《傷寒論》中的六經，與《素問·熱病論》的不同。《熱病論》中的六經是按照氣機運行於脈絡之中的規律來論述的，所以記述的病症與《靈樞·經脈篇》的相符合。《傷寒論》是根據邪氣侵入肌體的順序來論述的，所以記述的病症與《靈樞·經脈篇》的不同。《經脈篇》中三陽經都有頭痛症狀，至陽明經才有惡寒，而仲景把頭痛、惡寒都歸入太陽病，而『胃家實』的才為正陽明病；《經脈篇》嗜臥症狀屬足太陰經，而仲景說的是少陰病才『但欲寐』；《經脈篇》渴而欲飲，飢不能食，屬足少陰經，而仲景卻講厥陰病消渴，飢不欲食。這些都說明兩者對六經的定義不同。只有少陽、太陰的論述比較接近，但也有不同處。《經脈篇》目屬足少陰，而仲景少陽病才有目眩；《經脈篇》飧泄屬足厥陰，而仲景三陰病症中都有。之所以會這樣，是因經脈在人體的分布只依據體表、體內分為表里兩層，又根據身體部位的前後兩側分為三陰三陽，仲景不但分表里兩層，並且分表之表為太陽，表之里為少陽，里之表為太陰，里之里為少陰，里之至里為厥陰，在里的腑證為陽明，目的是劃分病變的逐層深入，而不是按經絡運行區域對病證進行歸類。所以《傷寒論》中只是把《熱病論》中的六經症狀記錄在《傷寒例》中，並不是以此為提綱對六經病進行論述，而是另外創立一個體系來說明傷寒病的規律，雖都用六經之名，其含義卻不相同。之所以含義不同卻用相同名字的原因，是因為太陽、少陽、陽明、太陰、少陰、厥陰這六者，是從古至今用來標記陰陽分類的名號，《素問.六元正紀大論》用來標記天之六氣，《難經》用來標記歲之六節，《脈經》卷五扁鵲用來標記一日之六候、卷十手撿圖用來標記診法之六部，《靈樞.經筋》用來標記筋，《素問.皮部》用來標記絡，這就象用經脈來標記榮衛分布一樣，仲景用來標記表里的意思是一樣的。想要深入學習《傷寒》六經病症的，不要糾纏《靈》、《素》中同名的六經，避免造成混亂。
《研經言》
原文：
《傷寒》所列六經，與《素·熱病論》不同。熱病論根據氣行之脈絡言，故所著症，與《靈·經脈篇》義合。《傷寒論》根據邪入之次序言，故所著症，與《靈·經脈篇》義不合。經脈三陽經皆有頭痛，陽明始有惡寒，而仲景乃皆入之太陽，更以胃實為正陽明；經脈嗜臥屬足太陰，而仲景乃謂少陰病欲寐；經脈渴而欲飲，飢不能食，屬足少陰，而仲景乃謂厥陰病消渴，飲不欲食，種種皆殊。惟少陽、太陰為近之，而亦有殊者∶經脈目 屬足少陰，而仲景少陽目眩；經脈飧泄屬足厥陰，而仲景三陰俱列。所以然者，經但以陰陽分表里兩層，而以身之前後兩側分為三陰三陽，仲景不但分表里兩層，且分表之表為太陽，表之里為少陽，里之表為太陰，里之里為少陰，里之至里為厥陰，其腑為陽明，義取遞進，不取平按。故僅列熱病論六經症於傷寒例，而不即引之以冠六經篇首，別自為說以著，其名同實異也。所以實異而名仍同者，以太陽等六者，乃古今紀陰陽者之大名，六元以紀天之六氣，《難經》以紀歲之六節，《脈經》卷五扁鵲法以紀一日之六候、卷十手撿圖以紀診法之六部，經筋以紀筋，皮部以紀絡，若經脈則以紀榮衛，而仲景因以紀表里，其義一也。欲窮《傷寒》六經症者，勿纏合《靈》、《素》以亂之。