說起明朝，不能不提元朝，我們先從元朝說起：
早在窩闊台時候，薩迦派教主薩迦班智達前往涼州會見了皇子闊端，並號召吐蕃各部歸順蒙古。到了忽必烈的時候，尊薩迦派教主八思巴為帝師大寶法王，在西藏戶口普查，設十三萬戶，作為灌頂的供奉獻給了八思巴。
八思巴的事跡記載於《元史·釋老傳》。
《元史·地理志》和《元史·百官志》記載：藏區歸宣政院管轄，分三個都元帥府：陝西行省的吐蕃等處宣慰司都元帥府（脫思麻）、四川行省的吐蕃等路宣慰使司都元帥府（朵甘思）、 烏思藏納里速古魯孫等三路宣慰使司都元帥府。
《元史·百官志》：宣政院，秩從一品，掌釋教僧徒及吐蕃之境而隸治之。（至元）二十五年，因唐制吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院。大元朝得意洋洋的感覺你體會到了沒有？
注意薩迦的位置，不要和薩嘎搞混了，在日喀則的西南方。
在這種偏僻的角落，我們可以知道，薩迦派的權力是靠著大元朝帝師的身份，才能夠得到西藏各地地方勢力的承認。
到了元順帝時候，紅巾軍大起，中原大亂。好了，薩迦派自然看不住場子了。在山南地區的帕竹萬戶長絳曲堅贊推翻了薩迦政權，建立了帕竹政權，1358年，受元順帝冊封大司徒。帕竹政權對於地方的統治其實也並不牢固，薩迦派仍然維持著對薩迦地區的統治，只是名義上臣服於乃東的帕竹政權而已，其他地方類似。
從元朝開始，西藏地區有頭有臉的首領都會遣使去北京（明朝前期是南京）入貢，首領都必須得到元明清三朝的冊封，才能為眾人所認可。西藏地區的各地首領只會向中原稱臣納貢，得到封號，而不會向貼木兒帝國、莫臥兒帝國這些稱臣納貢。三朝各種冊封聖旨在西藏的博物館裡面都保存著。
明朝以元朝的繼承者自居，對西藏的統治基本上繼承元朝，但是比元朝要弱很多，《明史》對於西藏事跡的記載主要是在倒數第二卷的《西域傳三》，可想而知。
洪武五年，「烏斯藏攝帝師喃加巴藏卜先遣使朝貢。五年十二月至京。帝喜，賜紅綺禪衣及鞋帽錢物。明年二月躬自入朝，上所舉故官六十人。帝悉授以職，改攝帝師為熾盛佛寶國師，仍錫玉印及彩幣表里各二十。」看見當年的「元帝師」前來朝貢，明太祖很高興~
明朝設置了朵甘烏斯藏行都指揮使司、長河西魚通寧遠宣慰司（康定一帶）、董卜韓胡宣慰司（金川一帶）。在克什米爾東部一帶和阿里地區還有俄力思軍民元帥府。
明朝前期在西藏冊封了大寶法王（噶瑪派）、大乘法王（薩迦派）、大慈法王（格魯派）三個宗教領袖和闡化王（帕竹政權）、護教王、贊善王、輔教王、闡教王五個地方領袖。三法王沒有定規，五王三年一貢。貢使的人數往往超標幾倍，一路上吃喝招待，地方上不堪重負，還不時有各種假冒的野生仁波切前來騙吃騙喝，各路言官為之深惡痛絕。朝廷屢屢下詔限制人數，但是沒什麼用處。嘉靖年間，由於嘉靖帝本人的興趣愛好問題，西藏僧人前來朝貢的少很多。
除了闡化王之外，其他四王其實勢力都不怎樣，護教王永樂間就絕嗣。
闡化王或者帕竹政權第悉（首領的意思，不懂藏語，不知道會不會就是帝師？）很早就尊奉格魯派也就是大慈法王，但是由於強有力的家臣仁蚌巴家族尊奉噶瑪派，逐漸被架空，但是還拿著闡化王的名號來明朝朝貢，直到萬曆年間，仁蚌巴家族被主城在日喀則的家臣辛廈巴·才丹多吉推翻，辛廈巴·彭錯南傑建立藏巴汗政權，名存實亡的帕竹政權被取消。格魯派和噶瑪派當時矛盾很深。《明史》記載的闡化王最後一次朝貢是在萬曆七年。
回過頭來說，嘉靖年間，蒙古土默特部俺答汗出兵青海攻打撒里畏兀兒（裕固族祖先），占領了青海草原和柴達木盆地一帶（今天的青海地名很多都是蒙古語：柴達木、格爾木、德令哈、巴顏喀拉、台吉乃爾、察爾汗……）。晚年的俺答汗尊奉格魯派，與格魯派領袖索南嘉措互贈封號，俺答汗尊索南嘉措為三世達賴喇嘛（一世、二世為追贈）。後來，俺答汗的曾孫雲丹嘉措成為轉世的四世達賴喇嘛。
蒙古大部分部落包括遠在天山的厄魯特四部從此都成為了虔誠的格魯派信徒。而這時候在衛藏法域聖地的統治者是信奉噶瑪派的藏巴汗丹增旺布，四世達賴喇嘛英年早逝，傳說是遇刺。藏巴汗實力強盛，占領了拉薩，打敗了青海的土默特部，還甚至一度下令禁止達賴喇嘛轉世。
在漠北的朝克圖台吉由於信奉噶瑪派被信奉格魯派的其他喀爾喀部落排斥，率領部眾南下青海，控制了青海，還聯合蒙古大汗林丹汗（信奉薩迦派）和康巴的白利土司頓月多爾濟（信奉苯教），一同反對格魯派。為了拯救格魯派，五世達賴喇嘛和師傅羅桑卻吉堅贊邀請和碩特部固始汗（國師汗）前來護教。固始汗英勇善戰，1637年打敗了朝克圖台吉，1640年，打敗了白利土司，1642年打敗了藏巴汗。持教法王固始汗建立了和碩特汗國，並贈與羅桑卻吉堅贊四世班禪尊號（前三世為追贈）。
這個時候中原大亂，固始汗向遠在瀋陽的皇太極稱臣納貢。和明朝徹底沒有關係了。
看過班布爾汗的《最後的可汗》。
記得嗎？西遊記裡面的豬八戒，其實就是烏斯藏高老莊人~