目前手術切除病灶的爭議小，但手術時機看法不一定相同。史曉光教授認為手術的目的是切除病灶，同時應考慮預防併發症毀損乳腺，並達到良好的美容效果。所以，手術應注意以下幾點：
經藥物或引流治療後，病變縮小至2～4 cm 時，或者依據乳腺大小，當病灶縮小達到手術後不影響美觀效果時，即可進行手術。
經藥物或引流治療後病灶已不能捫及，也要做超聲或MRI 定位病灶後手術，避免復發。
藥物治療效果不佳和藥物不良反應已嚴重影響生存質量者，可考慮行病灶分割切除手術。因這類病灶分散獨立，宜採用1 個或2 個切口分別分割切除病灶，而不是將分散病灶區域整塊切除，才能對乳腺外形影響較小。
手術切除的相對禁忌證：肉芽腫伴急性感染症狀或處於疾病進展期的病人；肉芽腫病變範圍廣泛（全乳或2/3 乳腺）、皮損面積較大、按一般原則需要全乳切除的病人；或妊娠期GM 病人。
肉芽腫病灶切除手術沒有固定的方式，主要根據手術範圍、部位和乳頭病變情況決定。手術原則是一般採用乳暈切口或破潰口進入，在脂肪層和腺體間游離達到術前超聲定位的病灶，儘量保留正常脂肪和腺體，注意切除擴張導管和滯留物病灶或積乳囊腫等。一般病人乳頭內也有病灶，所以要一併剔除；乳頭基底雙層荷包縫合使乳頭外突以避免術後內陷，要矯正乳頭繼發性或先天性內陷。缺損大時採用自由腺體瓣移位充填減少乳腺外形改變。根據術中情況放置引流管或引流條預防過多積液。