一、慢性結石性膽囊炎
1．膽囊結石：
結石導致反覆的膽囊管梗阻，並造成膽囊黏膜損傷，出現反覆的膽囊壁炎性反應、瘢痕形成和膽囊功能障礙。對老年慢性膽囊炎患者的研究顯示，炎性反應嚴重程度與結石最大徑呈正相關，而與結石數量和年齡呈負相關，孤立的大結石是慢性膽囊炎的高風險預測因素。
2．細菌感染：
正常膽汁應該是無菌的，當膽囊或膽管出現結石嵌頓、梗阻，則可能導致腸道細菌逆行感染。研究顯示，非膽囊手術者、急性和慢性膽囊炎患者的膽汁培養陽性率分別為16％、72 ％和44％，而伴有黃疸的患者，在膽汁中發現細菌的比例可高達90％，這提示不完全性膽管梗阻是細菌感染的重要危險因素。慢性膽囊炎的病原菌主要來源於腸道細菌的逆行感染，致病菌的種類與腸道細菌基本一致，以革蘭陰性菌為主，占74.4 %，主要包括大腸埃希菌(23.9％ )、不動桿菌(32.7％)、奇異變形桿菌(19.3％)等。近年來的研究示，幽門螺旋桿菌（H.pylori）感染可能與慢性膽囊炎的發生有關。
二、慢性非結石性膽囊
1．膽囊動力學異常：
膽汁淤積是慢性非結石性膽囊炎的重要病因，在無結石存在的患者中，如果發現膽囊收縮素刺激閃爍顯像(cholecystokinin—stimulated scintigraphy，CCK—HIDA)的膽囊噴射指數(ejection raction)降低(<35 )，則高度提示慢性非結石性膽囊炎 。但是該檢查方法在國內開展甚少。
2．膽囊缺血：
常見原因是重症疾病，如敗血症、休克、嚴重創傷、燒傷，使用縮血管升壓藥，以及大型非膽道手術等，這些都可能造成膽囊黏膜缺血和局部炎性反應、壞死。
3．其他：
病毒、寄生蟲感染是少數膽囊炎的病因之一。飲食因素也參與慢性非結石性膽囊炎的發生，如長期飢餓、暴飲暴食、營養過剩等。