶爾汗國經過十餘年的自相殘殺，人心早已離散，加上阿睦爾撒納號召他們不要抵抗，所以準噶爾軍隊紛紛放下武器，人民夾道歡迎。清政府兩路大軍沒有經過戰鬥，就輕易地占領了首都伊犁（新疆伊寧），達瓦齊跟逃亡了31年之久的羅卜藏丹津，一同被俘。
一直到這時候，清政府並沒有并吞準噶爾汗國的意思，只是想分而治之，使它的力量削弱，不再侵略大清。所以清政府下令恢復十七世紀四衛拉特的原狀，使他們仍保持四個獨立的部落，互不統屬，個別的作為大清的外藩，像外蒙古合併前的喀爾喀分為三個獨立的部一樣。於是乾隆皇帝一口氣加封了四部的四個可汗，並邀請這批新貴到遙遠的東方熱河（河北承德），由他接見，參加盛大的宴會。
對阿睦爾撒納，清政府加封他為雙親王，以酬庸他的貢獻。但阿睦爾撒納有他更大的野心，他引導大清軍隊顛覆祖國的目的，只在借大清的兵殺他的政敵。他並不希望祖國分裂，所以他堅持仍維持汗國的體制，而由他當可汗。他這種想法跟清政府的基本政策恰恰相反，乾隆當然不能接受。
阿睦爾撒納在大失所望後，決心叛離大清，他了解清軍在這次遠征中之所以迅速成功，有賴於他政治號召的力量，他估計這力量足可以把清軍驅逐出境。於是，在占領伊犁的第二年（1756），阿睦爾撒納宣布獨立，那些剛接受清政府加封的四部可汗，也加入這個新興汗國的行列。大清遠征軍果然一敗再敗，準噶爾汗國的土地幾乎全部光復。這使乾隆皇帝大失面子，認為準噶爾人是不能用仁義感化的野蠻民族，必須嚴厲懲罰。
第二年（1757），乾隆重新組成遠征軍，北路蒙古兵團由蒙古人成袞札布當總司令（定邊左副將軍）；西路滿洲兵團由滿族人兆惠當總司令（定邊右副將軍），發動夾攻。恰恰這時候可怕的惡運降臨準噶爾，天花忽然流行，準噶爾戰士相繼死亡，軍隊自行瓦解。當大清遠征軍進逼伊犁時，阿睦爾撒納束手無策，只好逃到哈薩克王國，再逃到俄國，他也染上了天花，一病而死。在清政府堅決的要求下，俄國把他的屍體運到外蒙古的恰克圖城（蒙古阿勒坦布拉格），交還大清。
準噶爾汗國雖然覆亡，阿睦爾撒納雖然死掉，未死於天花的準噶爾人用游擊戰作誓死不屈的抵抗，使兆惠疲於奔命。這更增加乾隆的憤怒，他下令兆惠執行滅種政策。準噶爾人從此在他們的故土上消失，只剩下一個地理名詞準噶爾盆地和橫亘在中、俄兩國邊界上的準噶爾門（新疆博樂東北阿拉山口）要塞，供後人垂淚憑弔。
——一個人或一個小團體，為了尊嚴的理由，寧可玉破，不為瓦全，他們所作的壯烈犧牲，應受萬世的崇敬。但一個國家或一個民族，應有智慧和勇氣接受屈辱，瓦全還有復興之日，玉碎便永無希望了。準噶爾人的遭遇，使我們驚悸。
阿睦爾撒納是拉藏汗的孫兒，丹衷的遺腹子，母親是策妄阿拉布坦可汗的女兒。策妄阿拉布坦襲殺拉藏汗後，又斬草除根把丹衷殺掉，而把懷有身孕的女兒另嫁給輝特部的一位酋長。民間傳說，當遺腹子阿睦爾撒納呱呱降生時，滿身鮮血，大家深信他為復仇而來，他果然達到目的。
西北疆土的開拓——新疆
準噶爾汗國滅亡的疆域，包括兩大部分，一是天山北路準噶爾盆地，一是天山南路塔里木盆地。清政府把天山北路稱為「准部」，天山南部稱為「回部」。
征服了天山北路的准部，並不等於控制故準噶爾汗國全國領土。天山南路的回部是十七世紀被噶爾丹可汗吞併的，現在侵略者失敗，回部不願再接受外人的統治。
回部範圍即塔里木盆地的範圍，當中是那塊龐大無比的塔克拉瑪干沙漠。在沙漠西端，羅列著十數個繁榮的城市，盆地上百分之九十的人口，集中在這十數個城市之中。
