焚書坑儒
在秦始皇三十四年的一天，皇帝在咸陽的宮裡設下了酒宴，款待群賢，有七十位博士前來祝酒。
有個叫周青臣的僕射端酒走到秦始皇面前，對皇上說道：「皇上真是了不起啊！原來秦國的地盤連千里都不到，現在統一了天下，只要太陽和月亮能照到的地方，全是秦國的地盤。如今天下太平，老百姓不用再忍受戰亂之苦，這都是您的英明啊！試問古今天下又有誰能和您相比呢？」秦始皇聽了這番話十分高興。
這時，又有一個叫淳于越的博士走了過來，對皇上說：「從前商朝和周朝都把天下分封給了諸侯，幫著天子一起治國，所以這兩個朝代都能延續好幾百年。可是如今您卻沒有那樣做，這麼一來，萬一有人要謀權篡位，都沒個人能來幫您。我就沒聽說過不按古人的規矩辦事還能統治長久的。周青臣只是在奉承您，沒指出您的過錯，所以他是個奸臣。」
秦始皇聽了之後，左右為難，拿不定主意。就把大臣們都召集過來一塊兒商量。李斯說道：「從五帝那時候開始，治國的政策就是一直在變化的，夏商周三朝也沒有按照前朝的政策來治國，都是按實際的情況來做出取捨的。這是再正常不過的事情，和違不違背祖先的意願沒有關係。」
李斯又接著說道：「現在您在全國設下這麼多的郡縣，創下的功績哪兒是那些愚昧的儒生們能理解得了的呢？再說淳于越說的那些都是夏、商、周三朝的陳年舊事了，有什麼可借鑑的呢？」
「以前招攬遊說之士，出謀劃策是因為天下不太平，老是有人造反。現在天下太平了，百姓就該安分守己，搞好生產；文人就該認真學習國家法令。那些迂腐的儒生不去學習現今的政策，偏要宣傳什麼古代制度，還對您指手畫腳，說三道四，這不是在妖言惑眾嗎？」
「以前天下四分五裂，人們喜歡懷念過去太平的時候，就老是說以前比現在好。是個人就覺得自己說的對，指責皇上所立的制度不合理。現在您統一了天下，哪些是對哪些是錯還用得著再爭論下去嗎？可是各家的學派卻都指責國家法令，一聽朝廷下了命令，不去執行而是私底下去討論是不是合理。」
「這些人上朝的時候心裡嘀嘀咕咕，退朝後在外面妖言惑眾；在您面前誇耀自己的學識來求取名利，到了百姓那裡就發表奇談怪論來博取名聲，損壞您的名聲。要是不趕緊制止，他們以後可能就會變本加厲，做出一些對您不利的事情來。」
「所以您應該讓史官把《秦記》以外的史書全燒掉。不是博士的人手裡沒必要有《詩》、《書》這些百家典籍，誰要是藏了這些書，就治誰的罪；私底下討論《詩》、《書》的人一律處死；拿古代的事來妖言惑眾的人不僅不能留，還得滅他九族。」
「官吏要是明知道有人藏了書，但是不上報的，也得治罪；接到命令之後超過三十天還沒動靜的，就把他發配到邊疆去修長城；老百姓手裡只要有醫藥、占卜和種植類的書就夠了，看那些百家典籍幹什麼？人們要是非要看書的話，去學一下本朝的法令就好了。」
聽了李斯的這一段長篇大論，秦始皇很受啟發，心裡也很贊同，說道：「這辦法好，就按你說的辦。」於是，國內就燒掉了一大批的古代文獻和典籍。
先前，秦始皇為了自己能長生不老，就派侯生和盧生到處去找仙藥。可是世上哪有什麼仙藥吃了能長生不老呢？這兩人害怕找不到仙藥會被秦始皇給殺了，就打算逃跑，一走了之。
他們找了個理由來安慰自己：「皇上性格暴虐，手段狠毒。他小人得志，覺得誰都不如他，還殘酷的對待臣民。大家有怒不敢言，只能表面奉承他。他現在這樣目中無人都是大家給慣的，天下大事小事沒有一件他不想管的，如此貪戀權勢的人，我們還幫他找什麼仙藥啊！」於是兩個人就逃跑了。
秦始皇聽說侯生和盧生逃跑了之後，氣得渾身直哆嗦，咆哮著說道：「前些日子，我把沒用的書都一把火燒了，又找了很多人才來幫我治國。但是你們看這些人一天到晚干一點兒正事了嗎？他們還背地裡罵我，說我的壞話。成陽的方士和儒生里還有人到處散布謠言，蠱惑民心。」
秦始皇又陸陸續續地批評了一大堆人，說他們不干正事，一天到晚就知道背地裡罵皇上。後來，秦始皇越說越哽咽，實在說不下去了。最後只咬牙切齒地說了一句話：「這些文人欺人太甚，我饒不了他們。」
於是，秦始皇就派御史審查方士和儒生。這些人害怕遭到酷刑的摧殘，就相互揭露告發，最後竟然牽連出了四百六十多人。秦始皇一怒之下，下令把這些人全活埋了，看看誰還敢不聽話。
