腺樣體、扁桃體肥大的危害已經被很多家長所認識，積極治療也是所有家長的共識，但是面對治療方式的選擇，幾乎所有的家長都會思前想後，難以抉擇。按照一般的思維邏輯，手術肯定比藥物治療要損害大，風險高，因此，本著趨利避害的正常反應，幾乎所有的家長都希望通過保守治療來解決問題，而拒絕手術。那麼，這種想法對嗎?
其實，這個想法不完全對也不完全錯，關鍵取決於病情的嚴重程度。下面我們來具體分析一下手術與藥物治療的利與弊。
首先我們來說說手術治療的相關問題。家長們所擔心的問題總結起來無非有兩方面，第一是擔心手術損害和創傷，尤其是關心全麻是否會影響孩子的智力發育。
第二是擔心腺樣體扁桃體切除後影響免疫功能。那麼，實際情況是怎麼樣的呢?手術有損傷這是毋庸置疑的，而且任何的手術操作都會有一定風險，但是隨著手術器械與方式的改進，其創傷已經很小，手術的風險也比較小，目前最大的風險是術後的出血，其發生率在0.1%-1%左右。
通常來說比較小的出血通過局部冷敷、血管收縮藥物的使用都能夠很好的控制，不會帶來大的危險和損害，但是一旦出血量比較大，就有向氣管內倒流引起窒息的風險，通常需要二次進入手術室止血，其風險相對較大。
從總體的發生率來講，大的術後出血非常少見，在筆者十幾年的職業生涯中目前還沒有碰到過，在相關的文獻報導中也極少出現。所以，總體上講，手術的安全性還是有保障的。
關於全麻是否會影響孩子的智力發育，從目前的研究結果看幾乎是沒有影響的，尤其是3歲以後的患兒，接受全麻與未接受全麻的孩子在智力水平、邏輯思維能力以及行為等方面均無差異。
最後，說一說關於免疫力是否會受到影響的問題，腺樣體、扁桃體是人體的重要免疫器官，尤其在兒童時期，二者發揮著重要的作用，但是兩者的功能不是不可替代的，因為在它們周圍的粘膜下有很多具有相同功能的淋巴組織，完全可以替代它們的功能，此外，人體的免疫系統是一個複雜的體系，具有強大的儲備能力，腺樣體扁桃體只是這個系統里很小的一個角色，完全可以通過其他途徑代償。
從相關的研究數據看，腺樣體扁桃體切除後，相關的免疫指標會略有下降(但仍在正常範圍內)，大約1個月左右，其指標會恢復到術前的水平。對於個別反覆扁桃體腺樣體發炎的孩子，術後的免疫指標會比術前明顯改善，因此，非但不會出現易感冒的情況，反而會更不容易出現感冒、鼻炎、咽炎的情況。
再說說藥物治療，對於急性發病期的孩子，藥物治療是首選的。如果治療及時得當，通常很容易控制症狀。對於症狀較輕的孩子，我們也是提倡首選藥物治療的，藥物治療主要包括鼻噴藥物(以鼻噴激素為主)和促進分泌物排出的藥物。
相關的研究數據顯示，通過規範的藥物治療(鼻噴激素1-2個月)，對於輕症的患者，通常能獲得很好的療效，並能較長時間的維持。在藥物治療中家長們最擔心的是激素的副作用問題，在這個「談激素色變」的時代，很多家長願意選擇非激素治療，尤其是中藥治療。
其實這是一個錯誤的觀念。首先，鼻噴激素的安全性已經得到了多個研究的證實，其次，目前有證據證明治療有效的藥物就是鼻噴激素。那麼，什麼情況下就不應該只考慮藥物治療呢?在病史時間很長(3個月以上)，症狀很重(嚴重的打唿嚕甚至是出現唿吸暫停等)，藥物治療效果不佳等情況下就應該及時的謀求手術治療的方式。
其原因在於長期的反覆炎症會造成大量炎性因子的生成，其對身體的損害可能遠大於腺樣體扁桃體存在所帶來的益處，此外長期大量藥物的使用會對肝腎等器官造成慢性損害，其危害可能遠大於一次全麻對孩子造成的影響。因此，對於病情較重的孩子，目前的觀點認為手術是一線的治療方式。
最後談一談手術時機的問題，傳統觀念認為4歲以後才可能進行腺樣體扁桃體切除術，目前此觀點已經被學術界所否定。目前的觀點認為，手術沒有絕對的年齡限制，主要取決於患兒的病情嚴重程度，報導中此類手術的最小年齡是出生後6個月。
綜合考慮手術風險、患兒的免疫功能代償等方面，在病情允許的情況下，3歲以後手術更為安全。但是也不主張過度的拖延手術時間，因為孩子在4-7歲時是面型發育的一個高峰期，如果錯過了這個時期，通常會造成一定程度的面型發育異常，在有些情況下需要在手術後進行口腔正畸的後續處理，增加治療的難度和時間成本。