這就是中國歷史上最重要的古西域故地，紀元前二世紀張騫，紀元後一世紀的班超，就在這裡威震列國。七世紀時，唐王朝的軍隊再度進入，把它歸併大唐地圖，但八世紀時卻被吐蕃王國奪去。直到十八世紀，整整一千年之久，跟中國本土隔絕。一千年裡面，這個區域發生過無數我們不知道的事件和無數傳說不一的興亡存廢的變化。所以，當大清遠征軍征服準噶爾汗國，越過天山南下時，所面對的已不是當年古色古香的西域，而是奇異而陌生的回部風光。
回溯九世紀時，回紇汗國瓦解，部眾星散。其中一部分進入西州（新疆吐魯番），稱為西州回紇。他們後來由西州再向西南遷移，到達航空距離1100公里處的疏勒王國（新疆喀什），征服了它，改名為喀什噶爾城。不知道什麼時候開始，回紇人拋棄了原有的佛教信仰，改信從西方阿拉伯傳來的伊斯蘭教。人們因為伊斯蘭教為回紇人所信奉，所以倒果為因的把伊斯蘭教稱為回教。到了十三世紀蒙古帝國時代，又不知道什麼緣故，回紇被改稱為維吾爾，因他們信奉回教的緣故，人們又倒轉過來稱他們為回回、回民、回族，稱他們所居的地區，即天山南路為「回部」。維吾爾人跟準噶爾人一樣，同屬於突厥民族，在蒙古帝國四大階級中，屬於第二等（色目）階級，比漢人的地位要高。
同樣不知道從什麼時候起，在回部興起一位伊斯蘭教教主，稱為和卓木，地位跟喇嘛教的達賴，天主教的教皇相似，只不過和卓木是可以結婚的，所以教主的寶座是父子相傳。準噶爾汗國策零可汗，曾於十八世紀二十年代，把第25代的和卓木阿哈瑪特，連同他的兩個兒子布拉呢敦、霍集占，即著名的大小和卓木，誘到伊犁（新疆伊寧），當做人質。阿哈瑪特不久逝世，兩個兒子被囚禁如初。關於和卓木的世系，我們列如下表：
1755年，大清遠征軍進入伊犁，把大和卓木送回他的故都葉爾羌（新疆莎車），但仍留下小和卓木幫助處理天山北路維吾爾人的事務。1756年，阿睦爾撒納叛變，小和卓木也乘機逃回葉爾羌。又明年（1757），阿睦爾撒納失敗。大清遠征軍派遣使節到葉爾羌，要求接受大清的統治。
大和卓木同意，但小和卓木反對，他說：「我們如果聽從了大清，弟兄之中，勢必有一個被送到北京當人質。從父親那一代起，我們像奴隸一樣，受人擺布，應該是停止的時候了。而且大清新占領敵國的土地，游擊戰激烈，人心惶惶，不可能對我們派出大軍。即令派出大軍，我們固守天山險要，他們糧道遼遠，補給困難，絕不能持久。」在座的各城城主（伯克），都贊成小和卓木的意見。於是，他們宣布建立巴圖爾汗國，跟大清對抗。
然而小和卓木的判斷完全錯誤，判斷錯誤就要付出判斷錯誤的代價。大清遠征軍強行越過天山南下，山麓一些重要城市的城主不能抵禦，紛紛投降。第二年（1758），滿洲兵團司令（定邊將軍）兆惠率領他的精銳4000餘人進攻葉爾羌，在距城一公里的黑水（葉爾羌河），渡河一半時，橋樑中斷，被分為兩截，陷於包圍。
可是，和卓木兵團既沒有攻擊用的重武器巨炮，又沒有鬥志。僵持了三個月，大清援軍到達，把兆惠救回阿克蘇城。第三年（1759），兆惠作第二次進攻，攻陷葉爾羌，大小和卓木向中亞的浩罕王國（烏孜別克浩罕城）逃亡。經過蔥嶺巴達克山部落（阿富汗東北部）時，被巴達克山部落酋長殺掉，把人頭獻給尾追不舍的大清追兵。巴圖爾汗國只有四年壽命，就告覆亡。
現在，準噶爾汗國全部領土，面積約190萬平方公里，由清政府改稱為新疆，即新開闢的疆土——事實上是新收復的疆土之意，併入大清版圖。
新疆合併後，大清的領土膨脹停止，但已是一個擁有1300餘萬平方公里的龐大的超級強國。在世界歷史上，面積僅小於蒙古帝國，但比蒙古帝國屬下的元帝國，要大兩倍。兩個世紀以來領土膨脹情形，用下表說明：
從表上可以看出清政府對中國的貢獻是如何巨大和重要。他們為中國開拓的疆土，較他們從明政府繼承下來的領土，要大四倍，我們再用下表列出統計數字：