1916年袁世凱病逝前留下的遺言「看中國再造共和，為日本去一大敵」，這兩句話可以讀出日本對於袁世凱更多的是一種「憎恨」，同樣袁世凱也是恨極了日本。
這種「憎恨」的產生，最早要從朝鮮「壬午事變」說起。1882年，朝鮮士兵因為拖欠軍餉以及對日本人的反感而兵變，驅逐朝鮮的日本人，推戴興宣大院君李昰應上台執政。這次兵變引發了中國和日本同時出兵干涉，很快被中國清朝的軍隊鎮壓。
當時年僅23歲的袁世凱，作為「通商大臣暨朝鮮總督」的身份留駐朝鮮，實際上掌控了朝鮮的軍政大權。日本自明治維新以後，開始了在東亞不斷擴張，吞併琉球，嘗試入侵台灣，干涉朝鮮事務。
但因大清帝國的餘威尚存，「征韓論」被一些人從時機不成熟、「內治優先」作為出發點而被壓制，但並不意味著日本政府在征韓問題上存在有較大的分歧。在與清朝簽訂《修好條規》處理台灣事件之後，日本便開始了對朝鮮的擴張行動，挑起江華島事件，迫使朝鮮簽訂《江華條約》簽訂之後，日本隨之對朝鮮步步緊逼，極力在朝扶持親日勢力，力圖切割朝鮮與清政府的宗屬關係。藉此企圖獨霸朝鮮，並染指東北，中日之間的矛盾不斷升溫。
清王朝為了維護「天朝大國」最後的威嚴，繼續維持對朝鮮宗主權及自身防衛考慮，以達到抵禦列強侵略的目的，朝鮮的地位尤顯重要。
面對日本的侵略意圖日益明顯，朝鮮局勢越來越危機。袁世凱給李鴻章致電中寫道，「第思日本既能廢琉球，我又何可廢朝鮮改行省，許各國往來通商，各國必不與我為難。......彼國雖偏小，上下一心，其圖謀并吞高麗，形跡已彰。若複數年，羽毛豐滿，則難圖矣。」此處袁世凱的吞韓之謀可以看出他對日的立場，同時袁世凱對朝鮮局勢的分析可謂是入木三分，他對於日本吞朝的野心非常清楚，建議清政府將朝鮮按照廢藩置縣，使朝鮮成為大清帝國的直屬省份。其實當時完全具備這個條件，袁世凱掌控了朝鮮的內政外交，加之朝鮮為中國藩屬數百年，有一定的可操作性空間。
袁世凱之所以對日本極其防備，這主要是袁世凱崛起於朝鮮，「兩次勘定朝鮮變亂，厥功甚偉」，在李鴻章保舉下為清廷全權代理朝鮮事宜，對於朝鮮事宜竭心盡力。中日在朝利益的碰撞時，袁世凱強有力的手段遏制了日本的野心。「甲申事變」中，袁世凱一舉粉碎日本人的陰謀，因此袁世凱成為日本的眼中釘。因此日本政府屢次向清廷提出抗議，說是袁世凱屢次挑釁，要求清政府予以賠償，甚至還造謠袁世凱和朝鮮的閔妃（後來韓國追封明成皇后）通姦。
1885年，日本政府派遣伊藤博文來華，一再要求懲辦袁世凱。此後，袁世凱與日本的明暗對抗一直持續袁世凱的一生，最終袁世凱含恨而終。