武漢新型冠狀病毒是bat-SARS的變種
寫在前面
2020 年 1 月 10 日，武漢發現的新型冠狀病毒的基因組被破譯。該病毒測序由復旦大學生物醫學研究院張永振教授領導的協作團隊完成。雪梨大學的 Edward C. Holmes 代表團隊上傳結果，並最先在 Twitter 公布了這一消息。目前該病毒序列在 virological.org 網站中可以查詢，也已經上傳到了 GenBank 中（但未公開）。
研究團隊同時聲明：「請隨時下載、共享、使用和分析此數據。如果您希望在雜誌上發表使用這些數據得到的研究結果，請與我們聯繫。如果您還有其他疑問，請直接與我們聯繫。」
基因組序列下載
http://virological.org/t/initial-genome-release-of-novel-coronavirus/319
目前該序列的瀏覽量還是很高的，超過15.6k瀏覽次數。
基因組序列BLAST比對
將下載後的基因組序列在BLAST網站進行比對，可以發現與該基因組最相似的是SARS病毒，相似度最高的是南京軍醫學院於2017年2月從中華菊頭蝠上獲得到的一株毒株，命名為bat-SL-CoVZC45；相似度排第二的是中國科學院武漢病毒研究所於2013年4月從中華菊頭蝠上獲得到的一株命名為Rs4231的毒株。
該病毒與人源的SARS病毒（相似度排第四、五的毒株，廣東省SARS流行病學研究中心於2003年上傳）的相似性在80%左右。
該病毒是不是就可以認為是SARS呢？
通過全基因組序列比對我們可以發現，該病毒與來自中華菊頭蝠的bat-SL-CoVZC45的相似性只有87.99%，通過S基因的序列比對，該病毒與bat-SL-CoVZC45的相似性只有83.45%；此外，通過全基因組序列比對我們可以發現，該病毒與來自SARS病人的ZS-C的相似性只有80.3%，通過S基因的序列比對，該病毒與ZS-C的相似性只有74.56%；因此，我們可以確定的認為該病毒同樣是屬於冠狀病毒的β屬，與SRAS的親緣關係是比較近的。但無論是從基因組水平來說，還是從目前的傳染力和致病性來說，該病毒都無法與SARS同日而語，只能說「還是個弟弟」。更準確的來描述，該病毒應該是從蝙蝠來源的冠狀病毒基礎上經過長期的突變等原因形成的，具有了一定的感染人的能力，但還不具備在人與人之間廣泛傳播的能力，但也足以引起人們的警示。此次在海鮮市場爆發，但此海鮮市場並非是只賣海鮮的，才會造成這次「散發」狀態。
為什麼之前官方直接排除了SARS的可能性呢？
從前面的數據我們可以看出該病毒的S基因與SARS的S基因相似性只有74.56%，而排除SARS的依據應該是通過SARS病毒S基因設計的引物在此次病人的樣本中進行擴增，因為二者之間序列差異性很大，造成了PCR無產物的情形，才會造成官方前期排除SARS，這並不是官方的有意隱瞞。
我們該不該恐慌呢？
當然不用恐慌了，SARS我們都解決了，更何況這只是「SARS的弟弟」！！SARS的各種治療手段都可以有效地遷移到此次的病例中！
撰文：李傑 常熟理工學院生物與食品工程學院
責編：劉永鑫 中科院遺傳發育所
參考文獻：
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武漢新型冠狀病毒基因序列公布 https://mp.weixin.qq.com/s/JnQ5Jp4niMT-Hy0p-HHezw
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Chinese researchers reveal draft genome of virus implicated in Wuhan pneumonia outbreakhttps://www.sciencemag.org/news/2020/01/chinese-researchers-reveal-draft-genome-virus-implicated-wuhan-pneumonia-outbreak
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