東晉王朝(公元317年—公元420年)是由西晉王室後裔在南方建立起來的小朝廷，雖然在今天我們將其作為一個朝代寫進中國的古代歷史，但事實上東晉的統治範圍卻僅限於江南的半壁河山，在此期間，中國北方一直由趙、前秦等外族統治者控制，並且這種局面一直持續了兩個時代——東晉、南北朝——近三百年的時間。
公元三一六年，西晉的末代皇帝司馬鄴被俘，宣告了西晉的滅亡，但一些晉朝的舊臣並不甘心亡國的命運，仍在全國各地積極活動，準備恢復晉朝的統治。三一七年，琅琊王司馬睿在南渡過江的中原氏族與江南氏族的擁護下，在建康稱帝，國號仍為晉，司馬睿是為晉元帝，因其繼西晉之後偏安於江南，故史家稱之為東晉。
由於東晉王朝的統治階層大部分是由過江避難的中原名門望族與江南的土居氏族組成的，存在著地域、文化等方面的差異，他們之間一直相互排擠;在東晉統治的一百多年中，中原氏族占據統治的主導地位，而南方土居氏族則一直被排斥。元帝年間，北方大臣王導希望改變這種狀況，他在南北氏族之間奔走，極力勸說各族修好，但收效甚微。後來江南氏族也曾多次因不滿東晉的統治而起來反抗，大大的動搖了東晉的統治。
自晉元帝元年(公元317年)至晉安帝隆安三年(公元399年)，是東晉發展比較平穩的時期，雖然在此之間也有過一些叛亂，但都被鎮壓下去了。元帝末年，王導之弟王敦起兵反晉，遭到其兄王導與朝臣的抵抗而未能成功;其後桓溫也曾覬覦帝位，又被王謝兩大家族抵制下去。公元三八五年，東晉重臣謝安病死，晉孝武帝將大權交於其弟司馬道子，司馬道子與其子司馬元顯把持朝政，他們暴虐無能、大肆剝削人民，使圖謀王位的大族有機可乘。 公元三九八年，以桓玄為盟主的王恭、殷仲堪、瘐楷等人的聯軍占據了建康以西的州郡，使朝廷的統治被限制在東方的八郡內，開始了其衰亡的過程。
安帝隆安三年(公元339年)。信奉五斗米教的孫恩趁民心騷動，於東方起事。他們在短短的十幾天中就發展到數十萬人，後被晉將謝琰、劉牢之擊潰逃至海島之上，直至公元四零二年，才被徹底消滅。
這次起義大大削弱了晉朝的力量，桓玄便藉此機會發兵攻占建康，廢掉晉安帝，自立為帝。此時晉朝的四大家族中的謝、王、瘐三家已相繼衰落，唯一有實力與桓玄對抗的只有在對抗孫恩起義時才發展起來的實力人物——劉裕。 於是，劉裕率眾擊敗桓玄，推恭帝司馬德文即位，名義上恢復了晉王朝的統治，但實權卻完全掌握在劉裕自己手中。公元四二零年，劉裕廢晉恭帝，建立了宋國，結束了東晉的統治。
東晉雖然偏安於江南，但在歷代帝王在位的時候都希望收復北方的國土。其中以王、謝、桓、庾四大家族為主的北伐，在東晉時曾進行過多次，在其中也不乏名將的指揮。公元三一一年，大將祖逖出兵收復河北，但後因受到朝廷的排斥憂鬱而死，最終未能完成統一大業。公元三八三年，謝安在淝水之戰中擊敗苻堅後，立即使其弟進軍北方，收復了徐、兗、青、司、豫、梁六州，取得了東晉北伐歷史上的第一次重大勝利。由於東晉安於江南，使得江南的名士與渡江的中原人士有了更多的交流機會，促進了社會文化的發展。北方的手工業技術與南方的技術相互融合，使東晉的手工業水平比西晉有了大幅度的提高。
另外，自曹魏以來，中國的文學發展一直處於大步前進的時期，其中以東晉年間的文人最為著名。東晉出現了山水詩人謝靈運、田園詩人陶淵明等人，他們對舊體詩作出改革，為將來隋、唐的詩文盛世創造了前提條件。
當東晉在江南建國的同時，中國的北方則為鮮卑、羌等少數民族控制著，在歷史稱之為「五胡十六國」。由於少數民族的入主中原，使他們更多的接觸到華夏文化，使之與漢民族逐漸發展為同一生活習慣的民族，進而被漢族融合。自魏、晉、南北朝之後，中原北方大體已形成以漢族為主，其他少數民族混居的人口構成形式，使中國正式成為具有相似生活習慣的多民族國家。
東晉自晉元帝司馬睿建國共歷十一帝，前後一百零三年。在此期間，中國一直處於分裂狀態，而且到東晉滅亡之後，這種狀態一直未能得到改變，隨之到來的是另一個分裂時期——南北朝時期。