17世紀60年代中後期，堪稱英國歷史上的至暗時刻。
1665至1666年，倫敦發生大鼠疫，並且迅速蔓延到整個英格蘭。官方統計，在這場鼠疫中，倫敦失去了15%的人口，整個英格蘭共有68596人喪生，但事後估計，鼠疫的遇難總人數超過10萬人，這是繼14世紀的黑死病後，倫敦遭遇的最嚴重的瘟疫。當年9月，倫敦又遭遇大火，13200幢建築被毀，數十萬市民無家可歸。這座城市一度被稱作「覆巢下的飛鳥」。
歷史畫家麗塔格里爾所繪大瘟疫時期倫敦街頭的慘狀
不祥之兆
在17世紀，占星術仍是人們判斷吉凶禍福的重要手段。像往常的災難一樣，在這場鼠疫爆發前，星空似乎已經對倫敦進行了預警。
1664年冬天，一顆彗星從倫敦上空划過，拖著長長的尾巴。英格蘭皇家學會要求雷恩和胡克畫下其軌跡。占星家喬治·湯姆森曾警告說：「燃燒的星星是惡魔要降臨人間的預兆。」另一位占星家威廉·利里預測，看到了預示「戰爭、饑荒、死亡或瘟疫」的月食。
這些預言逐步變成了現實。1664年的冬天，比往年更寒冷些，風霜雨雪過後，糧食價格開始上漲，1便士能買到的麵包從325克下降到270克。這年的聖誕節，從倫敦市內考文特花園北側的原野聖吉爾斯教堂傳來噩耗，教區日誌里出現首例瘟疫死亡記錄。
對於初期因瘟疫發現的死者，當時有兩種普遍的看法：一種認為這種疫病是從荷蘭輸入倫敦，在聖誕節期間傳播到原野聖吉爾斯教區內。倫敦當地醫生納撒尼爾·霍吉斯在診斷後稱：「這個年輕人患上了熱病，吃了兩天消炎藥，長出兩個豆蔻大小的腫塊，左右大腿上各有一例。」所謂「熱病」，是當時醫生對於這種疫病最初的判斷。藥劑師威廉·包赫斯則認為，這種疾病並非從海外舶來，而是潛伏和隱藏在倫敦的土壤中。倫敦的土壤是病毒潛伏並日益顯現、發作的滋生地。
有了第一例，就有第二例。1665年2月14日，原野聖吉爾斯教區發布了另一起死亡案例，但並未引起人們太多的重視。從當時該教區死亡清單上看，所謂的「天花」和「胃痛」導致的死亡人數急劇上升。但這些都只是病徵，究竟是何種病因並無人知曉。直到4月，天氣依舊寒冷，瘟疫也並未消散，而是悄然向城市中心蔓延，4月底，在德魯里巷發生兩起疫病死亡案例。消息傳來，倫敦全城開始陷入了恐慌。
不祥之兆，變為現實。
隔離與逃離
對於來勢洶洶的瘟疫，倫敦負責應對的機構是位於懷特霍爾街的樞密院。4月27日，樞密院作出了第一個決定，瘟疫的死者家屬必須在房間內自行隔離40天。這一決定引發了倫敦市內的強烈反彈，有限的警力則根本無法維持該命令的執行，家屬們在親戚朋友的幫助下，制服守衛，沖開大門，湧向街頭，混入街上人群中。疫情開始擴散。
樞密院採取的第二招是按區隔離，命令看守人在教區邊緣站崗，確定沒有感染者方能從一區轉移到另一區，但這種方案來得太晚，疫病總能混雜在人流中在一個個教區中穿梭，也把一個教區的疫病帶到另一個。此時，倫敦開始採取第三招，三名治安官在城市郊外蓋起了簡易的瘟疫隔離屋和醫院。這個院區就位於現在倫敦市內的馬里波恩（Marylebone）。治安官藉助河道轉運患者，儘可能避免其與大規模人群接觸。可是，疫情還是不斷擴散。
面對疫情，倫敦市內沸反盈天。同時代人塞繆爾·佩爾斯記載道：「由於大瘟疫的原因，倫敦市內每個人都在討論死亡，喧囂之聲，猶如海濤。」到了5月初，天氣開始轉暖，但城市的疫情並沒有扭轉，在這種緊張情緒中，人們選擇離開。
最先離開城市的是達官顯貴，能夠離開倫敦的人們都開始撤離，利奧·霍利斯在《倫敦的崛起：五個人重塑一座城》中描述道：「街道開始堵塞，擠滿打包前往鄉村別墅的有錢人。有句格言，『早離開，多停留，晚回來。』」該書還記載，查理二世宣布，國會休會到次年9月，讓議員們可以躲到鄉下去。到了7月，懷特霍爾街人去樓空，冷冷清清，25000個在宮廷附近居住和工作的官宦都走光了。
