中醫子午流注在我國歷史悠久，其理論基礎在兩千多年前的中醫經典《黃帝內經》中就已經奠定，在中華民族傳統醫學的寶庫中，是最具有特色的寶貴理論。
子午是指時辰，流是流動，注是灌注，子午流注理論是把一天24小時分為12時辰，對應十二地支，與人體十二臟腑的氣血運行及五腧穴的開合進行結合,在一日十二時辰之中人體氣血首尾相銜的循環流注，盛衰開合有時間節奏、時相特性。
子午流注開穴法來源於這樣的規律，因時、因病、因人、因地從而準確、有效的調整患者氣血，調理臟腑氣血陰陽，在特定的時間點進行調理身體，恢復患者氣血運行的正常時間規律，以達到治療和預防疾病的目的。
血氣應時而至為盛，血氣過時而去為衰，逢時而開，過時為闔，泄則乘其盛，即經所謂刺實者刺其來。補者隨其去，即經所謂刺虛者刺其去，刺其來迎而奪之，刺其去去隨而濟之，按照這個原則取穴，以取其更好的療效，這就叫子午流注法。
人體臟腑經脈，六十六個經穴(五行穴)都配合陰陽五行，"時""日"天干也配合陰陽五行.因為人體是一個小天地，天地之氣和人體之氣是相應的，所以營衛之氣在人體經脈中就有盛衰不同的時候，而五行又有生克的關係，相生,同氣才能相應而合；相剋，異氣就不能相應而合。
所以十二"經的天干"逢到"日的天干"相同時，同氣相應，這條經上的穴，只要"穴的五行"和"時的五行"相應,經氣旺盛,這穴就"開"了。人身的疾病，歸納起來都是由氣血偏勝偏衰和積滯不通所致，所以開穴時取此穴治病，效果最好。