贛州聯中的創辦得到了江西國際救濟會的支持。到贛縣後，秀州中學顧惠人校長加入了國際救濟會。後排右一。
1939年江西省南昌基督教青年會南遷贛縣，已在這裡創辦一所青年中學。決定創辦贛縣基督教聯合中學後，江西省教育廳發出指令「悉該校為維持正義，不甘事敵，毅然撤退，遷贛聯合設立，熱心毅力，殊堪嘉尚」!後又發出訓令「准予遷贛聯合辦理」。
9月3日,贛縣基督教聯合中學(後常被簡稱為贛州聯中)正式成立,校門口旗幟飄揚，黃底黑字的巨大校牌上題寫著「贛縣基督教聯合中學」九個大字，這便是秀州中學在戰時的又一化身。顧惠人出任校長,張福良、蔡智傳、潘作琴、余行魯等為校董。俞滄泉老師隨後也率領部分學生到達贛縣，協助顧惠人校長分擔校務。贛州聯中開學時，全校初高中8個班，教師26位，學生416人，其中救濟生168人，分別來自各省28個公私立學校。高年級同學多數來自江浙淪陷區。
贛州聯中的第一學期，主要就是接待安置工作。同學們飽受流亡之苦，大多都身無分文，衣物盡失，身染疾病,亟待救濟。因此，這時候的接待安置工作，實際上就是要把衣、食、住、醫等各種各樣的具體問題都包攬下來。但在戰時經費、物資都十分匱乏的情況下，要做到這些是十分困難的。幸而有國際救濟會提供給學校部分辦學經費，撥給救濟生伙食費，每人發棉被一條，棉大衣一件，大家才得以度過寒冬。當時贛縣缺醫少藥，在國際救濟會的幫助下，生病的同學可以到天主堂醫院免費診治、住院。
為克服學校經費困難，由顧惠人和俞滄泉等倡議，同學們積極響應,組織成立了聯中戰區學生生產互助社。師生們在課餘積極從事生產勞動，如擴展農場飼養豬羊，開闢荒地種植蔬菜等。為節省開支，甚至解僱了學校的廚工，自辦伙食。同學們還到張福良會長所主持的麻業改進處領取麻絲紡成麻線，或到青年會所設的營養食堂當服務員,或聯繫機關做抄寫工作,或做家庭教師、設攤販賣等，各盡所能取得一些酬勞。 學校實行民主管理,勞動收人歸公，合理分配，根據互助原則，集體解決生活上的困難。據校友姚鵬飛回憶，「一個學期下來,除了向學校交納部分學費以彌補學校經費困難外，還發給每位救濟生幾個零用錢。第一任社長是張如坤,我和厲一飛擔任第二、三任社長」。
1957年榮獲諾貝爾物理學獎的李政道，也是從上海流亡到贛州聯中就讀的。他學習刻苦，思維敏捷，高中時期就已經閱讀一些高深的研究書籍，同學們常見他進進出出腋下夾著那本Duff教材(美國版大學物理課本)。崇尚科學的他，常與一批同學討論討論往往繼續發展為爭論,「真理愈辯愈明」，同學們都很喜歡這位聰明好學的小同學，因為他比一般同學小兩三歲，長得腓的,大家親呢地稱呼他「小胖子」。李政道活動能力很強，曾任贛州聯中學生會主席。
贛縣基督教聯合中學第一屆高中畢業合影。(二排右六為顧惠人校長，右五為俞滄泉主任。三排右五為李政道）
顧惠人為學校請來的一位物理老師是廈門大學的教室甘承道先生。那時，李政道已不再滿足於高中和大學的物理教材，而是一有空就向甘老師請教，師生一起探討問題。甘老師淵博的學識和開闊的視野，為李政道在物理方面的突飛猛進提供了有利條件。
愛國教有家陳樹琴將自己的兩個兒子送到贛州聯中讀書。據陳飛回憶:「顧惠人校長是我父親陳鶴琴的好友。當年父親讓我和我弟弟一心在顧校長創辦的贛州聯中讀書很放心。贛州聯中是秀州中學在抗戰期間的行生學校,繼承了秀中的優良傳統。」
1943年夏季，江西省進行會考，贛州聯中培養出的首屆高中畢業生表現優秀，沈德緒同學名列榜首。贛州聯中的學生參加贛州各校話劇、論文、大型壁報等競賽，也均名列前茅。
1944年年末，日軍進犯贛縣，不得已再次流亡，與1945年3月15日在尋烏開學，共有8個班級。學習條件非常艱苦。
據1952屆校友何敬培回憶:
睡的全是地鋪，一間宿舍只有那麼一盞油燈;吃的多半是最便宜的菜，比如芥菜、麥子菜(像萵筍葉帶點苦味),百多名就餐者，一天一斤豬油，實際是肥肉熬好了分為兩頓進行炒菜之用。然而就餐者都明白,這是為了愛國、不做亡國奴，我們要發憤圖強，條件差，要奮鬥。
在尋烏喘息稍定,形勢又告緊急。6月9日,江西尋烏贛州聯中接到國軍第七戰區司令長官後方辦事處令:「時局緊張，著聯合中學提前結束，以免無謂犧牲」。於是聯中提前考試，結束學期，從尋烏撤離。為了感謝尋烏當地政府、士紳以及民眾的關心愛護，臨行前一周內,顧惠人校長發動學生在學校旁邊掘了一口井作為紀念。
6月19日，師生員工60餘人安全抵達福建長汀。有了從當地教會借來的房屋，師生們有了容身之所。暑假期間，有部分學生找到工作，其他學生由學生髮了一定得遣散費，以轉學他校。
贛州聯中招收的600多流亡學生中，現早已成為教授的有近500人，成為高級工程師的有100多人，其中獲國務院政府特殊津貼的17人。為祖國培養了一大批人才。
抗戰勝利，原嘉興秀州中學的學生返回嘉興繼續辦學，原贛州的師生，則在贛州一中續教續學。
至此，贛州聯中完成它的歷史使命。