蜜蜂個體內部構造主要有六大腺體（上顎腺、頭涎腺、王漿腺、蠟腺、臭腺、毒腺）和五大系統（消化、呼吸、循環、神經、生殖）。
一、六大腺體
1、上顎腺。工蜂頭腔中有一對上顎腺，能分泌軟化蠟質的液體，還能分泌生物激素，參與王漿的組成。蜂王的上顎腺能分泌蜂王物質。
2、頭涎腺。工蜂頭腔中有一對上顎腺，能分泌含轉化酶的涎液。
3、王漿腺。工蜂頭腔中有兩串非常發達的王漿腺，分泌的王漿混以生物素後，飼餵蜂王幼蟲和蜂王，以及工蜂和雄蜂的3日內幼蟲。
4、蠟腺。工蜂腹部腹板有4對蠟腺，青年工蜂蠟腺細胞豐富，能分泌蠟液，在上鄂腺的共同作用下築造巢房。
5、臭腺。位於工蜂第六腹節板內，能分泌特殊氣味的揮發性物質，通過背板上的小孔向體外散發而傳遞信息。
6、毒腺。工蜂和蜂王尾部都有一根可伸縮的螫針，是排出毒液的管道。末端有小刺與倒鉤，基部與毒囊相連，毒針外層由兩根感針嵌合而成，起伸縮作用。由螫針和毒囊組成了防衛器官，當螫針刺入肌肉中，在倒鉤和套管伸縮作用下，越刺越深，並同時排出毒液，最終連毒囊一起脫落，失去螫針的工蜂會很快死亡。
二、五大系統
1、消化系統
由口、咽、食道、蜜囊、前胃、中腸、小腸、直腸和肛門組成。起著食物貯存、消化、吸收和排泄的作用。蜜囊有貯存和通道雙重作用，貯滿花蜜或水時，容積可達50～60微升，囊口開啟和花粉過濾由囊內瓣膜調節。
此外，還有一組開口於中腸和小腸交匯處的細長盲管，有80～100條，稱馬氏管，能吸收血流中的代謝產物，通過基部進入小腸，隨糞便排出體外，相當於泌尿系統的作用。
2、循環系統
蜜蜂的血液近無色，通過心臟和血管完成血液循環、新陳代謝、營養各組織器官。
3、呼吸系統
由氣門、氣管、氣囊和微氣管組成。氣門位於體壁兩側，胸部3對，腹部7對，在頭、胸腹腔內的一些氣管段膨大成氣囊，再分成支氣管和微氣管，通過肌肉收縮、壓迫氣囊，供給各個組織器官所需要的氧氣。一般每分鐘40～150次。
4、神經系統
由中樞神經、交感神經和周緣神經系組成。中樞神經包括腦和腹神經系。腹神經索前端通過咽側神經節與腦相連接，向後經腦部在消化道下方，沿腹中線伸向第5腹節，共有7對神經節（胸部2對，腹部5對）。交感神經與腦相連分布於內臟器官，調節消化、呼吸和循環。由感覺神經元和運動神經元組成的周緣神經系位於體壁，神經系統使蜜蜂能適應環境條件，並在蜜蜂的活動過程中，將一切器官與組織協調為統一的整體。
5、生殖系統
群體中蜂王和雄蜂都具有發育完全的生殖器官，能產生成熟的卵子和精子，通過它們的交配（交尾、婚飛）完成精卵結合的過程，繁衍下一代。
（1）雄蜂的生殖器官。由成對的睪丸、輸精管、貯精囊、黏液腺以及一條射精管和陽莖組成，均位於腹腔內，只有陽莖開口於尾部肛門下方的生殖孔，因此，也稱內生殖器。
睪丸是產生精子的器官，精子成熟後經輸精管貯存於貯精囊內，黏液腺分泌的黏液參與精液的組成。陽莖是交配器官。通過射精管排出精液。
（2）蜂王的生殖器官。由卵巢、輸卵管、受精囊、陰道和側交配囊組成。成對的卵巢是產生卵子的器官，位於腹腔兩側，每個卵巢由若干條卵巢管組成，中蜂有250～280條。各條卵巢管的基部匯集輸卵管，兩個側輸卵管會合為中輸卵管，其後端逐步擴大為陰道。陰道開口於螫針基部的下方，兩個側交配囊開口於陰道口的兩側，供雄蜂陽莖頭上兩個囊狀角插入。受精囊位於陰道的背面，是貯存精子的特殊器官（蜂王交尾一次，精子終生受用的原因就在於此）。它以一個短小的管道與陰道相通。