祖龍之死
在秦始皇統治的第三十六年，有一天，天上划過了一顆流星，有塊隕石掉在了東郡。也不知道是誰把隕石撿了起來，在上面刻了幾個字：「只要秦始皇一死，天下就會分裂」。
沒過多久，這件事就傳到了秦始皇的耳朵里，他十分生氣，就讓人去查字到底是誰刻的，可是查了半天也沒查出來到底是誰。秦始皇氣急敗壞，就讓人把當地的居民都殺掉，把隕石也一起毀了。這件事之後，秦始皇心裡裝了事情，整天悶悶不樂，就讓人寫了一首叫《仙真人詩》的曲子，來幫他恢復心情。
也是在這一年的秋天，秦朝的一個使者走夜路的時候，被人攔住了。那個人把一塊玉璧遞給了使者，說道：「祖龍活不過今年了。」
使者還沒來得及細問，那人就消失得無影無蹤了。第二天，使者來到宮中，把玉璧交給了秦始皇，並說了這件事情。秦始皇聽完之後，沉默了一會兒，說道：「那個人沒準是個山鬼，只能知道一年裡發生的事。」
退朝後，秦始皇又說：「祖龍不就是人的祖先嗎？」說著就讓人拿起這塊玉璧仔細觀察，結果發現這正是八年前秦始皇出遊時弄丟的那塊。秦始皇心想這肯定不是什麼好兆頭，得趕緊找人算一卦，看看如何是好。結果卦辭上說要想消災，必須得搬到別的地方去住。於是，秦始皇把三萬戶遷到了北河、榆中，還給每戶賜了一級爵位。
又過了一年，秦始皇帶著左丞相李斯出巡，把右丞相馮去疾留在都城。秦始皇的小兒子胡亥非常愛玩，也要跟著去，皇上就帶上了他。沒想到到了平原津這個地方的時候，秦始皇得了一場大病，站都站不起來了。
其實，秦始皇心裡知道自己已經離死不遠了，可他不願意聽別人提到「死」這個字，大臣們也都不提。後來眼看自己的身體實在是快撐不下去了，就給大兒子扶蘇寫了一封信，上面寫道：「趕緊來咸陽給我辦後事。」可是書信寫好後，還沒等送出去，秦始皇就一命嗚呼了。
李斯擔心一旦各個公子和天下人知道了秦始皇死去的事，肯定會天下大亂的，就把這件事隱瞞了起來，沒對外面說。他們把秦始皇的屍體裝進了棺材，由宦官駕著馬車，把屍體拉回國都。在外人面前，裝出一副皇上還活著的樣子，地方的官員也和以往一樣奏事，由宦官坐在車裡假扮秦始皇來審批。
胡亥篡位
後來，也不知道是誰把秦始皇已經去世的事情告訴了胡亥和趙高。因為趙高是胡亥的老師，所以胡亥非常寵信他。趙高和胡亥、李斯商量了一番之後，覺得反正也沒人知道，就把秦始皇寫給扶蘇的信打開了。他們篡改了遺詔的內容，說秦始皇臨死前立胡亥為太子，讓他以後即位。
為了不留後患，他們又給扶蘇和蒙恬寫了一封信，列舉了他們的罪狀，讓他們自殺。之後李斯他們繼續帶著秦始皇的屍體往回趕，無奈正趕上夏天太陽暴曬，天氣炎熱，秦始皇的屍體都腐爛了，臭氣熏天。為了掩蓋屍體發出的氣味，李斯他們買了一些鮑魚，蓋在棺材上面，讓人以為是鮑魚的味道。
等回到咸陽之後，才把秦始皇駕崩的消息告訴天下人。胡亥順利地繼承了皇位，成了秦朝的第二位皇帝。到了九月，才把秦始皇安葬在酈山。
其實，早在秦始皇剛剛即位的時候，就已經派人在酈山為自己建造陵墓。天下統一後，秦始皇又從各地調來七十多萬工匠，把陵墓修得更加龐大。
秦始皇在陵墓里放了大量的金銀珠寶，還設下了好多機關，要是誰不長眼跑來盜墓，機關上的弩箭就會將其射殺。他還讓人在墓里用水銀製作成江河湖海，也裝上機關，讓它們能夠互相連通流動。為了讓墓室里長期燈火通明，就用娃娃魚身上的油來做成了蠟燭。
二世皇帝胡亥說道：「先帝後宮中的妃子，凡是沒有生過孩子的，統統都去給父皇陪葬。」這樣又殺了很多妃子。
等到靈柩下葬後，有人說：「墓里的機關是這些工人製造的，他們肯定十分了解，以後要是來盜墓怎麼辦？」
胡亥陰險地一笑，說道：「沒事，別擔心，我自有辦法。」等靈柩安葬好之後，胡亥就讓人把墓道的中門和外門都關上了，所有的工匠全被關在了裡面，沒一個活著出來的。接著，胡亥又讓人在墓地的旁邊栽滿了樹，從外面看起來和普通的山沒什麼兩樣，誰又會猜到這是秦始皇的陵墓呢。
忙完了給秦始皇下葬的事情以後，胡亥的統治才算是真正的開始了。自此，千古一帝秦始皇退出了歷史舞台。