蒙古人入主中元建立橫跨歐亞的大帝國後，忽必烈雖依漢法拔擢儒臣與建國號為「大元」，並沿襲、擴張漢人王朝的監察機構，首創在地方上設置行御史台的作法─即揚州的江南諸道行御史台和奉元的陝西諸道行御史台，設於朝中的御史台與行御史台（合稱三台），又各自在各地統轄多個提刑按察司，之後改為22道肅政廉訪司，打破前代臨時派官巡察地方的舊例，員額也遠超以往，但仍難矯正日趨惡劣的政風。
蒙按照元制，御史台握有督察百官和諫諍帝王的重責大任，三台御史每年都得出巡各方，肅政廉訪司則得一年兩次分巡地方州縣，權責不可謂不嚴密。在御史們的糾彈下，官員的不法之行赫然躍於史籍里。比如廣西道廉訪司在刷卷稽查廣西宣慰司的卷宗時，發現古縣（今廣西桂林市永福縣內）民人何福慶因逋欠軍人王買驢、楊聚竹蓆，竟遭王買驢等人活活打死。而古縣達魯花赤（蒙古語，乃地方首長）月赤蒙古和簿尉史玉不但未伸張國法，反倒扣押何福慶遺孀何阿盧逼其翻供，迫其自稱「伊夫與王買驢相扯跌倒，被竹根磕著陰囊身死」，令王買驢逍遙法外。廣西廉訪司發現後便申告刑部，最後月赤蒙古與史玉兩人俱遭解職。
除卻司法不公之外，貪贓受賄的官員更是多如牛毛。譬如御史台奏報「福州路同知小雲失，大德二年（1298）先任興化路（今福建省莆田市）總管，犯贓至一百餘定……今居是職，因監造哨舡，取受司即石良璧等鈔定」，揭發小雲失累犯的貪婪嘴臉。還有某縣的達魯花赤忽察忽思，「為買房屋，令本家胡二於李押牢見收本縣徵到酒課錢內，借訖鈔三定」，逕自「借用」稅金挪作自己的購屋款，刑部因而判處杖打十七下但不必降職。至於提及或警告官員收受「肚皮」（蒙古語中的賄賂漢譯詞）的記載，亦是不計其數。
雖然元朝君主也多次下詔批評政風敗壞，元武宗就坦承「今中外奉公者少，循私者多」，並要求御史台與廉訪司嚴加訪查。不過在蒙古君主視國家為私產、依賴「大根腳」（與皇室關係親近或有功的門第）家族為官的體制下，統治階級很難不放棄剝削心態，法律條文更是赤裸裸地維護種族特權，如「諸蒙古人因爭及乘醉毆死漢人者，斷罰出征，並全征燒埋銀」，但漢人若毆死蒙古人卻得一律處死和責以燒埋銀，這是要如何令百姓相信自己的權益會受保護？何況就連御史台本身，也體現族群不平等的現象。
譬如御史中丞崔資德在元成宗大德元年上奏建議：「南北二十二道肅政廉訪司，糾彈諸路，不為不重，其為頭廉訪使，當選聖上知識、根腳深重、素有名望，正蒙古人，其次漢人、回回諸色目人」，一樣主張蒙古優先和重用根腳。御史台也像其他機關一樣秉持「其長則蒙古人為之」的慣例，再參用漢人與色目人，而出身南宋舊地的南人則幾乎被擯斥於外，凸顯深刻的歧視意味。
最重要的是，元朝君主之所以注重監察機關，本意是為了更強力地掌控征服區域，而非傾聽民意，因此才會延續蒙古本位的統治特色。而且元朝律法對貪贓枉法的官吏處罰並不重，多半僅是撤職或笞杖，並未真的處以重刑。就連最該保持廉潔的御史自身若有受賄，也只是「但有犯贓，並除名不敘」的下場而已，根本起不了任何警惕作用，遑論其他官員。故元代官僚的貪暴，實其來有自。
再加上元朝停辦科舉多年，胸懷理想的士人幾乎無途出仕，地方大員幾乎都由務求刻剝、又不曉漢人民情的蒙古人或色目人擔任，底層胥吏更多屬狡獪，鮮有親民之輩。因此元朝就在這種嚴重的階級與種族矛盾下，既缺乏體恤百姓的思維，又無力翻轉腐化的官場，社會愈加分崩離析。蒙古統治者卻未察覺危機，繼續享受搜刮來的漢地財富，最後激使韓山童打出「貧極江南、富夸塞北」的旗號率領農民揭竿而起。迨明朝建立後，朱元璋之所以施行如收賄八十貫便處絞刑、瞞報戶口就「有司極刑不饒」的重典，其中一個原因正是為了洗刷元末以來的敗壞吏治，避免百姓再受荼毒。
元朝的覆亡，是忘卻視民如傷的初心，缺乏廉潔剛正的政風，以及制度留下徇私苟且的漏洞，縱使武功再顯赫、疆土再遼闊，也可能一夕之間土崩瓦解，遭受人民怒火的反撲。