緊隨官宦腳步的是所謂專業人士，他們包括教士、醫生和神職人員。清教徒愛德華·科茨曾感慨：「但願今後，不會有那麼多照顧我們靈魂和軀體的醫生們離我們遠去。」醫生走了，律師們也離開，法庭無人開庭，只留下警衛。教士們也有人四散離去，前往肯特郡的溫泉小鎮暫避疫病鋒芒。零售商則陷於兩難境地：留下或許就是等死；離開，或許就是商店破產。
學者們也開始尋找退路，其中最有名的當屬伊薩克·牛頓。1665年，21歲的牛頓正在劍橋大學三一學院讀書。此時，倫敦疫情已向英格蘭其他城市蔓延，康河畔的劍橋此時已不是柔波飄搖的凈土。六七月間，牛頓離開三一學院，躲回自己家鄉伍爾索普，在母親的宅邸閉門不出。就是在躲避疫情的兩年內，他接連在微積分、萬有引力和光學等領域取得突破。後來曾任英國皇家學會會長的克里斯多福·雷恩和哲學家約翰·洛克則選擇此時前往歐洲大陸巡遊。
1665年因為倫敦大瘟疫而設立的《死亡率法案》
死城倫敦
與逃離的人們相比，留在倫敦成內的人們命運則悲慘得多。
為控制疫情傳播，倫敦開始實施嚴格的管制，他們將曾經參與克倫威爾軍隊的老兵驅逐出境，並且逮捕了數百名嫌疑犯。7月，倫敦市政府下發《命令書》規定：所有的娛樂活動和聚會取消，戲院關門，酒吧每晚九點必須歇業。街上禁止乞討，清道夫每天在路上清理垃圾。《命令書》還規定，封鎖被污染的房屋，如果有人生病，屋主必須及時告知官方，然後由檢驗官前來查看病人，如果判定是瘟疫，要麼病人被送到隔離醫院，要麼封鎖房屋，將所有家庭成員都關在屋裡。門外有警衛站崗，屋內定期有護士照料患者。隔離家庭大門外漆上紅十字，上面寫上「上帝保佑」等字樣，嚴禁任何人出入。每天，只有在限定的時間，由專人從窗口送進食物和水，成千上萬的病人就這樣悽慘死去。到了9月上旬，原本歐洲第一大城市變成了一座死城。所有店鋪關門歇業，街上不見行人，路旁長滿了茂盛的雜草。
城內，運送屍體的靈車打破了寂靜。每到夜晚，運屍車「咕隆，咕隆」駛過，車上是橫七豎八的屍體。到後期，由於屍體太多，運屍工人負荷太重，隔離的屋子裡也開始堆陳屍體。一開始，屍體被送到教區的墓場掩埋。很快，教區墓地很快就滿了，屍體在淺墳里腐爛，墳開始越堆越高。留在倫敦的教士畢竟有限，他們無力承擔這一安葬的重任，掩埋工作越來越敷衍，最後只能挖個大坑，將上百具屍體倒進去，用石灰覆蓋。一開始，每具屍體還能裝在薄皮棺木內，後來木材耗盡，只能用裹屍布。與其說是裹屍布，其實就是死者最後躺著的床單，有時布不遮體，逝者從床單內滑落，只能裸身掩埋。《魯濱遜漂流記》作者笛福後來追記，在墳塋外，有絕望的人們乾脆投身屍堆上，只求死得更快；也有人在屍堆里翻檢死者的金銀細軟。
這樣的情形一直持續了好幾個月，每周的死亡人數都在1000至2000人左右，在9月曾達到創紀錄的每周六七千人。到了1666年2月，倫敦疫情平息，城市開始準備迎候國王查理二世還都。不過，由於英國在瘟疫期間並沒有放棄外貿，中斷與歐洲大陸的商務來往，這使得鼠疫並沒有就此完全斷根，而是爆發出新一輪疫情。
那年9月2日，起於布丁巷的一場大火又將這座城市拉入水深火熱之中，倫敦老城四分之三區域內的商鋪、庫房、住宅付之一炬，損失超過1000萬英鎊。剛剛歷經疫病的倫敦又陷入火海，這座千年名城陷入到自己一生中的谷底。
倫敦大瘟疫期間的運屍車和搬屍人
上帝的懲罰？
「對於清教徒來說，1665年的大瘟疫和1666年的倫敦大火災一定是上帝對英國人罪惡的懲罰。」克萊頓·羅伯茨在《英國史》中這樣寫到。這一系列災難真的能用上帝的懲罰來概括嗎？
