近些年，國家政策的扶持，以及資本市場的介入，使我國農業發展進入快車道，隨著農業發展速度的提升，也對我國農業發展提出了新的要求：保收入、保安全、保生態被納入農業發展戰略。相較於傳統農業，現代農業在發展的同時，還要考慮到資源利用、生態環境、可持續發展等方面的因素，生態循環農業已是農業發展的戰略國策。
一、養殖業所遭遇的困境
1、糞污污染
生豬年污水產量為5.26t/頭，牛污水產生量為0.46t/頭，家禽污水產生量為0.001t/羽，據農業部數據顯示，我國每年畜禽糞污產生量約為38億噸，近些年畜禽養殖方式由原來的散戶為主變成如今的規模化、集約化養殖為主導，造成單位養殖區域糞污產生量大增。
僅一個年出欄萬頭豬的規模養殖場每年能夠產生固體糞便約為2500噸，尿液約為5400立方米，糞污產生量是很大。
養殖污水是水污染的重要來源之一，據統計一豬一天產生的污水相當於7個人一天的污水產生量。2010年《全國第一次污染源普查公報》顯示，畜禽養殖業排放的化學需氧量達到1268.26萬噸，占農業源排放總量的96%；總氮和總磷排放量為102.48萬噸和16.04萬噸，分別占農業源排放量的38%和56%，畜牧污染已經成為農業面源污染的主要來源。
畜禽糞污污染危害大，養殖污水不但會污染地表水，還會滲到淺層地下水，造成地下水氨氮超標，對水環境造成一定影響，甚至會引起居民飲水安全問題（畜禽糞污中含有致病菌、微生物以及病毒，會向畜禽和人傳播疾病。）。養殖污水隨意排放或處理不當，會產生大氣臭味污水、有害氣體（氨氣、硫化氫等），對周圍居民正常生活造成影響。畜禽糞污大量進入土壤，使土壤富營養化、結塊，喪失耕種能力。
2、糞污利用率低
我國養殖糞污利用率不足60%，也就是每年有15.2億噸養殖糞污沒有得到有效利用。畜禽糞便中含有大量的有機物及豐富的氮、磷、鉀等營養物質，是農業優質的肥料來源，數千年來，農民一直將畜禽糞便作為提高土壤肥力的主要肥料，傳統的農業模式能夠有效實現種養結合。
隨著我國養殖業集約化、規模化養殖，以及生活方式的改變，農業拋棄了原有種養結合的模式，限制了糞便返田利用。
二、實施種養結合的意義
1、解決農業兩大污染難題：
畜禽糞污污染、秸稈污染，種養結合農田消納了畜禽糞污，而農作物秸稈可以加工成畜禽飼料。
2、減少養殖業對糧食的需求量：
秸稈可以代替一部分玉米等能量飼料的需求量，甚至可以緩解對豆粕等蛋白飼料的需求量，減少豆粕進口的壓力。
三、現階段種養結合實施所遭受的困難
1、糞肥的安全性
在養殖場日常生產當中， 畜禽糞便存在微生物污染、抗生素殘留、重金屬污染等問題對農產品有潛在質量安全的危害。
2、農作物秸稈的安全性
在現代農業生產中，防治蟲害主要途徑是依靠使用化學農藥來實現，由於農藥殘留問題阻礙農作物秸稈有效運用到畜禽業中。
3、種植業和養殖業脫鉤
長期以來，種植業和養殖業各自發展，存在脫鉤問題，種養結合不緊密。規模養殖小區內沒有足夠的農田來消納糞便，大面積農業區畜禽養殖量過少，糞便供給量受限。
4、過分依賴化肥
當前化肥農民種地主要依靠施撒化肥來給農作物提供肥力，相比畜禽糞便，化肥施撒更方便、快捷，另外，化肥也能給農作物提供足夠的營養成分，因此農民非常依賴化肥的使用。
四、種養結合實施策略
1、規範飼料生產：
控制抗生素的使用量，減少飼料中重金屬的添加量。
2、控制化學農藥的使用：
在使用化學製劑防治農作物病蟲害時，要規範使用，儘量減少化學農藥的使用，減少農作物農藥殘留。
3、加大對種養結合的探索：
國家、企業需要加大種養結合的投資力度，培育農業高科技人才，打造行之有效的產業鏈運作模式，實現適合我國國情的種養結合生態農業。