一方面，人們對於瘟疫和疾病的認識有限。應該說，對於這場突如其來的疫情，倫敦並未做好準備，無論是對病源還是傳播途徑，當時既缺乏清楚的認識，又沒有有效的手段。勞倫斯·斯通在《英國的婚姻、家庭和性》中記載到：在17世紀，「醫學界對於人們疾病幾乎束手無策」，對於一般疾病的標準療法是經過放血、催吐、不斷使用瀉藥和嘔吐藥來清潔腸胃，以達到驅逐惡靈的作用。除了腺鼠疫和天花外，沒有一種疾病曾被正確診斷，且無正確分類系統。名醫所開的房子與巫醫所開的房子幾乎沒有什麼不同。例如，對中風所開的方子是喝下一杯健康人的尿，尿中摻鹽，用以催吐；對痛風所開的藥方是把活的蚯蚓放到不舒服的部位，直到那兒開始腫脹為止。波義爾定律發明者波義爾是著名的物理學家和化學家，他曾對青光眼治療設計過良方：把乾燥、粉狀的人糞塞進眼睛。羅伯特·胡克則用粉狀人骨混合其他材料配置藥劑。對於疫病傳播途徑，當時更是缺乏有效的判別手段，當時流行的說法是貓狗是瘟疫病毒傳播的媒介，倫敦市長便大開殺戒，4萬條狗和20萬隻貓淪為犧牲品，被悉數捕殺。在瘟疫後期，不僅是貓狗，就連兔子、鴿子、家禽和豬羊都未能倖免。事後查明，這場瘟疫的罪魁禍首是老鼠，如克萊頓·羅伯茨在《英國史》所言，現代棕鼠肅清了中世紀黑鼠，而棕鼠攜帶的引起瘟疫流行的跳蚤數目無法與黑鼠相比。而倫敦捕殺的貓，卻正是棕鼠天敵。同時，官方還在街頭焚燒各種具有強烈氣味的物質，如辣椒、啤酒花和乳香等，並且強烈敦促市民吸食菸草以吞雲吐霧，希望憑這些物質抵禦細菌在市內散播。可見，對於瘟疫知識的局限耽誤了對疫情的控制。
另一方面，中世紀的衛生環境是鼠疫的溫床。在17世紀的英國，上到國王貴族，下到黎民百姓，其個人衛生狀況均不忍直視。查理二世在疫病期間逃亡牛津，直到第二年才返回倫敦，「離開時在行宮的每個角落都留下了大便，無論是煙囪、書房、煤屋、地窖」。同一年，倫敦人塞繆爾·佩皮斯在一戶陌生人家投宿，發現侍女忘記給他提供夜壺，這位紳士毫不猶豫地將糞便排泄在火爐里。不僅是倫敦，蘇格蘭首府愛丁堡同樣如此。笛福在造訪愛丁堡後對其的評價是：「我相信世界上沒有哪個城市像愛丁堡那樣，那麼多人擠在這麼小的空間內。」詩人托馬斯·格雷說過，「在所有的首府中，唯有愛丁堡遠看風景如畫，近觀則臭氣熏天。」直到18世紀，還有人這樣形容愛丁堡：「愛丁堡是一座美麗的城市，甚至可以誇口說有全歐洲最高的房舍，但是，愛丁堡也有其瑕疵，而其中最彰明昭著的便是它太骯髒了，城裡到處都是糞便。在每家於早上7點左右清掃完畢之前，這些糞便散發出一陣陣令人窒息的惡臭。我相信，在這一點上，愛丁堡絕對屬於世所罕匹。每天晚上10點以後，走在愛丁堡的大街上，若沒有裝滿糞便的便壺砸到你頭上，那絕對是你的萬幸。作為一位外地人，每當聽到路人們此起彼伏、聲振屋瓦（高的房屋一般有六七層高）的高聲叫道：請高抬貴手，請高抬貴手——意指等我過去了你再倒，那一定會讓人忍俊不禁。」這些骯髒不堪的環境，顯然是疫病最理想的溫床。在17世紀三四十年代，愛丁堡老城內的瑪麗·金巷，曾經有數百人因疫病去世，新鬼煩冤舊鬼哭，天陰雨濕聲啾啾。至今仍被視為陰森所在。
人類社會的每一次進步，往往都是以災難為代價。瑪麗·金巷的慘劇後，愛丁堡的新城開始建設，布局良好，衛生整齊，成為18世紀蘇格蘭經濟起飛的標誌。同樣，在倫敦疫病和大火後，克里斯多福·雷恩出任總設計師，他所設計的聖保羅教堂堪稱世界上最完美的圓頂教堂，倫敦這座城市也在瘟疫和烈火後涅槃重生，重新成為英國乃至歐洲最聞名的城市。
至暗時刻，終將過去，萬物復甦，陽光普照。